biologia animada

Neste site o prof. Luis Fernando Marques-Santos, do Depto de Biologia Celular da Universidade Federal da Paraíba disponibiliza ilustrações animadas de processos moleculares e celulares. Há uma quantidade enorme de visualizações possíveis (replicação e transcrição de DNA, tradução de RNA, Ciclo de Krebs, transporte de elétron na mitocôndria - beeeem legalzinho - e inúmeros outros). Vale a pena conferir (se bem que a página ficou um pouco "pesada" no meu computador...).

especial células-tronco na Nature

São vários pequenos artigos sobre o estado-da-arte dos estudos com células-tronco, esses artigos estão no formato acesso-livre (!) e tratam de diversos temas conforme consta no editorial: um glossário sobre biologia de células-tronco, reprogramação e totipotência, orientação da divisão celular durante o desenvolvimento e o câncer, o estabelecimento de "nichos" pelas células-tronco, a questão da imortalidade celular, a variabilidade e complexidade dos neurônios (todos artigos de revisão), além de artigos de estudos em andamento: o uso de células-tronco no tratamento de distúrbios neurológicos, em terapias de doenças cardíacas e doenças do sangue. Enfim, uma compilação muito informativa para quem busca uma atualização e uma maior compreensão do mundo das células-tronco. Este "encarte" especial foi patrocinado pela Invitrogen.
Nota 10!

softwares e patentes em Bioinformática - parte 2

Agora foi a vez de Jonathan D. Wren, da Universidade de Oklahoma, publicar um editorial sobre a questão das patentes de softwares com o artigo "Theory and reality for software patents: good in concept, not so good in practice" (Bioinformatics (2006) 22 (13): 1543-1545). O que ele faz é tentar responder à pergunta: "Are software patents bad for developers and researchers? " apresentando a patente como instrumento de proteção de propriedade intelectual que garante a valorização, o reconhecimento e a compensação (financeira) do autor/inventor de determinada inovação, sem a qual corre-se o risco de comprometer a motivação de desenvolvedores e pesquisadores.

Para quem tiver acesso à revista, a íntegra do artigo da Bioinformatics pode ser consultada no seguinte registro: doi:10.1093/bioinformatics/btl168

(no momento estou com a conexão caseira - a UNICAMP suspendeu o expediente de hoje devido ao jogo do Brasil vs Gana - sem acesso ao arquivo.pdf do editorial). Mas vale a pequena nota e o estímulo para que possa haver mais discussão sobre este debate, sempre atual.

PS - votos de um bom jogo para todos!

recorde

Daniel Ferrante (blog) diria que estas "estatísticas não são significativas (e eu concordaria com ele...) pois os "log files" estão muito mascarados nesta forma mais simplificada de contabilizar "hits" (ou visitas) disponibilizada pelo MAPSTATS. Mas não resisti a "publicar" (vou começar a chamar esses "posts" do via gene de "publicações", quem sabe assim aumento meu "impact factor" ou meu "índice Hosame"?) o recorde de visitas (+ de 50) de ontem (notar apenas a linha vermelha, a azul é meio "artificial", pois pode indicar vários acessos de um mesmo computador/pessoa). As quartas-feiras - e dias "vizinhos" - normalmente têm os índices mais animadores. E o Google continua sendo a ferramenta que mais re-direciona internautas curiosos para o site do via gene, assim como o blog do jornalista científico Marcelo Leite - que aliás anda meio "parado" ultimamente... será que ele está de férias?

open-access em crise

Recentemente comentei sobre o impacto de artigos publicados no formato de 'open-access' (algo como acesso livre), inspirada em uma análise publicada na revista PLoS Biology. A edição de hoje da Nature (441:914) publicou uma notícia sobre o balanço financeiro da PLoS, que enfrenta uma crise. Abaixo está um trecho que comenta a figura ao lado:

"The figure show that PLoS lost almost $1 million last year. Moreover, its total income from fees and advertising currently covers just 35% of its total costs. And although this income is increasing — from $0.75 million in 2003–04 to $0.9 million in 2004–05 — it lags far behind spending, which has soared from $1.5 million to around $5.5 million over the past three years."

Em periódicos científicos onde o acesso às publicações é restrito aos assinantes (pessoas físicas ou instituições), como a Nature, os custos de publicação, edição e revisão são parcialmente cobertos pela assinatura (= leitores). Publicações de acesso aberto aderiram ao sistema conhecido como 'author pays' open-access model: os custos são cobrados dos autores do artigo e o usuário final (= leitor) é isento de cobrança. Mas segundo o comentário da Nature, este modelo está seriamente comprometido, uma vez que cobre menos do que 35% dos custos e fica-se com a expectativa (ou dependência) do apoio financeiro por parte de fundações filantrópicas para reverter este quadro. Outra consequência é o aumento do valor cobrado dos autores para ter seu artigo publicado numa revista científica com índice de impacto de ~14.7 (PLoS Biology), passando de US$1.500/artigo para US$2.500/artigo (uau!). E o autor favorável à divulgação irrestrita de conhecimento científico trava um conflito com o bolso (= recursos para pesquisa) e corre o risco de continuar publicando em revistas de acesso restrito (onde normalmente não há custo adicional para os autores). Fica-se na torcida para que publicações de acesso aberto encontrem sua sutentabilidade financeira e sejam mais um recurso em prol da divulgação de ciência!

rapidinho: outro artigo da Nature de hoje comenta no potencial de diferenciação de células pós-natal e sua possível aplicação em tratamentos de células capilares (!), cuidar da careca dá publicação na Nature (e imagino a fortuna que deve ganhar quem desenvolver a "cura" deste fenômeno). Mas esta foi só uma notinha de natureza lúdica (apesar do estudo ser sério: "Mammalian cochlear supporting cells can divide and trans-differentiate into hair cells" Nature 441: 984-987).

rapidinho 2: o tal Graduate Journal da Nature às vezes traz alguma nota interessante, desta vez foi sobre a redação de manuscritos científicos e os conflitos que o autor enfreta ao apresentar e interpretar seu estudo (Write and wrong, por Katja Bargum). Aqui vai um pequeno trecho desta nota:

"Then there is the eternal temptation to promise more than your results deliver. My paper is on kin selection and insects. Do I suggest that it will change the way we study ants, the way we see social insects, or the roots of social interaction? The insanely inflated claims of some papers make me side with a friend of mine, who once suggested that articles should include only methods and results, leaving interpretation to the reader."

ao primeiro orientado...

20 de junho de 2006: nesta data foi a defesa da dissertação de mestrado de Marcos Túlio de Oliveira, trabalho desenvolvido sob minha co-orientação em conjunto com a Profa. Ana Maria Lima de Azeredo-Espin, que apresentou parte dos resultados obtidos pelo projeto PROFIX/CNPq (iniciativa do CNPq que estimulou a fixação de recém-doutores no Brasil, 2002-2006, ver adendo). O Túlio iniciou suas atividades de pesquisa como aluno de iniciação científica do laboratório de genética animal do CBMEG/UNICAMP e recebeu ontem o título de MESTRE, defendendo a dissertação " Estrutura e evolução do genoma mitocondrial na família Muscidae (Diptera: Calyptratae)", trabalho que inclui 4 artigos científicos (dois artigos publicados (1 e 2) , um em revisão e outro que será submetido para publicação este mês). Em breve, seu esforço, criatividade e energia entusiasmada farão parte do programa de doutorado da Universidade de Michigan, sob orientação da Dra. Laurie Kaguni. Boa sorte nesta nova etapa da sua carreira e muito sucesso na sua busca por realização profissional e pessoal! Fica aqui esta pequena nota de estímulo e reconhecimento.

referências e adendo:

1 - Marcos Túlio de Oliveira; Azeredo-Espin, AML; Lessinger, AC (2005). "Evolutionary and structural analysis of the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene from Haematobia irritans, Stomoxys calcitrans and Musca domestica (Diptera: Muscidae) mitochondrial DNA." DNA Sequence, 16 (2): 156-169.

