cadê o Osame?

Me desculpem aqueles que não sabem quem é o Osame (dica: frequentador assíduo de blogs científicos, autor prolífico do blog SEMCIêNCIA e docente da USP, só para listar algumas características mais óbvias).

Mas acho importante incluir esta pergunta (desculpem se inconveniente e muito particular - meio coisa de bloggeiro sem assunto... :( ), uma vez que parte do interesse do via gene é promover e preservar a divulgação científica em todos os seus veículos, inclusive - claro - o "blog" científico. Como o Osame "bloga" uma média de 5 "posts" por dia, isso faz com que sua "ausência" deixe um "gap" (uma lacuna) na pequena - mas expressiva - blogosfera científica brasileira.

Dadas as explicações: Osame, onde você está?

Quem tiver alguma idéia, favor incluir via comentários...

abraços e votos de uma breve "recuperação" ao nosso colega de blog!

"oops effect": orfãos do GenBank

Mais uma nota interessante para aqueles que se dedicam a estudos com sequenciamento de DNA (e outros curiosos científicos) que acabou de sair na última versão da revista PLoS Biology. O artigo investiga casos de publicações científicas que omitem (propositalmente ou não) informações sobre o número de acesso no GenBank de sequências analisadas no trabalho, ou que nem submetem as sequências ao cadastro do GenBank (apesar da política da revista ser explícita quanto à necessidade de depositar todas as sequências utilizadas no estudo no GenBank e incluir o número de registro no manuscrito submetido para publicação). Foi uma surpresa encarar esses índices e a possibilidade de alguns erros serem intencionais por parte dos autores do artigo. Vale a pena conferir esta "denúncia"!

Refrência: Noor MAF, Zimmerman KJ, Teeter KC (2006) Data sharing: How much doesn’t get submitted to GenBank? PLoS Biol 4(7): e228. DOI: 10.1371/journal. pbio.0040228

alguns trechos retirados do artigo-denúncia:

"We know from personal experience that authors of published papers reporting DNA sequences sometimes intentionally fail to deposit their sequences to GenBank and refuse to release them upon request. Is this a rare exception, or do many papers make it past coauthors, associate editors, editors, reviewers, and journal staff without providing the purportedly required data accession numbers?"

mais um pouco:

"Between 3% and 20% of papers in these journals did not include GenBank accession numbers, and between 3% and 15% of studies never submitted their DNA sequences at all."

e a seguir, a finalização:

"The databases of GenBank, EMBL, and the DNA Databank of Japan [2,3,4] serve as a model for data sharing from which the entire scientifi c community can learn. Although they sometimes get bad publicity for errors in DNA sequence submissions (e.g., see [5]), the positive impact they have had on all areas of biology is enormous."

O artigo pode ser acessado (livremente) na íntegra aqui.

nota importante sobre acesso ao patrimônio genético

Vi hoje uma nota publicada no Jornal da Ciência reproduzindo notícia do Estadão (jornal "O Estado de SP"):

DECISÃO DO CONSELHO TIRA CIENTISTAS DA ILEGALIDADE

um avanço na comunicação entre IBAMA e comunidade científica no sentido de desburocratizar atividades científicas envolvidas com coletas de material biológico e inventários de biodiversidade, que esbarravam na medida provisória 2.186, que visa combater a biopirataria e a preservação do patrimômio genético.

trecho da notícia:
"A partir de agora, pesquisas taxonômicas que incluam seqüenciamento de DNA, mas que não tenham finalidade econômica ou comercial, não precisarão mais passar pelo CGEN (Conselho de Gestão do Patrimônio Genético)."

Boa notícia!

um pouco mais sobre a proposta aqui.

cientista robô?

Acaba de sair um artigo na revista Bioinformatics com o seguinte título:

"An ontology for a Robot Scientist"

(referência: Soldatova, L.N.; Clare, A.; Sparkes, A. & King, R.D (2006) Bioinformatics, 22(14):e464-e471; doi:10.1093/bioinformatics/btl207)

Repasso a seguir um trecho do resumo do artigo (publicado no formato de acesso-aberto ou acesso-livre):

Motivation: A Robot Scientist is a physically implemented robotic system that can automatically carry out cycles of scientific experimentation. We are commissioning a new Robot Scientist designed to investigate gene function in S. cerevisiae. This Robot Scientist will be capable of initiating >1,000 experiments, and making >200,000 observations a day. Robot Scientists provide a unique test bed for the development of methodologies for the curation and annotation of scientific experiments: because the experiments are conceived and executed automatically by computer, it is possible to completely capture and digitally curate all aspects of the scientific process. This new ability brings with it significant technical challenges. To meet these we apply an ontology driven approach to the representation of all the Robot Scientist’s data and metadata.

Pergunta: será que a atividade do cientista pode ser reduzida ao formato robótico? Não deveria ser algo mais na linha "robô científico" (= que executa tarefas científicas/conotação técnica) do que cientista-robô? Ou será que preparar uma bateria de reações de PCR, sequenciamento ou qualquer outra peripécia das bancadas de laboratórios de biologia molecular é suficiente para qualificar o sujeito (ou máquina) como cientista? Parece que cada vez mais, termos como reflexão e criatividade perdem espaço no mundo tecnológico (e eu sou favorável ao "tecnológico", mas sem perder a dimensão do talento humano). Um robô dificilmente será um cientista, assim como não será um artista (por mais que possa ser uma "fotocopiadora de luxo", com habilidade para trabalhar na bancada, não terá nunca "o brilho nos olhos" que vem com a descoberta científica). Faça uma observação rápida com qualquer aluno de iniciação científica e a evidência será monumental a favor do entusiasmo humano como parte integrante da definição de cientista!

ciência do BR em alta?

relâmpago: ver aqui, via agência FAPESP, nota da CAPES sobre o produção de artigos científicos brasilieros que registra crescimento de 20%... posição do Brasil no "ranking" = 17° (não mudou apesar dos 20% extra). A notícia no portal da CAPES está aqui.

umas coisas interessantes da Nature desta semana:

1- Propaganda da Invitrogen:
Não, o propósito não é fazer propaganda desta empresa (até porque estou mais para a anti-propaganda desde que perdi 4 meses de trabalho com kits-problemas – algo que já comentei em algum lugar deste blog). Mas queria comentar algo sobre a “natureza perversa” das reações de PCRs (até porque eles andam muuuuito na minha cabeça ultimamente, bem mais do que eu gostaria...), e que achei que a tal propaganda se aproveitou disso, veja o que ela diz:

“Get successful PCR the first time with AccuPrime(TM) enzymes and primers from Invitrogen. Put an end to waste: reduce rework, optimization, and repeat reactions. Start getting used to PCR you can count on.”

As palavras riscadas (era para ser riscado, mas não achei o recurso no blogger, então optei por re-traduzir como fonte: Webdings) são apenas para confirmar que a intenção não é – mesmo – propagandística (aliás, vez por outra me deparo com palavras e textos riscados em blogs e sites, mas nem sempre entendo o recado... já vi o The Loom utilizar esse recurso para corrigir algo no texto por sugestão “postada” via comments ou alguém falar mal do President Bush e riscar para...? o governo paranóico dos EUA não filtrar?!). Seja como for reparem: 1) “successful (...) first time”, pois, via de regra, PCRs nunca funcionam de primeira e sempre há uma longa e desgastante etapa de padronização experimental para fazê-los funcionar (como se ganhou um Nobel com isso? :)); 2) “reduce (...) repeat reactions”, sempre a tal otimização e finalmente 3) “you can count on”, sim pois esta “ferramenta”-mestre da biologia molecular deveria te ajudar – em teoria - e não te fazer entrar em parafuso! Mas parece que aqui funciona uma citação que vi na tese de uma aluna do lab. que era – mais ou menos assim: ops! Não vou poder re-escrever aqui antes da defesa da tese (27 de julho) para não me adiantar na idéia dela (salvo se eu for autorizada...), mas volte aqui depois desta data que eu incluo a tal citação que revela tudo sobre o estado de espírito das reações de Biologia Molecular.

Mas, vamos ao que interessa:

2 – questão de gênero
Neste comentário “Does gender matter?” (Nature 442, 133-136, 2006), Ban Barres argumenta contra a noção de que as mulheres não progridem nas áreas das ciências devido a inabilidade inata, que tem sido levada à sério por algumas “autoridades” acadêmicas. A introdução é uma historinha curiosa:

“When I was 14 years old, I had an unusually talented maths teacher. One day after school, I excitedly pointed him out to my mother. To my amazement, she looked at him with shock and said with disgust: "You never told me that he wasblack". I looked over at my teacher and, for the first time, realized that he was an African-American. I had somehow never noticed his skin colour before, only his spectacular teaching ability. I would like to think that my parents' sincere efforts to teach me prejudice were unsuccessful. I don't know why this lesson takes for some and not for others. But now that I am 51, as a female-to-male transgendered person, I still wonder about it, particularly when I hear male gym teachers telling young boys "not to be like girls" in that same deroga-tory tone.”

É um texto que vale a pena ler, só para nos lembrarmos que tais questões são polêmicas vigentes e não devem passar em brancas nuvens...

3 – questão de direitos autorais

“But would giving authors such rights (no caso, o direito de publicar/reproduzir livremente seus artigos) really damage journals? After all, many authors already post the final version of their paper on the web regardless of what their rights agreement says. A study by Jonathan Wren, a bio-informatician at the University of Oklahoma in Norman (J. D. Wren Br. Med. J. 330, 1128–1131; 2005), revealed that the final versions of more than one-third of articles in high-impact journals are freely available online” - veja o gráfico que ilustra o post (se eu conseguir incluir a imagem... ela não quer entrar...).

A nota “PS I want all the rights” (Nature 442, 118-119, 2006, de Emma Marris) é uma opinião interessante sobre os direitos autorais de publicações/revistas que não adotam o sistema open-access em conflito com a cobrança de instituições de pesquisa e financiamento para que os autores exijam diretos sobre estas publicações.

natureza: a "mãe" nua e crua

O livro infanil "Tem um cabelo na minha terra: uma história de minhoca" de Gary Larson é recomendado para crianças de 4 a 8 anos no site do submarino, mas na realidade é uma leitura sensacional para qualquer idade (eu mesma fui comprar de presente para a filha de um amigo e acabei comprando 2: um para mim! Bem... talvez eu não seja uma boa referência de "adulto"...). O autor Gary Larson (The Far Side) é famoso por seus quadrinhos cômicos retratando temas de biologia e história natural com uma ironia incomum e impregnado de conteúdo científco. Neste livro, a visão romântica da natureza é descaracterizada em prol da realidade desconcertante do mundo biológico, apresentada ao leitor pela perspectiva de uma família de minhocas (!). O livro foi publicado em 1998 (título original: There's a Hair in My Dirt!: A Worm's Story), após a fase Far Side Story, mas a crítica ao naturebismo romântico é atual e bem-humorada. O que inspirou este breve comentário no Via Gene foi um "post" recente do jornalista científico Marcelo Leite (Ciência em Dia) sobre o livro Challenging Nature - The Clash of Science and Spirituality at the New Frontiers of Life de Lee M. Silver que critica essas "...visões embasbacadas sobre uma Mãe Natureza benevolente, Gaia e quejandos." (palavras de M. Leite).

Mais um pouco sobre Gary Larson retirado da Wikipedia:

"One of Larson's more famous cartoons shows two chimpanzees grooming. One finds a human hair on the other and inquires about "doing a little more 'research' with that Jane Goodall tramp?" The Jane Goodall Institute thought this was in bad taste, and had their lawyers draft a letter to Larson and his distribution syndicate, in which they described the cartoon as an "atrocity". They were stymied, however, by Goodall herself, who revealed that she found the cartoon amusing. Since then, all profits from sales of a shirt featuring this cartoon go to the Goodall Institute."

PS - a menção ao site da empresa Submarino não tem nenhuma intenção propagandística, apenas informativa, além disso descobri que o mesmo livro está mais barato no site das Lojas Americanas...

PS2 - acabei de ver (via Google) que já fizeram até adaptações para o teatro desta história de G. Larson, conforme informa o artigo "O papel do teatro na divulgação científica: a experiência da SEARA da Ciência" publicado na edição de dezembro da revista Ciência e Cultura (SBPC) do ano passado (2005).

o melhor da copa 2006

http://www.stoo.cc/images/SAimages/6561zidane.gif

Veja no "link" acima a última cena da Copa do Mundo de 2006 que provavelmente ficará na memória de muitos (desculpem-me, mas não sei como incluir a animação diretamente na página... espero que o "link" sirva...). Bem, que dizem que o homem é um excelente cabeceador... No contexto evolutivo, Zidane parece estar meio distante dos primatas... quem sabe houve alguma hibridação, numa linhagem ancestral, com Ruminantia: Caprinae? Será que ele ficou "de bode" com a expulsão e por isso não foi receber a medalha? O que será que o italiano disse que despertou tal ira? E a tradução labial, cadê?! Provavelmente deve ser algo impublicável, mesmo para um "blog"...

efeito Marcelo Leite

Sem tempo para um "postar" um comentário apropriado ao acontecimento do mês (ou do ano?) no Via Gene: 160 acessos num dia ... mas também não poderia deixar de destacar o "efeito Marcelo Leite" no número de acessos ao Via Gene... se continuar assim, vou ter que mudar o nome para "Via Láctea" (desculpem o trocadilho infame), ou seja, se você está lendo isso, há uma grande chance de que tenha sido redirecionado a este site via o blog Ciência em Dia (ou seja... via Marcelo LEITE) que fez um comentário, nesta matéria, sobre um post do Via. Valeu a nota Dr. Leite!

outros top-blogs científicos

Só para completar: os TOP5 blogs citados no último post se referem a blogs mantidos por pesquisadores/cientistas propriamente ditos ("working scientists", conforme a metodologia de busca dos blogs científicos mais populares). Então, ampliando um pouco a lista de blogs de ciência, a Nature apresenta também outros TOP5 blogs "alimentados" por escritores/jornalistas/entusiastas:

TOP1 - sciencebase
TOP2 - Science Blog
TOP3 - THE LOOM
TOP4 - Bad Astronomy
TOP5 - Archaeology

breves notas da Nature

Mais uma vez pequenas notas sobre algumas notícias do último volume da revista científica Nature:

1 - Blog também é ciência - mais uma vez a blogosphera científica conquista espaço em uma das mais conceituadas revistas científicas da atualidade. Aqueles que desdenham do potencial informativo e de divulgação deste "sistema de comunicação" on-line, open-access, altamente atualizado e de autoria não-anônima (o cientista exposto - taí outro bom nome para um "blog" científico) representado pelos blogs científicos vão, aos poucos, perdendo o bonde para uma comunidade científica mais comunicativa e aberta a inovações que democratizam o conhecimento e a participação irrestrita através de fóruns e painéis de comentários não-moderados (preservando-se a pauta científica, claro). A Nature lista os "TOP 5 blogs" científicos e explica sua metodologia via-technorati de "rankeamento". Uma versão mais extensa, incluindo os 50 blogs científicos mais "populares" também aparece como link na página da Nature.

Eis os TOP 5:
TOP1 - Pharyngula
TOP2 - Panda's Thumb
TOP3 - RealClimate
TOP4 - Cosmic Variance
TOP5 - The Scientific Activist

Alguns pontos de vista com os quais eu concordo:
1- Segundo Paul Myers, do blog Pharyngula: "A blog's more like the conversation you'd have at the bar after a scientific meeting";
2- Segundo Stefan Rahmstorf, do blog RealClimate: "the blog fills "a hunger for raw but accessible information" that goes deeper than newspaper articles, but is more easily understood than the scientific literature"; e
3- Segundo Sean Carroll, do blog Cosmic Variance: "Citing other blogs is a sure-fire way to get their notice and maybe a citation in return". But he cautions that citation counts and rankings can be a distraction. "It would be a shame if people worried about traffic and not about having a good blog".

2 - a caixa preta dos artigos científicos - do Editorial:
"That might seem obvious. But despite the efforts of our editors and referees, papers in the biological sciences are still being submitted — and occasionally published — that do not adequately describe the reagents used. Unless efforts are redoubled to eliminate this practice, we could see an era of 'black box' biology, in which outside researchers cannot work out what was done in an experiment."