2 - Marcos Túlio de Oliveira; Da Rosa, AC; Azeredo-Espin, AML; Lessinger, AC (2006). "Improving Access to the Control Region and tRNA Gene Clusters of Dipteran Mitochondrial DNA". Journal of Medical Entomology, 43 (3): 636 - 639. FREE PDF

adendo: a) um texto muito interessante publicado no Jornal da Ciência por Sérvio Pontes Ribeiro sobre a questão dos recém-doutores no Brasil e uma correspondência de mesmo teor publicada na Nature em 2001 (Sérvio P. Ribeiro; Mendonça-Júnior, MS; Barbosa, EM; de Souza Neto, JA (2001). "Brazil has the talent: just let us get on with the job". Nature 413: 16-16); b) uma iniciativa coordenada pelo Dr. Marcelo Einicker Lamas para divulgação de resultados do programa Profix/CNPq no encontro da FeSBE - 2004. c) extraído de um site do CNPq:
Objetivo: Incentivar a permanência no País ou o retorno ao Brasil de pesquisadores doutores, sem vínculo empregatício com entidades nacionais, mediante mecanismos que viabilizem sua inserção temporária em instituições de ensino e pesquisa, institutos de pesquisa científica e tecnológica federais e estaduais, [...]. Publicado em: 07/02/02 (Edital PROFIX/CNPq nº 02/2001)

algumas notas da Nature

tentarei ser breve... mas encontrei pequenas notas no último volume da revista Nature (volume 441) que vale a pena comentar ou deixar, ao menos, um "link" para divulgá-las via viagene (desculpem-me pelo via via) .

Nota 1: o mercado da publicação científica

"Many researchers will turn up their noses at this practice. Scientists, after all, are supposed to be motivated by curiosity, by a devotion to finding the truth, by a desire to solve various philosophical or social problems — not by money."

Este pequeno trecho foi extraído do editorial do volume 441 da Nature e comenta sobre esta prática ou estratégia que tem sido empregada por países asiáticos visando promover a produção de conhecimento científico através de "prêmios" para autores que publicarem artigos em revistas com alto índice de impacto. O editorial se refere à nota "Cash for papers: putting a premium on publication" que comenta sobre os resultados indesejáveis associados a este "incentivo". Enfim, será que isso dá certo?

Nota 2: Nature em ritmo de Copa do Mundo

ver no arXiv o artigo comentando na notícia "Goal fever at the World Cup" onde demonstra-se por A+B o "efeito psicológico" do primeiro gol, tido como um clássico clichê futebolístico, onde o primeiro gol desencadeia um estado de confiança que normalmente leva o time à vitória. O Osame vai gostar das análises estatísticas, além do tema ser futebol e um pouco de comportamento humano. O resultado Austrália (3) x Japão (1), de virada, desmente um pouco esta constatação, mas os autores alegam que o efeito é menos significativo em jogos da Copa do Mundo, e mais evidente em campeonatos de ligas nacionais. Não deixa de ser curioso. E até a Nature se rende a "comentar" sobre futebol neste clima de COPA 2006, quem diria...

Nota 3: "Referee factor": reconhecimento ao revisor anônimo

esta é outra sugestão interessante (que aliás, está há tempos comentada em algum lugar do meu currículo Lattes, se soubesse que podia ter submetido a sugestão à Nature....) . A proposta é incluir o reconhecimento desta atividade quando da avaliação do pesquisador/revisor, onde o mérito também está vinculado à qualidade da revista (fator de impacto) que solicita o parecer. Uma vez que revisar - seriamente - manuscritos submetidos para publicação pode ser uma tarefa dispendiosa e, implica no reconhecimento do mérito do revisor escolhido, fica aí mais esta sugestão para compor os currículos dos cientistas.

Nota 4: híbrido ou nova espécie? Uma síntese é possível?

Sob o título: "Speciation by hybridization in Heliconius butterflies" (doi:10.1038/nature04738) este estudo apresenta como uma espécie nova de borboleta surge a partir da hibridação de duas espécies distintas. Além do tema fascinante, as ilustrações são um convite à parte.

É hoje!! Viva o Brasil e boa sorte para a seleção! Vou colocar a camiseta da seleção que ganhei da Invitrogen (e esquecer - temporariamente - os 4 "kits" de clonagem que comprometeram quase 3 meses de trabalho... até eu decidir usar o "kit" da Amersham - obrigada André Vettore (do Instituto Ludwig) pela dica). Enfim, esta é uma mensagem pró-Brasil na COPA 2006! Bom jogo a todos!

softwares e patentes em Bioinformática

Na Bioinformatics de hoje (Bioinformatics = revista científica top 1 da área Bioinformatics 2006 22(12):1415; doi:10.1093/bioinformatics/btl166) , saiu um pré-editorial comentado a questão de patentes vs softwares livre. Segundo os editores serão apresentados 2 editoriais (o primeiro neste volume e o segundo no próximo) com diferentes opiniões sobre esta questão, abrangendo tópicos como acesso a softwares, patentes e propriedade intelectual. O editorial deste volume é assinado por Steven L. Salzberd e John Quackenbush ("It is time to end the patenting of software"; Bioinformatics 2006 22: 1416-1417; doi:10.1093/bioinformatics/btl167 ). O próximo será de Jonathan D. Wren, apresentando uma perspectiva diferente. A revista está aberta a contribuições dos leitores nesta discussão, cujos resultados serão incorporados para orientar futuros desenvolvimentos no escopo de publicações da Bioinformatics.

Vale a pena conferir, esta discussão promete!

debate sobre "peer-review" na Nature

Rapidíssima: mais um fórum para discutir a questão da revisão de manuscritos submetidos para publicação (manuscrito = versão preliminar do artigo científico que é avaliada no processo de "peer-review"). É um debate interessante e uma questão que precisa evoluir com urgência e incorporar as invovações em formato que a cada dia apresentam idéias mais criativas e democráticas para promover a divulgação do (bom) conhecimento científico. Claro que a questão passa pela forma como os pesquisadores/cientistas são avaliados, uma vez que a publicação "válida" para a promoção (e reconhecimento institucional) da carreira do cientista é aquela vínculada a revistas com alto índice de impacto, de pesquisador com histórico de artigos com alto número de citações, onde o pesquisador aparece como primeiro autor, com poucos (?!) co-autores... e assim por diante. Não acho que estes aspectos sejam irrelevantes, muito pelo contrário, mas que o sistema precisa evoluir e incorporar críticas, isso precisa... enquanto o pesquisador depender da avaliação dada por este sistema hermético, dificilmente vai "ousar" orientar a publicação dos seus estudos para novos formatos. "It's sad, but it's true... "(como diria a letra do Metallica).

Abaixo a Nota da Nature:

Nature Peer review trial and debate. Peer review is commonly accepted as an essential part of scientific publication, but the practice varies across journals and disciplines. What is the best method of peer review, and how can new technology be used to improve traditional models? Each week the Nature Peer review trial and debate will publish analyses and perspectives from leading scientists, publishers and other stakeholders to address these questions. Visit the peer review commenting forum to read and post comments on peer review.

Nature Peer review trial and debate:

http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Wq0Ej

Peer review commenting forum:

http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Wr0Ek

Connotea resources:

http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Ws0El

Mais sobre iniciativas (2) da Nature no sentido de inovar o sistema de "peer-review" aqui.

a pré-história do DNA mitocondrial do Neandertal

A análise do DNA mitocondrial tem se mostrado, cada vez mais, um recurso valioso para recuperar informação genética (reduzida a pequenos trechos de sequência nucleotídica) de material de museu, fósseis e amostras degradadas. A possibilidade de vislumbrar (ou mais propriamente, inferir) lances da história evolutiva humana a partir da informação contida no DNAmt de uma amostra do Homem de Neandertal beira a ficção científica, mas é uma realidade incontestável, já há alguns anos. Desta vez o estudo em questão saiu publicado no periódico científico Current Biology, sobre a diversidade genética do DNAmt Neandertal de 100 mil anos de idade ("Revisiting Neandertal diversity with a 100,000 year old mtDNA sequence" doi:10.1016/j.cub.2006.05.019 ). Estudos anteriores haviam utilizado amostras com "idades" entre 20 e 40 mil anos, época em que se supõe que Neandertais e Homo sapiens possam ter co-existido e, eventualmente (mais suposição ainda) produzido híbridos. Este estudo se propôs a voltar mais no tempo, de modo estudar a diversidade genética do DNAmt de amostras Neandertais não-contemporâneas do homem moderno - nota: acredita-se que eventos de substituição de populações humanas, hibridação e outros episódios evolutivos possam ser revelados através da comparação de polimorfismos (diversidade) encontrados no DNAmt de humanos modernos e Neandertais (considerando as diferentes idades) - e assim contribuir para avaliar o impacto que o contato Moderno X Neandertal produziu e sua relação com o desaparecimento desta última linhagem. Este estudo apresenta a amostra Neandertal mais antiga já analisada em termos de DNA.

É importante notar que o estudo é baseado na análise de - apenas - 123 nucleotídeos (ou pares de base - pb) de uma região hipervariável do genoma mitocondrial (HVR-I) de 1 amostra de 100.000 anos, comparados com a mesma região de outros 9 espécimes de Neandertal (bem mais novinhos) e de um banco de dados com 171 HVR-I humanas. Apesar do feito fantástico de recuperar informação genética deste tipo de amostra (onde, devido ao grau de degradação da molécula de DNA, foi impossível recuperar sequências íntegras com mais de 170pb), obviamente não se espera uma revolução em termos de desvendar a história evolutiva humana com tão pouca informação. Então não é se se estranhar que o artigo termine com a seguinte frase:

"Thus, more Neandertal sequences
than the six presently available
and longer than 100 bp are
needed to fully understand the
extent of the past diversity of
Neandertals."

Contudo, associados a outros estudos, estes resultados podem - sim - auxiliar na compreensão deste cenário evolutivo fascinante.

Material suplementar utilizado neste estudo pode ser encontrado aqui.

cursos on-line de bioinfo

rapidinho:

para aqueles que se interessam por Bioinformática, repasso um e-mail que acabei de receber da Bioinformatics Organization, sobre cursos on-line. Me pareceu interessante e digno de uma pequena nota, afinal todo esforço é válido na formação e capacitação de recursos humanos nesta interface fascinante (a gente que viveu a era sem-internet - sim, ela existiu - e com escassos recursos de bioinformática tem uma tendência a valorizar iniciativas como esta).

aqui está o texto da mensagem de e-mail:

The non-profit Bioinformatics Organization (Bioinformatics.Org) is pleased to announce the expansion of its educational services with the introduction of on-site and on-line training courses in bioinformatics. Since 1998, Bioinformatics.Org has been providing free hosting services for bioinformaticists. They've been focused largely on software development projects, but we're now expanding both research and educational services. Training courses and static tutorials will employ the open-source Moodle course management system to manage student registration and course materials. It's located here: http://edu.bioinformatics.org (Note: Account registration will be separate for this system until it can be integrated with the rest of the Bioinformatics.Org website. If you are member of Bioinformatics.Org, you'll need to re-register for this site in order to useit.) While the on-line course materials will remain gratis, courses lead by an instructor will often require a fee -- tiered for academics and economies -- to compensate the instructor and to help the Organization. Our very first course is on-site and targeted toward laboratory researchers who wish to learn how two open-source scripting languages can become powerful tools for data analysis.

Peer Review: ups-n-downs

Vejam a ótima matéria (acesso livre) que saiu na última edição do periódico EMBO Reports sobre o processo de revisão por pares ("Peer review: today and tomorrow"), processo que analisa e emite parecer justificando o aceite ou a rejeição de manuscritos submetidos para publicação. Este é um tópico que merece maior discussão, devido a sua importância na evolução da forma como se faz ciência e suas possíveis consequências. Mesmo nós "tupiniquins" que contribuímos com menos de 1% da produção científica mundial (deixo apenas um valor simbólico, pois ainda tenho que verificar este índice... e como ele foi obtido) devemos estar a par desta discussão, até para questionarmos como promover nossa participação e identificarmos viés no sistema que podem minar nosso esforço. Copiando o estilo recém lançado pelo João Alexandrino no "blog" Ciência e Idéias: "depois volto a comentar este assunto" (ou algo assim, não é João?)

um pequeno trecho da matéria:

"In entering this cycle, researchers display paradoxical behaviour. When acting as authors, they seek recognition from a wide readership; as readers, they are looking for some degree of validity conferred by journal branding. As critical readers, however, they acknowledge that publications in top journals might reflect the 'trendiness' of a particular area and the political skills of the authors, but that they are often oversimplified or compressed to an extent that severely limits their scientific value (Lawrence, 2003). Researchers might also accept that the number of citations received by a paper is essentially uncorrelated with the impact factor of the journal in which it is published (Seglen, 1997). Moreover, for many, if not all, high-impact journals, the distribution of paper citation rates is so highly skewed that they derive most of their citations from a handful of articles."

ana claudia

então tá... futebol

com a proximidade da Copa do Mundo 2006, corre-se o risco de ser anti-patriótico não "postar" uma notinha - que seja - sobre futebol. Então a contribuição do via gene será a indicação de uma matéria que saiu no Jornal da Unicamp sob o título: "O dom, a ginga, as estratégias de jogo, as cifras e a violência no futebol" da autoria de Manoel Alves Filho. Interessante a pergunta que consta de uma dissertação de mestrado da Faculdade de Educação Física, feita a técnicos de futebol e jornalistas esportivos: o que (eles) entendiam por tática, estratégia e sistema de jogo (note que são 3 coisas diferentes - eu só descobri isso hoje!!) . O resultado foi uma grande divergência de respostas, principalmente por parte dos jornalistas que, segundo a autora, comentam futebol mais por afinidade e gosto pelo tema (na maioria das vezes), enquanto os técnicos possuem formação superior que contempla conteúdos específicos sobre futebol (normalmente formados em Educação Física). Pelo jeito, os desentendimentos entre jornalista esportivo e técnicos de futebol se parecem bastante com a polêmica relação entre jornalistas científicos e cientistas. Para alguns exemplos deste último cenário recomendo o "blog" Ciência em Dia do jornalista Marcelo Leite, com especial atenção à seção de comentários (pule os comentários sobre o astronauta Marcos Pontes, pois são inúmeros e 80% deles são agressivos e inapropriados para menores :)) . Recentemente, os comentários a um "post" sobre futebol no SEMCIÊNCIA reavivaram esta polêmica, onde jornalistas seriam pouco críticos e comprometidos com relação às matérias publicadas sobre ciência e cientistas seriam corporativistas, promovendo a idéia de que ciência é para poucos iluminados (ao algo mais-ou-menos assim...). Quem sabe meu "post" sobre futebol também pega carona nesse "efeito-borboleta" do "post" do Osame...

ana claudia

acessos... de riso também!

Anexei uma relação de termos que direcionaram à página do "via gene" durante este mês. Estes resultados podem ser consultados pelo botão MAPSTAT (serviço do Blog Flux) que está ao final da coluna direta do blog, sendo apenas uma das categorias de resultados apresentados. Também é possível visualizar qual a origem geográfica dos acessos, o número de acessos por dia (distribuído pelo horário), por semana e por mês, a "via de acesso" (sites que "linkam" para o via gene de algum modo), os buscadores utilizados, os browsers mais comumente utilizados, as mátérias acessadas e vários outros dados interessantes que informam sobre o "quem, como e porques" dos acessos ao via gene.

Termos em negrito e itálico estão destacados por serem os mais divertidos encontrados nesta diversidade surpreendente de possibilidades!!

O que vocês acham?