Um editorial muito interessante comentando a publicação de artigos com metodologias incompletas ou ausentes em áreas de fronteira de conhecimento (como RNAi = RNA de interferência) e a política da revista em coibir tal prática e desestimular a submissão de artigos onde a metodologia não esteja explícita ou que informações complementares não sejam fornecidas pelos autores a quem quer que as solicite. Questões de patentes e desenvolvimentos na indústria e em empresas de biotecnologia são citadas como os agentes responsáveis pela prática de omitir informações estratégicas para a reprodução de determinado experimento - que as vezes passa desapercebida por revisores e editores - prática que será combatida com maior rigor.

3- a questão do peer-review - mais 4 breves comentários (acesso livre) sobre peer-review e autoria de artigos científicos. Destaco um que achei interessante - "Second Thoughts on who goes where in author lists" - que mostra a crescente importância do "corresponding author" (autor para o qual são encaminhadas eventuais questões, dúvidas ou solicitações de "reprints", normalmente o coordenador - mas não necessariamente o executor ou responsável direto - da pesquisa, o chefe-de-laboratório ou o idealizador do experimento). Dependendo do critério de avaliação, este autor (o "corresponding" ou "communicating author") é pontuado tal qual o primeiro autor do artigo ou recebe até uma pontuação maior (se não me engano, no último concurso para pesquisador da EMBRAPA, o candidato recebia maior pontuação quando citado como "corresponding author" do que se fosse um co-autor em outra "posição" da lista de autores - excetuando-se a posição de primeiro autor, cuja pontuação era a maior). Enfim, é uma discussão interessante. Como disse o autor da nota (William F. Laurance), antes de assiná-la: "Please note that I am the first, last and communicating author on this Correspondence", bem-humorado, não?

4- Um texto interessante do blog A Blog Around the Clock - que não é dos TOP5 da Nature (mas está entre os TOP50) - que também comenta sobre a blogosphera científica e seu impacto no futuro da ciência. Abaixo um trecho da introdução à matéria "postada":

"With a new blog being started every 7.5 minutes, and about 2 million blogs in existence right about....now...I want to start thinking about them a little bit more, particularly in the context of my own interest - science. What follows is likely to be an incoherent rant, but I need to write this in order to organize my own thoughts, so bear with me and please post comments. First, a bit of thought about blogs in general, then some thoughts about science, then later I will be putting the two together to try to see the role of blogs in science and how they may affect the way science is done in the future."

e... mais um pequeno trecho para despertar seu interesse nesta leitura:

"So, what is the role of blogs going to be in the future of science? I believe the blogs are going to speed up the internationalization of science, with positive effects for both American and foreign scientists. What expert science bloggers are doing right now and will do even more in the future is take expensive information and make it free. People with access to expensive journal subscriptions will link, excerpt, and comment on technical papers as soon as they are published, thus making them available to scientists in small schools, in foreign countries, and, importantly to, gasp - blasphemy! - amateur scientists. That is exactly what I intend to do with Circadiana. My scientific colleagues in Algeria, Argentina and Poland can contact me (or each other) and start fruitfull collaborations, not just read an occasional paper two months after its publication.."

That's all folks!

incrível... HULK?!

"You are Spider-Man

Spider-Man 70%
Robin 65%
Hulk 65%
Green Lantern 65%
Superman 55%
Wonder Woman 45%
Batman 40%
Supergirl 40%
The Flash 40%
Iron Man40%
Catwoman 20%

You are intelligent, witty, a bit geeky and have greatpower and responsibility."

Claro que isso é só uma entrada lúdica para animar um pouco este espaço (espero não comprometê-lo demais com essas gracinhas...)

Entrei num link (via blog do Daniel*) que te leva a descobrir com qual personagem das HQs você mais se identifica (se bem que, na minha opinião, falou incluir alguns "anti-heróis" para dar mais credibilidade à consulta - já pensou vc se identificando com o Coringa ou o editor-chefe do jornal do Peter Parker? Ou quem sabe, com a "mocinha" que está sempre à perigo, ops, EM perigo... :)).

Resultado: 70% de identidade com o "sempre-em-crise" Homem-Aranha, depois 65% de i.d. com o melancólico e sempre-alerta Robin, empatado com o politicamente incorreto e autêntico, porém facilmente irritável, Hulk... humm... fica para reflexão... tão confiável quanto se orientar pelo horóscopo todo dia... :)

Fica só essa notinha lúdica para atualizar um pouco as postagens do viagene...

*aliás Daniel, não estou conseguindo entrar no seu blog normalmente... será que alguma re-configuração recente "bloqueou" minha entrada via explorer (vou tentar com outro browser)? Só quando opto por "abrir arquivo com o programa... explorer" é que consigo visualizar sua página, mas depois não consigo incluir comentários... e o "Planeta Daniel" também está inacessível... ele já existe?

biologia animada

Neste site o prof. Luis Fernando Marques-Santos, do Depto de Biologia Celular da Universidade Federal da Paraíba disponibiliza ilustrações animadas de processos moleculares e celulares. Há uma quantidade enorme de visualizações possíveis (replicação e transcrição de DNA, tradução de RNA, Ciclo de Krebs, transporte de elétron na mitocôndria - beeeem legalzinho - e inúmeros outros). Vale a pena conferir (se bem que a página ficou um pouco "pesada" no meu computador...).

especial células-tronco na Nature

São vários pequenos artigos sobre o estado-da-arte dos estudos com células-tronco, esses artigos estão no formato acesso-livre (!) e tratam de diversos temas conforme consta no editorial: um glossário sobre biologia de células-tronco, reprogramação e totipotência, orientação da divisão celular durante o desenvolvimento e o câncer, o estabelecimento de "nichos" pelas células-tronco, a questão da imortalidade celular, a variabilidade e complexidade dos neurônios (todos artigos de revisão), além de artigos de estudos em andamento: o uso de células-tronco no tratamento de distúrbios neurológicos, em terapias de doenças cardíacas e doenças do sangue. Enfim, uma compilação muito informativa para quem busca uma atualização e uma maior compreensão do mundo das células-tronco. Este "encarte" especial foi patrocinado pela Invitrogen.
Nota 10!

softwares e patentes em Bioinformática - parte 2

Agora foi a vez de Jonathan D. Wren, da Universidade de Oklahoma, publicar um editorial sobre a questão das patentes de softwares com o artigo "Theory and reality for software patents: good in concept, not so good in practice" (Bioinformatics (2006) 22 (13): 1543-1545). O que ele faz é tentar responder à pergunta: "Are software patents bad for developers and researchers? " apresentando a patente como instrumento de proteção de propriedade intelectual que garante a valorização, o reconhecimento e a compensação (financeira) do autor/inventor de determinada inovação, sem a qual corre-se o risco de comprometer a motivação de desenvolvedores e pesquisadores.

Para quem tiver acesso à revista, a íntegra do artigo da Bioinformatics pode ser consultada no seguinte registro: doi:10.1093/bioinformatics/btl168

(no momento estou com a conexão caseira - a UNICAMP suspendeu o expediente de hoje devido ao jogo do Brasil vs Gana - sem acesso ao arquivo.pdf do editorial). Mas vale a pequena nota e o estímulo para que possa haver mais discussão sobre este debate, sempre atual.

PS - votos de um bom jogo para todos!

recorde

Daniel Ferrante (blog) diria que estas "estatísticas não são significativas (e eu concordaria com ele...) pois os "log files" estão muito mascarados nesta forma mais simplificada de contabilizar "hits" (ou visitas) disponibilizada pelo MAPSTATS. Mas não resisti a "publicar" (vou começar a chamar esses "posts" do via gene de "publicações", quem sabe assim aumento meu "impact factor" ou meu "índice Hosame"?) o recorde de visitas (+ de 50) de ontem (notar apenas a linha vermelha, a azul é meio "artificial", pois pode indicar vários acessos de um mesmo computador/pessoa). As quartas-feiras - e dias "vizinhos" - normalmente têm os índices mais animadores. E o Google continua sendo a ferramenta que mais re-direciona internautas curiosos para o site do via gene, assim como o blog do jornalista científico Marcelo Leite - que aliás anda meio "parado" ultimamente... será que ele está de férias?

open-access em crise

Recentemente comentei sobre o impacto de artigos publicados no formato de 'open-access' (algo como acesso livre), inspirada em uma análise publicada na revista PLoS Biology. A edição de hoje da Nature (441:914) publicou uma notícia sobre o balanço financeiro da PLoS, que enfrenta uma crise. Abaixo está um trecho que comenta a figura ao lado:

"The figure show that PLoS lost almost $1 million last year. Moreover, its total income from fees and advertising currently covers just 35% of its total costs. And although this income is increasing — from $0.75 million in 2003–04 to $0.9 million in 2004–05 — it lags far behind spending, which has soared from $1.5 million to around $5.5 million over the past three years."

Em periódicos científicos onde o acesso às publicações é restrito aos assinantes (pessoas físicas ou instituições), como a Nature, os custos de publicação, edição e revisão são parcialmente cobertos pela assinatura (= leitores). Publicações de acesso aberto aderiram ao sistema conhecido como 'author pays' open-access model: os custos são cobrados dos autores do artigo e o usuário final (= leitor) é isento de cobrança. Mas segundo o comentário da Nature, este modelo está seriamente comprometido, uma vez que cobre menos do que 35% dos custos e fica-se com a expectativa (ou dependência) do apoio financeiro por parte de fundações filantrópicas para reverter este quadro. Outra consequência é o aumento do valor cobrado dos autores para ter seu artigo publicado numa revista científica com índice de impacto de ~14.7 (PLoS Biology), passando de US$1.500/artigo para US$2.500/artigo (uau!). E o autor favorável à divulgação irrestrita de conhecimento científico trava um conflito com o bolso (= recursos para pesquisa) e corre o risco de continuar publicando em revistas de acesso restrito (onde normalmente não há custo adicional para os autores). Fica-se na torcida para que publicações de acesso aberto encontrem sua sutentabilidade financeira e sejam mais um recurso em prol da divulgação de ciência!

rapidinho: outro artigo da Nature de hoje comenta no potencial de diferenciação de células pós-natal e sua possível aplicação em tratamentos de células capilares (!), cuidar da careca dá publicação na Nature (e imagino a fortuna que deve ganhar quem desenvolver a "cura" deste fenômeno). Mas esta foi só uma notinha de natureza lúdica (apesar do estudo ser sério: "Mammalian cochlear supporting cells can divide and trans-differentiate into hair cells" Nature 441: 984-987).

rapidinho 2: o tal Graduate Journal da Nature às vezes traz alguma nota interessante, desta vez foi sobre a redação de manuscritos científicos e os conflitos que o autor enfreta ao apresentar e interpretar seu estudo (Write and wrong, por Katja Bargum). Aqui vai um pequeno trecho desta nota:

"Then there is the eternal temptation to promise more than your results deliver. My paper is on kin selection and insects. Do I suggest that it will change the way we study ants, the way we see social insects, or the roots of social interaction? The insanely inflated claims of some papers make me side with a friend of mine, who once suggested that articles should include only methods and results, leaving interpretation to the reader."

ao primeiro orientado...

20 de junho de 2006: nesta data foi a defesa da dissertação de mestrado de Marcos Túlio de Oliveira, trabalho desenvolvido sob minha co-orientação em conjunto com a Profa. Ana Maria Lima de Azeredo-Espin, que apresentou parte dos resultados obtidos pelo projeto PROFIX/CNPq (iniciativa do CNPq que estimulou a fixação de recém-doutores no Brasil, 2002-2006, ver adendo). O Túlio iniciou suas atividades de pesquisa como aluno de iniciação científica do laboratório de genética animal do CBMEG/UNICAMP e recebeu ontem o título de MESTRE, defendendo a dissertação " Estrutura e evolução do genoma mitocondrial na família Muscidae (Diptera: Calyptratae)", trabalho que inclui 4 artigos científicos (dois artigos publicados (1 e 2) , um em revisão e outro que será submetido para publicação este mês). Em breve, seu esforço, criatividade e energia entusiasmada farão parte do programa de doutorado da Universidade de Michigan, sob orientação da Dra. Laurie Kaguni. Boa sorte nesta nova etapa da sua carreira e muito sucesso na sua busca por realização profissional e pessoal! Fica aqui esta pequena nota de estímulo e reconhecimento.

referências e adendo:

1 - Marcos Túlio de Oliveira; Azeredo-Espin, AML; Lessinger, AC (2005). "Evolutionary and structural analysis of the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene from Haematobia irritans, Stomoxys calcitrans and Musca domestica (Diptera: Muscidae) mitochondrial DNA." DNA Sequence, 16 (2): 156-169.

2 - Marcos Túlio de Oliveira; Da Rosa, AC; Azeredo-Espin, AML; Lessinger, AC (2006). "Improving Access to the Control Region and tRNA Gene Clusters of Dipteran Mitochondrial DNA". Journal of Medical Entomology, 43 (3): 636 - 639. FREE PDF

adendo: a) um texto muito interessante publicado no Jornal da Ciência por Sérvio Pontes Ribeiro sobre a questão dos recém-doutores no Brasil e uma correspondência de mesmo teor publicada na Nature em 2001 (Sérvio P. Ribeiro; Mendonça-Júnior, MS; Barbosa, EM; de Souza Neto, JA (2001). "Brazil has the talent: just let us get on with the job". Nature 413: 16-16); b) uma iniciativa coordenada pelo Dr. Marcelo Einicker Lamas para divulgação de resultados do programa Profix/CNPq no encontro da FeSBE - 2004. c) extraído de um site do CNPq:
Objetivo: Incentivar a permanência no País ou o retorno ao Brasil de pesquisadores doutores, sem vínculo empregatício com entidades nacionais, mediante mecanismos que viabilizem sua inserção temporária em instituições de ensino e pesquisa, institutos de pesquisa científica e tecnológica federais e estaduais, [...]. Publicado em: 07/02/02 (Edital PROFIX/CNPq nº 02/2001)

algumas notas da Nature

tentarei ser breve... mas encontrei pequenas notas no último volume da revista Nature (volume 441) que vale a pena comentar ou deixar, ao menos, um "link" para divulgá-las via viagene (desculpem-me pelo via via) .

Nota 1: o mercado da publicação científica

"Many researchers will turn up their noses at this practice. Scientists, after all, are supposed to be motivated by curiosity, by a devotion to finding the truth, by a desire to solve various philosophical or social problems — not by money."

Este pequeno trecho foi extraído do editorial do volume 441 da Nature e comenta sobre esta prática ou estratégia que tem sido empregada por países asiáticos visando promover a produção de conhecimento científico através de "prêmios" para autores que publicarem artigos em revistas com alto índice de impacto. O editorial se refere à nota "Cash for papers: putting a premium on publication" que comenta sobre os resultados indesejáveis associados a este "incentivo". Enfim, será que isso dá certo?

Nota 2: Nature em ritmo de Copa do Mundo

ver no arXiv o artigo comentando na notícia "Goal fever at the World Cup" onde demonstra-se por A+B o "efeito psicológico" do primeiro gol, tido como um clássico clichê futebolístico, onde o primeiro gol desencadeia um estado de confiança que normalmente leva o time à vitória. O Osame vai gostar das análises estatísticas, além do tema ser futebol e um pouco de comportamento humano. O resultado Austrália (3) x Japão (1), de virada, desmente um pouco esta constatação, mas os autores alegam que o efeito é menos significativo em jogos da Copa do Mundo, e mais evidente em campeonatos de ligas nacionais. Não deixa de ser curioso. E até a Nature se rende a "comentar" sobre futebol neste clima de COPA 2006, quem diria...

Nota 3: "Referee factor": reconhecimento ao revisor anônimo

esta é outra sugestão interessante (que aliás, está há tempos comentada em algum lugar do meu currículo Lattes, se soubesse que podia ter submetido a sugestão à Nature....) . A proposta é incluir o reconhecimento desta atividade quando da avaliação do pesquisador/revisor, onde o mérito também está vinculado à qualidade da revista (fator de impacto) que solicita o parecer. Uma vez que revisar - seriamente - manuscritos submetidos para publicação pode ser uma tarefa dispendiosa e, implica no reconhecimento do mérito do revisor escolhido, fica aí mais esta sugestão para compor os currículos dos cientistas.

Nota 4: híbrido ou nova espécie? Uma síntese é possível?

Sob o título: "Speciation by hybridization in Heliconius butterflies" (doi:10.1038/nature04738) este estudo apresenta como uma espécie nova de borboleta surge a partir da hibridação de duas espécies distintas. Além do tema fascinante, as ilustrações são um convite à parte.