Search Engine Referrals

gene (13 - 9%)
*note e anote (4 - 3%)
ciencia forense (3 - 2%)
semplagio (2 - 1%)
wikipeia (2 - 1%)
cbmeg home (2 - 1%)
genoma mitocondrial (2 - 1%)
doutorado genetica forense (2 - 1%)
*vantagens e desvantagens da midia (1 - 1%)
o que e mitocondrial? quais sua origens? (1 - 1%)
fotos Cochliomyia hominivorax (1 - 1%)
aspectos negativos e positivos celulas tronco (1 - 1%)
*o que fazer de bom na semana (1 - 1%)
*analise historica e social do orkut (1 - 1%)
*ciclo de las collembolas (1 - 1%)
Defeitos+DNA+Mitocondrial (1 - 1%)
matematica no laboratorio de biomol (1 - 1%)
o conceito de doutor (1 - 1%)
GENE outubro (1 - 1%)
genetica forense (1 - 1%)
"d-loop" "dna mitocondrial" (1 - 1%)
significa: titulo recebido por algumas pessoas ... (1 - 1%)
*o que devemos fazer em caso de picada de inseto... (1 - 1%)
artigo cientifico sobre genetica de vegetal (1 - 1%)
ciencia genetica evolução (1 - 1%)
processo mitocondria utiliza duplicar (1 - 1%)
evolução do genoma (1 - 1%)
tabelas comparativas- vantagens e desvantagens ... (1 - 1%)
dnamt marcador (1 - 1%)
nomenclatura animal (1 - 1%)
Sociedade Brasileira de Genética (1 - 1%)
o que é gene (1 - 1%)
identificaçao de um gene (1 - 1%)
reportagens recentes sobre genes (1 - 1%)
defeitos do DNA mitocondrial (1 - 1%)
DNA Barcodes (1 - 1%)
"habeas corpus" + chimpanzé (1 - 1%)
gene (1 - 1%)
google teses (1 - 1%)
mitocondrial, função estrutura e origem - Bio... (1 - 1%)
DNA barcoding in brazil (1 - 1%)
aspectos positivos e negativos da genética for... (1 - 1%)
limitaçoes do dna barcoding (1 - 1%)
*bom gene (1 - 1%)
portugues gene proprio (1 - 1%)
o que e gene? (1 - 1%)
ciência forense (1 - 1%)
quais as porcentagens para dar erro no diagnost... (1 - 1%)
dna mitocondrial - 2005 (1 - 1%)
taxonomia de Bos taurus (1 - 1%)
Congresso de genética (1 - 1%)
*sana +corpus (1 - 1%)
genoma mitocôndrial (1 - 1%)
"discutindo a sociedade do conhecimento" (1 - 1%)
herança mendeliana e o que é (1 - 1%)
papel da genetica na sociedade (1 - 1%)
RELAÇÃO EMPRESA (1 - 1%)
Genetica e evolução (1 - 1%)
unicamp cbmeg (1 - 1%)
wikipéia (1 - 1%)
unicamp (classificação dos seres vivos (1 - 1%)
Indice de impacto Nature (1 - 1%)
o que é Ciência Forense (1 - 1%)
dna taxonomia (1 - 1%)
investigação forense usando microssatélites (1 - 1%)
índice de impacto de revistas de quimica (1 - 1%)
CIENCIA FORENSE (1 - 1%)
"congresso de genética" (1 - 1%)
*origem genetica dos portugueses (1 - 1%)
gene é um genio (1 - 1%) !!!!
laboratorio gene sp (1 - 1%)
o que e gene (1 - 1%)
taxonomia Haematobia irritans (1 - 1%)
quais as consequencias causada pelo dna (1 - 1%)
tese hereditariedade (1 - 1%)
"formação do povo português" (1 - 1%)
trabalhos cientifico com anfibios (1 - 1%)
*gene do mal wikipedia (1 - 1%)
tabelas comparativas das vantagens e desvantage... (1 - 1%)
como montar um seminario utilizando a metodolog... (1 - 1%)
unicamp (1 - 1%)
estrutura de um gene eucarioto e principais ele... (1 - 1%)
*"concursos publicos" and "taxonomista" (1 - 1%)
*musicas sobre mitocondria (1 - 1%)
http://viagene.blogspot.com (1 - 1%)
evoluçao na genetica (1 - 1%)
pontos negativos de celulas tronco (1 - 1%)
*mitocondria animada (1 - 1%)
GENE (1 - 1%)
citocromo c+evolução química (1 - 1%)
belica imunologia (1 - 1%)
genética e evolução (1 - 1%)
padrões regiões intergênicas (1 - 1%)
determinismo genetico (1 - 1%)
unicamp (1 - 1%)
*qual eo aspecto positivo da mosca? (1 - 1%)
referencias bibliográficas de engenharia gené... (1 - 1%)
genoma musical (1 - 1%)
*paulo em via distinção (1 - 1%)
*quero ganhar a foto do sagrado coração de jesus (1 - 1%)
ciꮣia forense (1 - 1%)
"conquista profissional" (1 - 1%)
anfíbios (1 - 1%)
dna unicamp (1 - 1%)
filogenetico (1 - 1%)
*vantagens e desvantagens do marmore (1 - 1%)
DNA replicação duplicação dinâmica grupo (1 - 1%)
*revista super interessante reportagem cerveja (1 - 1%)
artigos cientificos em projeto social (1 - 1%)
Adilson Leite Unicamp bio (1 - 1%)
habeas corpus teses (1 - 1%)
taxonomia do mosca (1 - 1%)
"congresso de genetica" (1 - 1%)
Célula tronco pontos positivos e negativos (1 - 1%)
genética forense (1 - 1%)
"genotipo X fenotipo" (1 - 1%)
GENOMA MITOCONDRIAL (1 - 1%)
cbmeg unicamp (1 - 1%)
genoma mitocondrial (1 - 1%)
MOSCAS VAREJEIRAS (1 - 1%)
Pontos negativos do Projeto Genoma (1 - 1%)
polemicas de experiencia genética (1 - 1%)
nature vol 441 phd (1 - 1%)
crustaceos+aspectos+negativos (1 - 1%)

idéia fixa: mais sobre "ads"

Rapidinho... a referência é meio antiga (12/abril/2005) mas está atual para a complementar os “posts” sobre anúncios (ou ads) virtuais que uns abominam (eu me incluo) e outros promovem (chega a ser um “ícone” da cultura blogística). E claro que têm aqueles que não ligam ou perambulam em diferentes pontos deste gradiente...

Achei um “press release” aqui, derivado da matéria que aparece no “blogkits news” comentando os resultados de uma pesquisa sobre o que os bloggueiros pensam a respeito dos anúncios ("BlogKits has released their first blogger survey focusing on bloggers attitudes about blogs and advertising”). Há uma certa tendência favorável à prática de incluir anúncios em blogs, devido ao próprio público que “freqüenta” este site e que participou da pesquisa, mas já é um começo...

As questões apresentadas pela pesquisa podem ser acessadas aqui.

PLoS Biology dá brinde

Reproduzo uma mensagem de email interessante que recebi há poucos dias sobre a vantagem, em termos de números de citações, dos artigos de acesso livre (ou "open access"). Aproveito para manifestar apoio à iniciativa das publicações de formato "open access", onde o artigo científico (ou o conhecimento científico, se ampliamos a perspectiva...) é de acesso livre, ou seja, não é preciso fazer a inscrição (= pagamento de anuidade, por exemplo) na revista para poder ter acesso ao artigo, nem "loggar" de um computador institucional (desde que a instituição tenha acesso aos conteúdos publicados, um tipo de consórcio).

Uma cópia (de acesso livre, lógico) do artigo está aqui.

Mensagem de e-mail:

May 16, 2006

Dear Colleague,

I would like to draw your attention to a research paper published online today in PLoS Biology, entitled "Citation Advantage of Open Access Articles" by Gunther Eysenbach (University of Toronto).

The Study
In this study, Eysenbach compared the rate of citations of open access (OA) with non-OA articles from the same journal, PNAS.

Key findings include:
OA articles are twice as likely to be cited 4 to 10 months after publication and almost three times as likely between 10 and 16 months.
Self-archived articles are cited less often than OA articles from the same journal.

Read the full text of this article—freely available online.

Ah, sim! Sobre o brinde... a instrução é essa:

"Sign up for regular e-mail table of contents alerts. We will send the first 50 respondents a laser pointer (one per individual) just to say thanks for joining us. "

Ainda não recebi o meu... :(

mais sobre o Google AdSense Nonsense

Achei hoje um site chamado Webmaster Articles and Tools, onde encontrei uma referência sobre "Google AdSense: Pitfalls & Alternatives", que apresenta algumas dificuldades relacionadas a este serviço. O engraçado é que os "pitfalls" ou problemas são apresentados sob a ótica dos anunciantes (e não dos "webpublishers" ou autores do site/blog). Achei interessante registrar aqui quais são as questões apontadas como "pitfalls" (traduzi/modifiquei alguns trechos para o português por questões de "copyright") .