É hoje!! Viva o Brasil e boa sorte para a seleção! Vou colocar a camiseta da seleção que ganhei da Invitrogen (e esquecer - temporariamente - os 4 "kits" de clonagem que comprometeram quase 3 meses de trabalho... até eu decidir usar o "kit" da Amersham - obrigada André Vettore (do Instituto Ludwig) pela dica). Enfim, esta é uma mensagem pró-Brasil na COPA 2006! Bom jogo a todos!

softwares e patentes em Bioinformática

Na Bioinformatics de hoje (Bioinformatics = revista científica top 1 da área Bioinformatics 2006 22(12):1415; doi:10.1093/bioinformatics/btl166) , saiu um pré-editorial comentado a questão de patentes vs softwares livre. Segundo os editores serão apresentados 2 editoriais (o primeiro neste volume e o segundo no próximo) com diferentes opiniões sobre esta questão, abrangendo tópicos como acesso a softwares, patentes e propriedade intelectual. O editorial deste volume é assinado por Steven L. Salzberd e John Quackenbush ("It is time to end the patenting of software"; Bioinformatics 2006 22: 1416-1417; doi:10.1093/bioinformatics/btl167 ). O próximo será de Jonathan D. Wren, apresentando uma perspectiva diferente. A revista está aberta a contribuições dos leitores nesta discussão, cujos resultados serão incorporados para orientar futuros desenvolvimentos no escopo de publicações da Bioinformatics.

Vale a pena conferir, esta discussão promete!

debate sobre "peer-review" na Nature

Rapidíssima: mais um fórum para discutir a questão da revisão de manuscritos submetidos para publicação (manuscrito = versão preliminar do artigo científico que é avaliada no processo de "peer-review"). É um debate interessante e uma questão que precisa evoluir com urgência e incorporar as invovações em formato que a cada dia apresentam idéias mais criativas e democráticas para promover a divulgação do (bom) conhecimento científico. Claro que a questão passa pela forma como os pesquisadores/cientistas são avaliados, uma vez que a publicação "válida" para a promoção (e reconhecimento institucional) da carreira do cientista é aquela vínculada a revistas com alto índice de impacto, de pesquisador com histórico de artigos com alto número de citações, onde o pesquisador aparece como primeiro autor, com poucos (?!) co-autores... e assim por diante. Não acho que estes aspectos sejam irrelevantes, muito pelo contrário, mas que o sistema precisa evoluir e incorporar críticas, isso precisa... enquanto o pesquisador depender da avaliação dada por este sistema hermético, dificilmente vai "ousar" orientar a publicação dos seus estudos para novos formatos. "It's sad, but it's true... "(como diria a letra do Metallica).

Abaixo a Nota da Nature:

Nature Peer review trial and debate. Peer review is commonly accepted as an essential part of scientific publication, but the practice varies across journals and disciplines. What is the best method of peer review, and how can new technology be used to improve traditional models? Each week the Nature Peer review trial and debate will publish analyses and perspectives from leading scientists, publishers and other stakeholders to address these questions. Visit the peer review commenting forum to read and post comments on peer review.

Nature Peer review trial and debate:

http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Wq0Ej

Peer review commenting forum:

http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Wr0Ek

Connotea resources:

http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Ws0El

Mais sobre iniciativas (2) da Nature no sentido de inovar o sistema de "peer-review" aqui.

a pré-história do DNA mitocondrial do Neandertal

A análise do DNA mitocondrial tem se mostrado, cada vez mais, um recurso valioso para recuperar informação genética (reduzida a pequenos trechos de sequência nucleotídica) de material de museu, fósseis e amostras degradadas. A possibilidade de vislumbrar (ou mais propriamente, inferir) lances da história evolutiva humana a partir da informação contida no DNAmt de uma amostra do Homem de Neandertal beira a ficção científica, mas é uma realidade incontestável, já há alguns anos. Desta vez o estudo em questão saiu publicado no periódico científico Current Biology, sobre a diversidade genética do DNAmt Neandertal de 100 mil anos de idade ("Revisiting Neandertal diversity with a 100,000 year old mtDNA sequence" doi:10.1016/j.cub.2006.05.019 ). Estudos anteriores haviam utilizado amostras com "idades" entre 20 e 40 mil anos, época em que se supõe que Neandertais e Homo sapiens possam ter co-existido e, eventualmente (mais suposição ainda) produzido híbridos. Este estudo se propôs a voltar mais no tempo, de modo estudar a diversidade genética do DNAmt de amostras Neandertais não-contemporâneas do homem moderno - nota: acredita-se que eventos de substituição de populações humanas, hibridação e outros episódios evolutivos possam ser revelados através da comparação de polimorfismos (diversidade) encontrados no DNAmt de humanos modernos e Neandertais (considerando as diferentes idades) - e assim contribuir para avaliar o impacto que o contato Moderno X Neandertal produziu e sua relação com o desaparecimento desta última linhagem. Este estudo apresenta a amostra Neandertal mais antiga já analisada em termos de DNA.

É importante notar que o estudo é baseado na análise de - apenas - 123 nucleotídeos (ou pares de base - pb) de uma região hipervariável do genoma mitocondrial (HVR-I) de 1 amostra de 100.000 anos, comparados com a mesma região de outros 9 espécimes de Neandertal (bem mais novinhos) e de um banco de dados com 171 HVR-I humanas. Apesar do feito fantástico de recuperar informação genética deste tipo de amostra (onde, devido ao grau de degradação da molécula de DNA, foi impossível recuperar sequências íntegras com mais de 170pb), obviamente não se espera uma revolução em termos de desvendar a história evolutiva humana com tão pouca informação. Então não é se se estranhar que o artigo termine com a seguinte frase:

"Thus, more Neandertal sequences
than the six presently available
and longer than 100 bp are
needed to fully understand the
extent of the past diversity of
Neandertals."

Contudo, associados a outros estudos, estes resultados podem - sim - auxiliar na compreensão deste cenário evolutivo fascinante.

Material suplementar utilizado neste estudo pode ser encontrado aqui.

cursos on-line de bioinfo

rapidinho:

para aqueles que se interessam por Bioinformática, repasso um e-mail que acabei de receber da Bioinformatics Organization, sobre cursos on-line. Me pareceu interessante e digno de uma pequena nota, afinal todo esforço é válido na formação e capacitação de recursos humanos nesta interface fascinante (a gente que viveu a era sem-internet - sim, ela existiu - e com escassos recursos de bioinformática tem uma tendência a valorizar iniciativas como esta).

aqui está o texto da mensagem de e-mail:

The non-profit Bioinformatics Organization (Bioinformatics.Org) is pleased to announce the expansion of its educational services with the introduction of on-site and on-line training courses in bioinformatics. Since 1998, Bioinformatics.Org has been providing free hosting services for bioinformaticists. They've been focused largely on software development projects, but we're now expanding both research and educational services. Training courses and static tutorials will employ the open-source Moodle course management system to manage student registration and course materials. It's located here: http://edu.bioinformatics.org (Note: Account registration will be separate for this system until it can be integrated with the rest of the Bioinformatics.Org website. If you are member of Bioinformatics.Org, you'll need to re-register for this site in order to useit.) While the on-line course materials will remain gratis, courses lead by an instructor will often require a fee -- tiered for academics and economies -- to compensate the instructor and to help the Organization. Our very first course is on-site and targeted toward laboratory researchers who wish to learn how two open-source scripting languages can become powerful tools for data analysis.