Informação complementar sobre o Google AdSense:

Cada "click" recebido por um "ad" (anúncio "linkado" ao site que oferece o produto ou serviço) é contabilizado a favor do dono do site para que este receba uma remuneração equivalente à quantidade de "clicks" (proporcionando uma medida da "penetrância" (por falta de termo mais adequado) da propaganda naquele site). "Ads" de sites/blogs populares têm mais chances de serem clicados, caso o visitante se interesse por algum dos anúncios, como se cada site fosse também um "outdoor", aqueles em avenidas mais movimentadas trariam mais retorno ao anunciante. A tecnologia dos "ads" vem tentando adequar o conteúdo dos anúncios aos conteúdos apresentados no blog, utilizando palavras-chave e outras ferramentas de "match" de conteúdos, aumentando assim a chance do anúncio interessar ao "público-alvo" que frequenta determinado site e, consequentemente, otimizando também a divulgação da propaganda (tipo fazer propaganda de bebida em barzinho ou de vitaminas em academias).

"... open issues with Google AdSense:

1. Click Fraud: a fraude ocorre quando o próprio blogueiro clica sistematicamente (ou usa um programa que automatize a "clicagem") no anúncio que aparece em seu site de modo a simular a divulgação do anúncio (e receber por isso!). Devido ao aumento crescente desta prática, o Google tem inadvertidamente descredenciado sites legítimos do programa de "ads".

2. Ad Blocking: algumas instituições estão bloqueando ativamente os anúncios do Google AdSense. Mas ainda é cedo para especular sobre o impacto desta iniciativa (e de algumas soluções) na divulgação de "ads".

3. Poor Quality Websites: qualquer um pode se inscrever no programa de anúncios AdSense, o que implica em anúncios associados a sites de qualidade duvidosa. Isso nem sempre agrada os anunciantes, especialmente se seus anúncios aparecem em sites de conteúdo ofensivo (pornográficos, racistas, etc.). Apesar das constantes reclamações, nenhuma providência foi tomada no sentido de controlar este aspecto."

Além do Google AdSense, existe um programa similar da Yahoo!, o Yahoo! Publisher Network. Mas ainda ficam as mesmas questões...

Uma vez que os "pitfalls" que interessam aos autores do site (ou webpublisher) não foram considerados (apenas aqueles que afligem os anunciantes), resolvi encaminhar uma nota ao pessoal do site. A nota está reproduzida abaixo, com pequenas edições (e desde já me desculpo pelos eventuais crimes contra a língua inglesa que insistem em me acompanhar...):

"The pitfalls listed here relate to websites/webpublishers that fraud the Ads program or publish bad quality content that do not please the advertisers… well, but there are many examples where the contrary happens: bad advertisements (even frauds, non-ethical and almost - if not - criminal ads) that shows up on very good quality websites and blogs. The owners of these sites have no practical tools for removing those ads that he/she may find offensive or that disagrees with the website theme (if one writes the word “religious” in a post from an atheistic weblog, he may find an ad that links to a catholic website or institution… completely non-sense! In another example I found an academic weblog that advertises on illegal practices of writing-thesis services… Absurd!). I have sent email messages to Google alerting about this, but noting happens… so the only solution would be to delete the ad “service” from your webpage… Isn’t that a kind of a huge pitfall?"

Este link indica um blog que recebeu um aviso de "Google AdSense Account Disabled" e conta um pouco desta história, só por curiosidade...

receita para fazer um bom doutor?

Vi isso hoje na Nature (referência: vol 441, pg 252, doi: 10.1038/nj7090-252b)

Obs. 1: apenas uma fração do conteúdo original está "postado", espero assim "ferir" o menos possível os direitos de "copyright", mas deixar algumas reflexões em um fórum aberto. Onde achei pertinente incluí - em português - minha opinião pessoal a respeito desta receita (?!). Fiquem à vontade para listar outros atributos importantes ou discordar destes que aqui se apresentam.

Obs. 2: uma questão de conceito - o "doutor" do título do "post" se refere ao título acadêmico concedido àqueles que defenderam uma tese de doutorado (PhD, conforme a sigla em inglês), não inclui médicos, advogados, delegados ou afins.

So what should we be telling prospective PhD students?

1 - Choose a supervisor whose work you admire and who is well supported by grants and departmental infrastructure.

anac: identidade com o tema de pesquisa do orientador/supervisor ajuda, mas 1) um bom orientador pode ser mais importante na formação do aluno do que o tema em si e 2) se você for apaixonado por um tema, você tem grandes chances, independente do orientador (bem, um mínimo de respeito é importante).

2 - Take responsibility for your project.

anac: sim, na medida do possível... há uma certa ingenuidade aqui... nem sempre o aluno está maduro o suficiente para perceber a dimensão de um novo projeto de doutorado. Não raramente, alunos estão envolvidos em projetos de risco (com poucas chances de sucesso) propostos pelos orientadores e assumidos por um aluno com pouca experiência para avaliar o risco inerente. O que quero dizer é: bons alunos assumem a responsabilidade de seus projetos, MAS bons orientadores têm a responsabilidade de propor projetos que os alunos possam responsabilizar-se.

3 - Work hard — long days all week and part of most weekends. If research is your passion this should be easy, and if it isn't, you are probably in the wrong field. Note who goes home with a full briefcase to work on at the end of the day. This is a cause of success, not a consequence.
anac: se você não passa o fim-de-semana rindo ao fazer sua pesquisa de laboratório enquanto um dia ensolarado acontece do lado de fora... calma, vc ainda pode ser um bom cientista. Acho este comentário bem "americano", no sentido "workaholic" de vida. Sim, é verdade que um doutorado consome finais-de-semana, principalmente àqueles em véspera de entrega de relatório, participação em evento científico (congressos) e exames e afins. Mas, sabendo planejar seu tempo, esse "uso" de finais-de-semana podem ser minimizados e você pode - sim - ter uma vida saudável, mental e fisicamente.

4 - Take some weekends off, and decent holidays, so you don't burn out.

anac: óbvio, senão você vai ser tornar um monstro viciado em café e bancada, não vai ter nenhum amigo (família, nem pensar) e não vai saber que existe um mundo do lado de fora do laboratório, bem mais real que aquele que nós cultivamos "inside".

5 - Read the literature in your immediate area, both current and past, and around it. You can't possibly make an original contribution to the literature unless you know what is already there.

anac: óbvio também... seja normal, se optou pelo doutorado, mantenha-se informado sobre o "state-of-art" da sua área e, periodicamente (1x/semana), assista a seminários abrangendo outros temas, não seja um/a bitolado/a, isso não é vida.

6 - Plan your days and weeks carefully to dovetail experiments so that you have a minimum amount of downtime.

anac: já comentei em algum lugar aí em cima... algum planejamento e grade de horário são necessários para um mínimo de organização e para facilitar o trabalho de equipe (aliás, segundo estas "dicas", saber trabalhar em equipe - super fundamental para ser um bom cientista - nem foi mencionado... êta visãozinha "selfish" do aluno de pós... promova a equipe e o trabalho em equipe sempre que puder!)

7 - Keep a good lab book and write it up every day.

anac: claro: tenha seus registros em ordem para não se perder em sua pesquisa.

8 - Be creative. Think about what you are doing and why, and look for better ways to go. Don't see your PhD as just a road map laid out by your supervisor.

anac: confesso, nunca entendi bem essa história de "seja criativo", soa como "seja talentoso"... ou você nasce assim ou vai ralar um bocado tentando aprender a ser criativo. Não acho que seja uma coisa que se quer e imediatamente se consegue, alguns seres são naturalmente criativos, outros bons cientistas aprenderam com a experiência (foram "ficando" mais criativos) e muito espírito crítico (aliás outra coisa importante que não foi mencionada no artigo ou manual). Se alguém te diz: "Tenha uma boa idéia agora", você simplesmente a tem? Então o ítem poderia ser algo como "Só tenha idéias boas ou excelentes"

9 - Develop good writing skills: they will make your scientific career immeasurably easier.

anac: fácil falar... essa é uma daquelas coisas que você passa a vida toda aprimorando... melhor já nascer sabendo, mas com algum esforço e dedicação você pode ser um bom cientista mesmo se não nasceu dotado deste talento. E, se não for americano ou inglês (incluíndo colônias), esforçe-se ainda mais para reverter sua habilidade para a esta línguagem não-nativa...