Peer Review: ups-n-downs

Vejam a ótima matéria (acesso livre) que saiu na última edição do periódico EMBO Reports sobre o processo de revisão por pares ("Peer review: today and tomorrow"), processo que analisa e emite parecer justificando o aceite ou a rejeição de manuscritos submetidos para publicação. Este é um tópico que merece maior discussão, devido a sua importância na evolução da forma como se faz ciência e suas possíveis consequências. Mesmo nós "tupiniquins" que contribuímos com menos de 1% da produção científica mundial (deixo apenas um valor simbólico, pois ainda tenho que verificar este índice... e como ele foi obtido) devemos estar a par desta discussão, até para questionarmos como promover nossa participação e identificarmos viés no sistema que podem minar nosso esforço. Copiando o estilo recém lançado pelo João Alexandrino no "blog" Ciência e Idéias: "depois volto a comentar este assunto" (ou algo assim, não é João?)

um pequeno trecho da matéria:

"In entering this cycle, researchers display paradoxical behaviour. When acting as authors, they seek recognition from a wide readership; as readers, they are looking for some degree of validity conferred by journal branding. As critical readers, however, they acknowledge that publications in top journals might reflect the 'trendiness' of a particular area and the political skills of the authors, but that they are often oversimplified or compressed to an extent that severely limits their scientific value (Lawrence, 2003). Researchers might also accept that the number of citations received by a paper is essentially uncorrelated with the impact factor of the journal in which it is published (Seglen, 1997). Moreover, for many, if not all, high-impact journals, the distribution of paper citation rates is so highly skewed that they derive most of their citations from a handful of articles."

ana claudia

então tá... futebol

com a proximidade da Copa do Mundo 2006, corre-se o risco de ser anti-patriótico não "postar" uma notinha - que seja - sobre futebol. Então a contribuição do via gene será a indicação de uma matéria que saiu no Jornal da Unicamp sob o título: "O dom, a ginga, as estratégias de jogo, as cifras e a violência no futebol" da autoria de Manoel Alves Filho. Interessante a pergunta que consta de uma dissertação de mestrado da Faculdade de Educação Física, feita a técnicos de futebol e jornalistas esportivos: o que (eles) entendiam por tática, estratégia e sistema de jogo (note que são 3 coisas diferentes - eu só descobri isso hoje!!) . O resultado foi uma grande divergência de respostas, principalmente por parte dos jornalistas que, segundo a autora, comentam futebol mais por afinidade e gosto pelo tema (na maioria das vezes), enquanto os técnicos possuem formação superior que contempla conteúdos específicos sobre futebol (normalmente formados em Educação Física). Pelo jeito, os desentendimentos entre jornalista esportivo e técnicos de futebol se parecem bastante com a polêmica relação entre jornalistas científicos e cientistas. Para alguns exemplos deste último cenário recomendo o "blog" Ciência em Dia do jornalista Marcelo Leite, com especial atenção à seção de comentários (pule os comentários sobre o astronauta Marcos Pontes, pois são inúmeros e 80% deles são agressivos e inapropriados para menores :)) . Recentemente, os comentários a um "post" sobre futebol no SEMCIÊNCIA reavivaram esta polêmica, onde jornalistas seriam pouco críticos e comprometidos com relação às matérias publicadas sobre ciência e cientistas seriam corporativistas, promovendo a idéia de que ciência é para poucos iluminados (ao algo mais-ou-menos assim...). Quem sabe meu "post" sobre futebol também pega carona nesse "efeito-borboleta" do "post" do Osame...

ana claudia

acessos... de riso também!

Anexei uma relação de termos que direcionaram à página do "via gene" durante este mês. Estes resultados podem ser consultados pelo botão MAPSTAT (serviço do Blog Flux) que está ao final da coluna direta do blog, sendo apenas uma das categorias de resultados apresentados. Também é possível visualizar qual a origem geográfica dos acessos, o número de acessos por dia (distribuído pelo horário), por semana e por mês, a "via de acesso" (sites que "linkam" para o via gene de algum modo), os buscadores utilizados, os browsers mais comumente utilizados, as mátérias acessadas e vários outros dados interessantes que informam sobre o "quem, como e porques" dos acessos ao via gene.

Termos em negrito e itálico estão destacados por serem os mais divertidos encontrados nesta diversidade surpreendente de possibilidades!!

O que vocês acham?

Search Engine Referrals

gene (13 - 9%)
*note e anote (4 - 3%)
ciencia forense (3 - 2%)
semplagio (2 - 1%)
wikipeia (2 - 1%)
cbmeg home (2 - 1%)
genoma mitocondrial (2 - 1%)
doutorado genetica forense (2 - 1%)
*vantagens e desvantagens da midia (1 - 1%)
o que e mitocondrial? quais sua origens? (1 - 1%)
fotos Cochliomyia hominivorax (1 - 1%)
aspectos negativos e positivos celulas tronco (1 - 1%)
*o que fazer de bom na semana (1 - 1%)
*analise historica e social do orkut (1 - 1%)
*ciclo de las collembolas (1 - 1%)
Defeitos+DNA+Mitocondrial (1 - 1%)
matematica no laboratorio de biomol (1 - 1%)
o conceito de doutor (1 - 1%)
GENE outubro (1 - 1%)
genetica forense (1 - 1%)
"d-loop" "dna mitocondrial" (1 - 1%)
significa: titulo recebido por algumas pessoas ... (1 - 1%)
*o que devemos fazer em caso de picada de inseto... (1 - 1%)
artigo cientifico sobre genetica de vegetal (1 - 1%)
ciencia genetica evolução (1 - 1%)
processo mitocondria utiliza duplicar (1 - 1%)
evolução do genoma (1 - 1%)
tabelas comparativas- vantagens e desvantagens ... (1 - 1%)
dnamt marcador (1 - 1%)
nomenclatura animal (1 - 1%)
Sociedade Brasileira de Genética (1 - 1%)
o que é gene (1 - 1%)
identificaçao de um gene (1 - 1%)
reportagens recentes sobre genes (1 - 1%)
defeitos do DNA mitocondrial (1 - 1%)
DNA Barcodes (1 - 1%)
"habeas corpus" + chimpanzé (1 - 1%)
gene (1 - 1%)
google teses (1 - 1%)
mitocondrial, função estrutura e origem - Bio... (1 - 1%)
DNA barcoding in brazil (1 - 1%)
aspectos positivos e negativos da genética for... (1 - 1%)
limitaçoes do dna barcoding (1 - 1%)
*bom gene (1 - 1%)
portugues gene proprio (1 - 1%)
o que e gene? (1 - 1%)
ciência forense (1 - 1%)
quais as porcentagens para dar erro no diagnost... (1 - 1%)
dna mitocondrial - 2005 (1 - 1%)
taxonomia de Bos taurus (1 - 1%)
Congresso de genética (1 - 1%)
*sana +corpus (1 - 1%)
genoma mitocôndrial (1 - 1%)
"discutindo a sociedade do conhecimento" (1 - 1%)
herança mendeliana e o que é (1 - 1%)
papel da genetica na sociedade (1 - 1%)
RELAÇÃO EMPRESA (1 - 1%)
Genetica e evolução (1 - 1%)
unicamp cbmeg (1 - 1%)
wikipéia (1 - 1%)
unicamp (classificação dos seres vivos (1 - 1%)
Indice de impacto Nature (1 - 1%)
o que é Ciência Forense (1 - 1%)
dna taxonomia (1 - 1%)
investigação forense usando microssatélites (1 - 1%)
índice de impacto de revistas de quimica (1 - 1%)
CIENCIA FORENSE (1 - 1%)
"congresso de genética" (1 - 1%)
*origem genetica dos portugueses (1 - 1%)
gene é um genio (1 - 1%) !!!!
laboratorio gene sp (1 - 1%)
o que e gene (1 - 1%)
taxonomia Haematobia irritans (1 - 1%)
quais as consequencias causada pelo dna (1 - 1%)
tese hereditariedade (1 - 1%)
"formação do povo português" (1 - 1%)
trabalhos cientifico com anfibios (1 - 1%)
*gene do mal wikipedia (1 - 1%)
tabelas comparativas das vantagens e desvantage... (1 - 1%)
como montar um seminario utilizando a metodolog... (1 - 1%)
unicamp (1 - 1%)
estrutura de um gene eucarioto e principais ele... (1 - 1%)
*"concursos publicos" and "taxonomista" (1 - 1%)
*musicas sobre mitocondria (1 - 1%)
http://viagene.blogspot.com (1 - 1%)
evoluçao na genetica (1 - 1%)
pontos negativos de celulas tronco (1 - 1%)
*mitocondria animada (1 - 1%)
GENE (1 - 1%)
citocromo c+evolução química (1 - 1%)
belica imunologia (1 - 1%)
genética e evolução (1 - 1%)
padrões regiões intergênicas (1 - 1%)
determinismo genetico (1 - 1%)
unicamp (1 - 1%)
*qual eo aspecto positivo da mosca? (1 - 1%)
referencias bibliográficas de engenharia gené... (1 - 1%)
genoma musical (1 - 1%)
*paulo em via distinção (1 - 1%)
*quero ganhar a foto do sagrado coração de jesus (1 - 1%)
ciꮣia forense (1 - 1%)
"conquista profissional" (1 - 1%)
anfíbios (1 - 1%)
dna unicamp (1 - 1%)
filogenetico (1 - 1%)
*vantagens e desvantagens do marmore (1 - 1%)
DNA replicação duplicação dinâmica grupo (1 - 1%)
*revista super interessante reportagem cerveja (1 - 1%)
artigos cientificos em projeto social (1 - 1%)
Adilson Leite Unicamp bio (1 - 1%)
habeas corpus teses (1 - 1%)
taxonomia do mosca (1 - 1%)
"congresso de genetica" (1 - 1%)
Célula tronco pontos positivos e negativos (1 - 1%)
genética forense (1 - 1%)
"genotipo X fenotipo" (1 - 1%)
GENOMA MITOCONDRIAL (1 - 1%)
cbmeg unicamp (1 - 1%)
genoma mitocondrial (1 - 1%)
MOSCAS VAREJEIRAS (1 - 1%)
Pontos negativos do Projeto Genoma (1 - 1%)
polemicas de experiencia genética (1 - 1%)
nature vol 441 phd (1 - 1%)
crustaceos+aspectos+negativos (1 - 1%)