10 - To be successful you must be at least four of the following: smart, motivated, creative, hard-working, skilful and lucky. You can't depend on luck, so you had better focus on the others!

anac: e ainda – bem-humorado, otimista, crítico, agregador (saiba trabalhar em equipe) e humilde (a natureza vai te surpreender sempre com infinitos enigmas e desafios, mesmo que você passe uma vida toda dedicado a desvendá-la).

Um manual com este conteúdo está disponível aqui.

inovações ao DNA barcode

um "copy & paste" relâmpago só para alertar que a busca pelo código-de-barras da vida (ou por uma "assinatura molecular" onde, através da análise de um trecho-específico de uma sequência de DNA, seríamos capazes de identificar espécies) tem cada vez mais suporte na bioinformática e inova ao incluir a análise da estrutura secundária de genes de RNA ribossomal (16S e outros) como caráter válido para identificação taxonômica.

"Tradicionalmente", a análise de taxonomia molecular conhecida como "barcode DNA" ou "DNA barcoding" utiliza-se de alinhamentos da sequência primária de um trecho do gene que codifica a subunidade I da Citocromo Oxidase (COI ou cox1), especificamente, um trecho da extremidade 5' (leia-se: cinco linha) do gene. Este gene localiza-se no genoma mitocondrial (DNAmt).

obs 1: estrutura secundária: estrutura bidimensional formada a partir de interações (ligações entre nucleotídeos) da sequência primária de DNA com ela mesma (ligações "intra-fita" que geram a formação de "alças" e "grampos") .

obs 2: genes e regiões gênicas possuem orientação de leitura: de 5' --> 3'.

obs 3: a idéia de caracterizar espécies através de sequências de DNA (primárias ou secundárias) já tem longa data nos estudos envolvendo microrganismos. Mas ganhou uma nova "roupagem" e nome (código-de-barras de DNA) ao utilizar o gene COI do DNAmt para identificação de grupos animais, principalmente. Atualmente há uma tendência em minimizar a polêmica em torno desta estratégia experimental (marketing do marcador universal absoluto para identificação de espécies X defensores da falácia do "DNA barcoding" como ferramenta de identificação taxonômica) , de modo que o "barcoding DNA" tem sido reconhecido como uma ferramenta que agrega informação taxonômica válida e que tem como vantagem a caracterização de "etiquetas taxonômicas" em uma estrutura de larga-escala, baseada em uma plataforma operacional envolvendo isolamento de DNA, sequenciamento e bioinformática (bancos de dados e análises comparativas). Aliado a isso, há o esforço genuíno de integrar conhecimento taxonômico tradicional e inovações (como a digitalização e construção de amplos bancos de dados com imagens de alta resolução), incentivar a multidisciplinaridade (reconhecendo o mérito e a contribuição de taxonomistas, sistematas, geneticistas e biólogos moleculares, entre outros) e integrar a comunidade científica interessada na caracterização de biodiversidade, absorvendo críticas (o "DNA barcode" não substitui a taxonomia), abandonando paradigmas ultrapassados (taxonomia é para poucos) e buscando inovações (o artigo abaixo é um pequeno exemplo).

Veja resumo do trabalho recentemente publicado - versão eletrônica - na revista "Bioinformatics"de 13 de Abril de 2006:

Ribosomal RNA as molecular barcodes: a simple correlation analysis without sequence alignment.

Chu KH, Li CP, Qi J.
Department of Biology, The Chinese University of Hong Kong, Hong Kong, China.

MOTIVATION: We explored the feasibility of using unaligned rRNA gene sequences as DNA barcodes, based on correlation analysis of composition vectors derived from nucleotide strings. We tested this method with seven rRNA (including 12S, 16S, 18S, 26S and 28S) datasets from a wide variety of organisms (from archaea to tetrapods) at taxonomic levels ranging from class to species. RESULT: Our results indicate that grouping of taxa based on composition vector analysis is always in good agreement with the phylogenetic trees generated by traditional approaches, although in some cases the relationships among the higher systemic groups may differ. The effectiveness of our analysis might be related to the length and divergence among sequences in a dataset. Nevertheless, the correct grouping of sequences and accurate assignment of unknown taxa make our analysis a reliable and convenient approach in analyzing unaligned sequence datasets of various rRNAs for barcoding purposes. AVAILABILITY: The newly designed software (CVTree 1.0) is publicly available at the Composition Vector Tree (CVTree) web server http://cvtree.cbi.pku.edu.cn.

"ads" do goooooogle

Definitivamente, por incrível que possa parecer a outros blogueiros, sou contra a inclusão de "ads" ("advertisements" ou propaganda mesmo) em blogs de conteúdo importante (bem, cada um com seu gosto e liberdade para escolher o que considera "importante"...). E não é por uma questão ideológica do tipo blogar = movimento com certa dose de anarquia e liberdade que não se rende ao capitalismo selvagem, que alguns eventualmente defendem (nada contra também). Mas muito mais pela quantidade de anúncios inconsistentes e pela incapacidade de filtrar anúncios de natureza altamente conflitante com o conteúdo principal do blog, como um blog científico fazendo propaganda do "Sagrado Coração de Jesus" - ver comentário aqui - ou o blog científico/acadêmico do Osame, SEMCIÊNCIA (que por mais engraçado que seja, também é sério), fazendo propaganda de encomenda de monografias acadêmicas e... sem plágio diz o anúncio!!!). Acho que já comentei por aqui o absurdo que se chegou com esses negócios especializados em vender serviços de teses e monografia, trabalhos exigidos pela academia - normalmente para a conclusão do curso de graduação - que pretende capacitar o aluno no desafio e na aventura de se expressar e apresentar o "estado da arte" de um tema relacionado ao seu curso (que quase sempre é o próprio aluno que escolhe e que deveria ser estimulante para o mesmo, afinal foi ele que optou pelo ensino superior). É simplesmente degradante este cenário... pior ainda a contribuição de blogs científicos na propagação destes anúncios (que se não forem formalmente criminosos - os anúncios, não os blogs - devem estar próximos desta condição...) que sangram o esforço acadêmico e docente - isto sim, quase uma ideologia - de uma forma absolutamente trivial.
Por esta incoerência que beira o ridículo: nota Zero aos "Ads".
Observação: não é também incrível a ironia? O monografista profissional busca o recurso da ÉTICA para fazer sua propaganda: SEM PLÁGIO... será que a gente merece?!

palestra no CBMEG - Unicamp

Aviso aos navegantes:

Na próxima segunda-feira, 11:00hs da manhã, teremos a oportunidade de assistir à palestra intitulada: "Escalas de espaço/tempo e os padrões de diversidade genética e biodiversidade", que será proferida pelo Dr. João Alexandrino (UNESP - Rio Claro), no auditório Dr. Adilson Leite, no Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (conhecido como CBMEG), da UNICAMP. Não percam esta oportunidade de aprender mais sobre como natureza e evolução operam em conjunto. Quem sabe de bônus a gente ainda possa apreciar uma ou outra imagem do mundo dos anfíbios?! Fica a expectativa e o convite...

ana claudia

publicando o "código de barras" da vida

Mais uma iniciativa que promove a análise de DNA barcodes (ou código de barras de DNA): o periódico científico Molecular Ecology Notes, uma expansão da revista original Molecular Ecology, acabou de incluir 3 novas seções de modo a comportar a publicação de artigos técnicos (tanto opiniões quanto trabalhos completos) e... artigos de DNA barcoding! Esta seria a primeira revista científica a incluir em sua estrutura básica um espaço permanente para a publicação deste tipo de conteúdo. A revista Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences já havia dedicado um volume exclusivamente para artigos analisando estudos de DNA barcoding (Volume 360, Number 1462 / October 29, 2005) no ano passado, e agora foi a vez da MEN expandir este tipo de iniciativa de forma mais concreta. A inclusão de um espaço para diviulgar trabalhos técnicos também é muito bem-vinda, pois na investigação científica de determinado fenômeno, o pesquisador (ou pesquisadora, claro!) muitas vezes desenvolve novas metodologias, estratégias ou adaptações que geram informações valiosas que podem - e devem - ser publicadas em foro específico (nem sempre há espaço para a publicação de discussões técnicas mais extensas em artigos cuja temática principal é outra).

Reproduzo abaixo a mensagem original da revista anunciando esta expansão:

The editors of Molecular Ecology Notes (MEN) and the Consortium for the Barcode Of Life (CBOL) are pleased to announce an expansion of the journal to include:

1. Technical views

2. Full-length technical papers

3. A new section on barcoding papers

The first two initiatives are intended to provide an outlet for comprehensive technical papers and reviews that currently do have not have a home in the journal. The third initiative is intended to recognize the tremendous promise bar-coding holds for ecological studies and to provide a suitable venue for these kinds of papers. We envision that barcoding papers would deposit their data to appropriate databases such as BOLD and GenBank and to follow the standards developed by CBOL. To facilitate this expansion, we are pleased to announce that Brian Golding, McMaster University, has agreed to join our Editorial Board as an Associate Editor for barcoding papers. Jared Strasburg, Indiana University, will assume editorial responsibilities for technical reviews and full-length technical papers.

To read a statement from CBOL endorsing Molecular Ecology Notes (MEN) as a publishing vehicle for DNA barcoding papers visit

http://blackwell-publishing.msgfocus.com/c/1hA7zT01jc9GJ6Ele

Kevin Livingstone, Harry Smith, and Loren Rieseberg, Molecular Ecology Notes

David Schindel, Executive Secretary, Consortium for the Barcode Of Life

Quinto lugar também se comemora!

Um rápido cut-&-paste do periódico científico Bioinformatics sobre o impacto de seus artigos. A revista orgulhosamente divulga que teve um de seus artigos como o quinto artigo mais citado de 2005 (90 citações). E ainda faz propaganda de 3 artigos publicados no periódico Nucleic Acids Research, da mesma editora, que estão entre os 40 artigos mais citados do ano. Um dia a gente chega lá!

Red-Hot Research:

Bioinformatics publishes the 5th ?Hottest? paper of 2005

Oxford Journals are proud to announce that Bioinformatics published the 5th most highly cited paper of 2005. This is according to the March/April issue of Science Watch, the bimonthly newsletter from Thomson Scientific. In their annual round-up of the most influential research of the year, Thomson Scientific evaluated the number of citations received by each paper as indexed in its Web of Science database. In 2005, only the New England Journal of Medicine published articles that received more citations than the most highly cited paper from Bioinformatics. The paper, which received 90 citations, was published in Volume 21, Number 2 of Bioinformatics and is entitled Haploview:analysis and visualization of LD and haplotype maps by J. C. Barrett, B. Fry, J. Maller and M. J. Daly. You can read the abstract of this article, view the full text, and see a list ofthe papers that cited it, free of charge. You may also be interested to know that 3 articles from another Oxford Journal, Nucleic Acids Research, were ranked in the top40 most highly cited papers from 2005. They are: The Universal Protein Resource (UniProt), Amos Bairoch et al. CDD: a Conserved Domain Database for protein classification, Aron Marchler-Bauer, et al. NCBI Reference Sequence (RefSeq): a curated non-redundantsequence database of genomes, transcripts and proteins, Kim D. Pruitt, Tatiana Tatusova, and Donna R. Maglott.

blog na academia

Recentemente recebi um e-mail interessado na minha opinião sobre a relação blog/jornalismo. Não sei se minhas respostas foram utéis para o interessado, mas foi um exercício curioso responder as suas 7 questões. Aproveito para repassar aqui esta experiência, pois acredito que outros "blogueiros" tenham sido também contactados e assim poderíamos compartilhar nossas opiniões. Ressalto que não fiz nehuma reflexão muuuito profunda a respeito dos tópicos abordados, apenas uma rápida impressão. Assim aproveito também para atualizar este pobre blog que carece que uma blogueira mais assídua e dedicada... são tempos corridos estes... espero que ainda algum (a) amigo (a) fiel visite o site e veja (quiçá comente) este post... :). Fiquei curiosa com o resultado do trabalho do Leonardo, tomara que esta curiosidade acadêmica se amplie e possamos ter acesso a este tipo de análise. Sucesso ao Leonardo!

ana claudia

E-mail do Leonardo:

Cara Ana Cláudia,

Meu nome é Leonardo, sou estudante de jornalismo da Faculdade Cásper Líbero. Estou fazendo uma matéria sobre a ascensão dos blogs como fonte de informação jornalística. Para compor o texto, gostaria de inserir dados sobre blogs jornalísticos brasileiros (seu blog, ainda que somente científico, tem um perfil informativo que pode caracterizá-lo como jornalístico) e opiniões dos blogueiros sobre a nova conjuntura do jornalismo. Envio sete questões bem simples sobre o assunto. Se não for incomodar, gostaria que elas fossem respondidas até segunda-feira às 20h. Obrigado pela atenção.

1. Quando surgiu a idéia de montar um blog?

2. Quais são suas principais fontes?

3. Qual é a média de visitas do seu blog? Como elas chegam a seu blog e por que elas procuram essa fonte de informação?

4. Com que freqüência você posta? Quanto tempo do seu dia você dedica ao blog?

5. Você trabalha com o quê?

6. Até que ponto o blog ameaça o jornalismo tradicional? O que faz oleitor abandonar o jornal e buscar o blog?

7. Quais são as vantagens e desvantagens dos blogueiros em relação aos jornalistas da mídia tradicional?

Minha resposta:

Olá Leonardo,

Obrigada pela sua mensagem e interesse. Infelizmente só vi sua mensagem agora. Vc ainda tem interesse nas respostas? Estão abaixo:

>1. Quando surgiu a idéia de montar um blog?
R. Um pouco depois que comecei a visitar e comentar periodicamente no blog do jornalista Marcelo Leite (fev de 2005), na época situado no "blogspot", e verifiquei a facilidade técnica de montar um blog e sua utilidade para estender assuntos que normalmente comentava no lab. de pesquisa e que poderiam ter interesse mais amplo.

>2. Quais são suas principais fontes?
R. Material do meu dia-a-dia de pesquisa, notas de revistas científicas (Science, Nature e outras mais específicas da minha área - biologia molecular e evolução), notícias do CNPq, notícias do Jornal da Ciência (da SBPC), notas comentadas em outros blogs científicos (ciência em dia, semciência, ciência e ideias, entre outros), notícias sobre ciência ou política científica veiculadas no jornal Folha de SP, discussões do laboratório sobre questões gerais da academia, e qualquer outro material que eventualmente me chame atenção e que eu tenha uma opinião a respeito.

>3. Qual é a média de visitas do seu blog? Como elas chegam a seu blog>e por que elas procuram essa fonte de informação?
R. Não sei a resposta da primeira pergunta. A divulgação do meu blog é feita via o meu Currículo Lattes (CNPq), minha assinatura de e-mail acadêmico e um link - inicialmente - no site/blog do Marcelo Leite (recebi muitas visitas depois de ser "linkada") e - mais recentemente - em outros sites científicos (ciência e idéias, semciência, gluon), além de ter divulgado o blog via orkut (aliás um dia vou postar algo com relação a este "fenômeno" da internet brasileira). Uma busca no google pelo meu nome resulta em entradas que apontam para matérias do blog, o que pode facilitar que as pessoas encontrem este site. As pessoas buscam estas informações porque gostam de conversar sobre aspectos diversos da ciência em um fórum mais informal que a mídia jornalística, onde o formato dinâmico permite a interação dos leitores com o blogueiro e promove a troca de idéias com total democracia: há diversidade e conhecer esta diversidade de opiniões - muitas vezes de especialistas - sobre temas polêmicos atrai visitas ao blog.

>4. Com que freqüência você posta? Quanto tempo do seu dia você dedica ao blog?
R. Frequência irregular (no momento faz mais de 1 mês que não atualizo o blog). Não posso estimar, depende muito das minhas outras atividades de pesquisa que são prioridade.

>5. Você trabalha com o quê?
R. Genética e evolução, de modo geral. Estrutura e função de genomas mitocondriais, mais especificamente e atualmente.