idéia fixa: mais sobre "ads"

Rapidinho... a referência é meio antiga (12/abril/2005) mas está atual para a complementar os “posts” sobre anúncios (ou ads) virtuais que uns abominam (eu me incluo) e outros promovem (chega a ser um “ícone” da cultura blogística). E claro que têm aqueles que não ligam ou perambulam em diferentes pontos deste gradiente...

Achei um “press release” aqui, derivado da matéria que aparece no “blogkits news” comentando os resultados de uma pesquisa sobre o que os bloggueiros pensam a respeito dos anúncios ("BlogKits has released their first blogger survey focusing on bloggers attitudes about blogs and advertising”). Há uma certa tendência favorável à prática de incluir anúncios em blogs, devido ao próprio público que “freqüenta” este site e que participou da pesquisa, mas já é um começo...

As questões apresentadas pela pesquisa podem ser acessadas aqui.

PLoS Biology dá brinde

Reproduzo uma mensagem de email interessante que recebi há poucos dias sobre a vantagem, em termos de números de citações, dos artigos de acesso livre (ou "open access"). Aproveito para manifestar apoio à iniciativa das publicações de formato "open access", onde o artigo científico (ou o conhecimento científico, se ampliamos a perspectiva...) é de acesso livre, ou seja, não é preciso fazer a inscrição (= pagamento de anuidade, por exemplo) na revista para poder ter acesso ao artigo, nem "loggar" de um computador institucional (desde que a instituição tenha acesso aos conteúdos publicados, um tipo de consórcio).

Uma cópia (de acesso livre, lógico) do artigo está aqui.

Mensagem de e-mail:

May 16, 2006

Dear Colleague,

I would like to draw your attention to a research paper published online today in PLoS Biology, entitled "Citation Advantage of Open Access Articles" by Gunther Eysenbach (University of Toronto).

The Study
In this study, Eysenbach compared the rate of citations of open access (OA) with non-OA articles from the same journal, PNAS.

Key findings include:
OA articles are twice as likely to be cited 4 to 10 months after publication and almost three times as likely between 10 and 16 months.
Self-archived articles are cited less often than OA articles from the same journal.

Read the full text of this article—freely available online.

Ah, sim! Sobre o brinde... a instrução é essa:

"Sign up for regular e-mail table of contents alerts. We will send the first 50 respondents a laser pointer (one per individual) just to say thanks for joining us. "

Ainda não recebi o meu... :(

mais sobre o Google AdSense Nonsense

Achei hoje um site chamado Webmaster Articles and Tools, onde encontrei uma referência sobre "Google AdSense: Pitfalls & Alternatives", que apresenta algumas dificuldades relacionadas a este serviço. O engraçado é que os "pitfalls" ou problemas são apresentados sob a ótica dos anunciantes (e não dos "webpublishers" ou autores do site/blog). Achei interessante registrar aqui quais são as questões apontadas como "pitfalls" (traduzi/modifiquei alguns trechos para o português por questões de "copyright") .

Informação complementar sobre o Google AdSense:

Cada "click" recebido por um "ad" (anúncio "linkado" ao site que oferece o produto ou serviço) é contabilizado a favor do dono do site para que este receba uma remuneração equivalente à quantidade de "clicks" (proporcionando uma medida da "penetrância" (por falta de termo mais adequado) da propaganda naquele site). "Ads" de sites/blogs populares têm mais chances de serem clicados, caso o visitante se interesse por algum dos anúncios, como se cada site fosse também um "outdoor", aqueles em avenidas mais movimentadas trariam mais retorno ao anunciante. A tecnologia dos "ads" vem tentando adequar o conteúdo dos anúncios aos conteúdos apresentados no blog, utilizando palavras-chave e outras ferramentas de "match" de conteúdos, aumentando assim a chance do anúncio interessar ao "público-alvo" que frequenta determinado site e, consequentemente, otimizando também a divulgação da propaganda (tipo fazer propaganda de bebida em barzinho ou de vitaminas em academias).

"... open issues with Google AdSense:

1. Click Fraud: a fraude ocorre quando o próprio blogueiro clica sistematicamente (ou usa um programa que automatize a "clicagem") no anúncio que aparece em seu site de modo a simular a divulgação do anúncio (e receber por isso!). Devido ao aumento crescente desta prática, o Google tem inadvertidamente descredenciado sites legítimos do programa de "ads".

2. Ad Blocking: algumas instituições estão bloqueando ativamente os anúncios do Google AdSense. Mas ainda é cedo para especular sobre o impacto desta iniciativa (e de algumas soluções) na divulgação de "ads".

3. Poor Quality Websites: qualquer um pode se inscrever no programa de anúncios AdSense, o que implica em anúncios associados a sites de qualidade duvidosa. Isso nem sempre agrada os anunciantes, especialmente se seus anúncios aparecem em sites de conteúdo ofensivo (pornográficos, racistas, etc.). Apesar das constantes reclamações, nenhuma providência foi tomada no sentido de controlar este aspecto."

Além do Google AdSense, existe um programa similar da Yahoo!, o Yahoo! Publisher Network. Mas ainda ficam as mesmas questões...

Uma vez que os "pitfalls" que interessam aos autores do site (ou webpublisher) não foram considerados (apenas aqueles que afligem os anunciantes), resolvi encaminhar uma nota ao pessoal do site. A nota está reproduzida abaixo, com pequenas edições (e desde já me desculpo pelos eventuais crimes contra a língua inglesa que insistem em me acompanhar...):

"The pitfalls listed here relate to websites/webpublishers that fraud the Ads program or publish bad quality content that do not please the advertisers… well, but there are many examples where the contrary happens: bad advertisements (even frauds, non-ethical and almost - if not - criminal ads) that shows up on very good quality websites and blogs. The owners of these sites have no practical tools for removing those ads that he/she may find offensive or that disagrees with the website theme (if one writes the word “religious” in a post from an atheistic weblog, he may find an ad that links to a catholic website or institution… completely non-sense! In another example I found an academic weblog that advertises on illegal practices of writing-thesis services… Absurd!). I have sent email messages to Google alerting about this, but noting happens… so the only solution would be to delete the ad “service” from your webpage… Isn’t that a kind of a huge pitfall?"

Este link indica um blog que recebeu um aviso de "Google AdSense Account Disabled" e conta um pouco desta história, só por curiosidade...

receita para fazer um bom doutor?

Vi isso hoje na Nature (referência: vol 441, pg 252, doi: 10.1038/nj7090-252b)

Obs. 1: apenas uma fração do conteúdo original está "postado", espero assim "ferir" o menos possível os direitos de "copyright", mas deixar algumas reflexões em um fórum aberto. Onde achei pertinente incluí - em português - minha opinião pessoal a respeito desta receita (?!). Fiquem à vontade para listar outros atributos importantes ou discordar destes que aqui se apresentam.

Obs. 2: uma questão de conceito - o "doutor" do título do "post" se refere ao título acadêmico concedido àqueles que defenderam uma tese de doutorado (PhD, conforme a sigla em inglês), não inclui médicos, advogados, delegados ou afins.