>6. Até que ponto o blog ameaça o jornalismo tradicional? O que faz o>leitor abandonar o jornal e buscar o blog?
R. Não entendi bem a pergunta... São concepções diferentes, não há ameaça. Leitor de jornal pode ir buscar mais informação e opiniões - principalmente - em blogs especializados, uma vez que o jornal nem sempre tem espaço suficiente para apresentar todo conteúdo associado à determinada reportagem, muito menos há espaço para que se possa opinar a respeito (e ser respondido em sua crítica), em tempo - quase - real.

>7. Quais são as vantagens e desvantagens dos blogueiros em relação aos>jornalistas da mídia tradicional?
R. Não sei como é a "vida" do jornalista de mídia tradicional, então posso apenas especular a respeito... sem muito compromisso. Então acho que essa já é uma vantagem: o blogueiro não tem compromisso formal com uma instituição (o blogspot não fica me "cobrando" por eu não postar diariamente ou exige que eu siga critérios formais de postagem). Ter um blog é uma opção pessoal, não profissional, e esta é uma grande diferença. Uma vantagem seria esta flexibilidade de forma, conteúdo, regularidade, expressão e possibilidade de interação direta e - online - com os leitores, que é muito estimulante e promove maior inclusão de idéias e opiniões. Desvantagem... novamente: blogar não é uma profissão... pode ser um gosto, uma necessidade de expor idéias, se expor, divulgar por idealismo, etc. É um gosto que envolve dedicação e tempo (se se quer um blog dinâmico, como todos deveriam ser...) e este tempo é normalmente o tempo livre do pesquisador (que também é usado para a família, tarefas pendentes, manutenção básica, etc). Mas, desculpe, achei a pergunta um pouco mal-formulada... vantagens e desvantagens com relação a o quê, especificamente?

É isso aí!

ana claudia

SEM CIÊNCIA?

Opa! A temporada de blogs científicos está em alta: mais um blog científico identificado - SEMCIÊNCIA, do Dr. Osame Kinouchi. Nasceu hoje, apesar do Osame ser frequentador assíduo do blogue do jornalista Marcelo Leite, com colocações sempre muito pertinentes. Mais uma boa notícia para a divulgação de ciência na pátria amada. Bem-vindo Osame e sucesso!

Observação: engraçado que uma das principais motivações que fomenta a existência destes novos blogs - SEMCIÊNCIA E CIÊNCIA & IDÉIAS (ao menos pelo que indicam alguns dos artigos "postados" recentemente) é apresentar uma crítica a muitas das opiniões e comentários veiculados no "blogue" do próprio Dr. Marcelo Leite, auto-denominado Dr. Anti-determinismo (ou ao menos reconhecido como tal pela maioria dos visitantes do seu "blogue"). De um jeito ou de outro devemos ao jornalista a mobilização dos cientistas para divulgar ciência e popularizar opiniões e conhecimento antes restritos ao âmbito acadêmico. Querendo ou não, parte do mérito, ao menos a veia provocativa, é do Dr. Milk! A vida tem destas ironias, não é? Por isso mesmo é fascinante!

Abraços, ana claudia

incoerência de contextos...

Comentário-relâmpago: acabei de me deparar com uma união incomum causada, aparentemente, pela inclusão de anúncios do Google em páginas de "blog" (artifício que pode ser configurado pelo usuário para, eventualmente, ampliar a divulgação da sua página ou obter algum outro benefício, não me lembro bem...). Fato é que ao ler o texto entitulado "Alguns Milagres do Êxodo Descodificados" do blog português Divagar Ciência, aparecia ao lado um anúncio do Google com a foto do Sagrado Coração de Jesus com a mensagem: "Veja porque você precisa ter em casa o Sagrado Coração de Jesus." Assim ficou na mesma tela, lado a lado, um artigo mundano desmistificando - através de argumentos científicos - alguns dos milagres mais famosos da Bíblia e um anúncio "sagrado" divulgando religião. Achei curiosa esta associação e interessante como uma pequena nota aqui neste "blog".

Novo blog científico: Ciência & Idéias

Aviso aos navegantes, mais um blog científico discutindo ciência em águas brasileiras. O blog Ciência e idéias tem alguns meses de vida no blogspot, mas como eu só o descobri hoje, passa por novo neste comentário. São 4 autores que se revezam nos textos e reflexões. Tive a oportunidade de conhecer um deles, o cientista de nacionalidade portuguesa João Alexandrino, e pelas amostras "postadas" no blog acredito que surgiu mais um espaço sério e comprometido para divulgar ciência... e idéias. Parabéns ao time (aliás a referência ao timão - desculpem-me os gaviões de plantão - é o único aspecto que eu criticaria do blog :)). Saudações e parabéns pela iniciativa. Bem-vindos! Nota? 10, claro!

ana claudia

uma nova AMiGA na rede...

Aproveito este espaço para comentar e divulgar uma experiência recente em Bioinformática (como o próprio nome diz: biologia + informática, uma união promissora e fascinante que visa promover a análise de grande volume de informação biológica - normalmente sequências nucleotídicas - através do desenvolvimento de ferramentas computacionais específicas) do nosso laboratório: o banco de dados AMiGA. Esta simpática sigla significa Arthropodan Mitochondrial Genomes Accessible database, numa tradução livre seria algo como: banco de dados acessível para genomas mitocondriais de artrópodes (insetos, aranhas, crustáceos, etc). O artigo descrevendo este banco de dados está em vias de publicação no periódico científico Bioinformatics, uma revista onde ~80% dos manuscritos submetidos são rejeitados conforme rígidos critérios editoriais (informou o editorial de 15 de dezembro 2005). O genoma mitocondrial animal (sim, mitocondria tem um genoma próprio), é uma pequena molécula de DNA dupla-fita circular (16.000 pares de bases), conservada em conteúdo gênico (normalmente 37 genes: 13 genes codificadores de proteinas, 22 RNAs transportadores e 2 RNAs ribossomais), sem introns ou extensas regiões intergênicas (não-codificadoras) e abundantemente utilizada em análises comparativas e estudos evolutivos. O DNA mitocondrial (ou DNAmt) é um dos mais populares marcadores moleculares empregados em estudos evolutivos para uma ampla diversidade de grupos animais, especialmente informativa é a sequência do gene codificador da subunidade I da Citocromo Oxidase c (iniciativas de pesquisa recentes - e em andamento - adotaram ~600pb deste gene como "marcador universal" para inventariar a biodiversidade global, uma iniciativa ambiciosa que se baseia na técnica conhecida como "DNA barcodes"). Mesmo não tendo o apelo conquistado pela área de Genômica "tradicional" (se é que se pode cunhar de "tradicional" uma área de pesquisa ainda recente, especialmente no Brasil), a Genômica Mitocondrial e Comparativa vem obtendo cada vez maior reconhecimento e produzindo importantes contribuições ao conhecimento científico com relação à evolução deste sistema genômico (acredita-se que a mitocondria tenha se originado de uma associação simbiótica entre um organismo eucarioto ancestral e uma bactéria primitiva) e a sua utilidade como marcador filogenético para entender a evolução e as relações entre as diferentes espécies. A bioinformática tem sido extremamente generosa para a investigação biológica, otimizando a análise simultânea de grandes quantidades de dados e trazendo uma nova dimensão de possibilidades para resolver as sempre intrigantes questões das Ciências Biológicas. Desculpem-me pela possível auto-promoção (será?), mas foi uma desculpa para divulgar um pouco mais o mundo do DNA mitocondrial e começar a alimentar este blog que andava meio parado... é isso.

ana claudia

adeus ano velho...

Feliz 2006! Que surjam mais oportunidades para o desenvolvimento científico do Brasil, que a ciência renove seus compromissos éticos, promovendo e disseminando conhecimento, educação e cidadania. Que seja um ano de oportunidades para a pesquisa e os pesquisadores (principalmente os jovens doutores!). Que haja investimento na universidade pública, na formação de recursos humanos qualificados, valorização dos profissionais de ensino/educação (fundamental, médio, superior...), etc, etc, etc...

e por aí vai...

Abraços a todos e sucessos em 2006!

ana claudia