So what should we be telling prospective PhD students?

1 - Choose a supervisor whose work you admire and who is well supported by grants and departmental infrastructure.

anac: identidade com o tema de pesquisa do orientador/supervisor ajuda, mas 1) um bom orientador pode ser mais importante na formação do aluno do que o tema em si e 2) se você for apaixonado por um tema, você tem grandes chances, independente do orientador (bem, um mínimo de respeito é importante).

2 - Take responsibility for your project.

anac: sim, na medida do possível... há uma certa ingenuidade aqui... nem sempre o aluno está maduro o suficiente para perceber a dimensão de um novo projeto de doutorado. Não raramente, alunos estão envolvidos em projetos de risco (com poucas chances de sucesso) propostos pelos orientadores e assumidos por um aluno com pouca experiência para avaliar o risco inerente. O que quero dizer é: bons alunos assumem a responsabilidade de seus projetos, MAS bons orientadores têm a responsabilidade de propor projetos que os alunos possam responsabilizar-se.

3 - Work hard — long days all week and part of most weekends. If research is your passion this should be easy, and if it isn't, you are probably in the wrong field. Note who goes home with a full briefcase to work on at the end of the day. This is a cause of success, not a consequence.
anac: se você não passa o fim-de-semana rindo ao fazer sua pesquisa de laboratório enquanto um dia ensolarado acontece do lado de fora... calma, vc ainda pode ser um bom cientista. Acho este comentário bem "americano", no sentido "workaholic" de vida. Sim, é verdade que um doutorado consome finais-de-semana, principalmente àqueles em véspera de entrega de relatório, participação em evento científico (congressos) e exames e afins. Mas, sabendo planejar seu tempo, esse "uso" de finais-de-semana podem ser minimizados e você pode - sim - ter uma vida saudável, mental e fisicamente.

4 - Take some weekends off, and decent holidays, so you don't burn out.

anac: óbvio, senão você vai ser tornar um monstro viciado em café e bancada, não vai ter nenhum amigo (família, nem pensar) e não vai saber que existe um mundo do lado de fora do laboratório, bem mais real que aquele que nós cultivamos "inside".

5 - Read the literature in your immediate area, both current and past, and around it. You can't possibly make an original contribution to the literature unless you know what is already there.

anac: óbvio também... seja normal, se optou pelo doutorado, mantenha-se informado sobre o "state-of-art" da sua área e, periodicamente (1x/semana), assista a seminários abrangendo outros temas, não seja um/a bitolado/a, isso não é vida.

6 - Plan your days and weeks carefully to dovetail experiments so that you have a minimum amount of downtime.

anac: já comentei em algum lugar aí em cima... algum planejamento e grade de horário são necessários para um mínimo de organização e para facilitar o trabalho de equipe (aliás, segundo estas "dicas", saber trabalhar em equipe - super fundamental para ser um bom cientista - nem foi mencionado... êta visãozinha "selfish" do aluno de pós... promova a equipe e o trabalho em equipe sempre que puder!)

7 - Keep a good lab book and write it up every day.

anac: claro: tenha seus registros em ordem para não se perder em sua pesquisa.

8 - Be creative. Think about what you are doing and why, and look for better ways to go. Don't see your PhD as just a road map laid out by your supervisor.

anac: confesso, nunca entendi bem essa história de "seja criativo", soa como "seja talentoso"... ou você nasce assim ou vai ralar um bocado tentando aprender a ser criativo. Não acho que seja uma coisa que se quer e imediatamente se consegue, alguns seres são naturalmente criativos, outros bons cientistas aprenderam com a experiência (foram "ficando" mais criativos) e muito espírito crítico (aliás outra coisa importante que não foi mencionada no artigo ou manual). Se alguém te diz: "Tenha uma boa idéia agora", você simplesmente a tem? Então o ítem poderia ser algo como "Só tenha idéias boas ou excelentes"

9 - Develop good writing skills: they will make your scientific career immeasurably easier.

anac: fácil falar... essa é uma daquelas coisas que você passa a vida toda aprimorando... melhor já nascer sabendo, mas com algum esforço e dedicação você pode ser um bom cientista mesmo se não nasceu dotado deste talento. E, se não for americano ou inglês (incluíndo colônias), esforçe-se ainda mais para reverter sua habilidade para a esta línguagem não-nativa...

10 - To be successful you must be at least four of the following: smart, motivated, creative, hard-working, skilful and lucky. You can't depend on luck, so you had better focus on the others!

anac: e ainda – bem-humorado, otimista, crítico, agregador (saiba trabalhar em equipe) e humilde (a natureza vai te surpreender sempre com infinitos enigmas e desafios, mesmo que você passe uma vida toda dedicado a desvendá-la).

Um manual com este conteúdo está disponível aqui.

inovações ao DNA barcode

um "copy & paste" relâmpago só para alertar que a busca pelo código-de-barras da vida (ou por uma "assinatura molecular" onde, através da análise de um trecho-específico de uma sequência de DNA, seríamos capazes de identificar espécies) tem cada vez mais suporte na bioinformática e inova ao incluir a análise da estrutura secundária de genes de RNA ribossomal (16S e outros) como caráter válido para identificação taxonômica.

"Tradicionalmente", a análise de taxonomia molecular conhecida como "barcode DNA" ou "DNA barcoding" utiliza-se de alinhamentos da sequência primária de um trecho do gene que codifica a subunidade I da Citocromo Oxidase (COI ou cox1), especificamente, um trecho da extremidade 5' (leia-se: cinco linha) do gene. Este gene localiza-se no genoma mitocondrial (DNAmt).

obs 1: estrutura secundária: estrutura bidimensional formada a partir de interações (ligações entre nucleotídeos) da sequência primária de DNA com ela mesma (ligações "intra-fita" que geram a formação de "alças" e "grampos") .

obs 2: genes e regiões gênicas possuem orientação de leitura: de 5' --> 3'.

obs 3: a idéia de caracterizar espécies através de sequências de DNA (primárias ou secundárias) já tem longa data nos estudos envolvendo microrganismos. Mas ganhou uma nova "roupagem" e nome (código-de-barras de DNA) ao utilizar o gene COI do DNAmt para identificação de grupos animais, principalmente. Atualmente há uma tendência em minimizar a polêmica em torno desta estratégia experimental (marketing do marcador universal absoluto para identificação de espécies X defensores da falácia do "DNA barcoding" como ferramenta de identificação taxonômica) , de modo que o "barcoding DNA" tem sido reconhecido como uma ferramenta que agrega informação taxonômica válida e que tem como vantagem a caracterização de "etiquetas taxonômicas" em uma estrutura de larga-escala, baseada em uma plataforma operacional envolvendo isolamento de DNA, sequenciamento e bioinformática (bancos de dados e análises comparativas). Aliado a isso, há o esforço genuíno de integrar conhecimento taxonômico tradicional e inovações (como a digitalização e construção de amplos bancos de dados com imagens de alta resolução), incentivar a multidisciplinaridade (reconhecendo o mérito e a contribuição de taxonomistas, sistematas, geneticistas e biólogos moleculares, entre outros) e integrar a comunidade científica interessada na caracterização de biodiversidade, absorvendo críticas (o "DNA barcode" não substitui a taxonomia), abandonando paradigmas ultrapassados (taxonomia é para poucos) e buscando inovações (o artigo abaixo é um pequeno exemplo).

Veja resumo do trabalho recentemente publicado - versão eletrônica - na revista "Bioinformatics"de 13 de Abril de 2006:

Ribosomal RNA as molecular barcodes: a simple correlation analysis without sequence alignment.

Chu KH, Li CP, Qi J.
Department of Biology, The Chinese University of Hong Kong, Hong Kong, China.

MOTIVATION: We explored the feasibility of using unaligned rRNA gene sequences as DNA barcodes, based on correlation analysis of composition vectors derived from nucleotide strings. We tested this method with seven rRNA (including 12S, 16S, 18S, 26S and 28S) datasets from a wide variety of organisms (from archaea to tetrapods) at taxonomic levels ranging from class to species. RESULT: Our results indicate that grouping of taxa based on composition vector analysis is always in good agreement with the phylogenetic trees generated by traditional approaches, although in some cases the relationships among the higher systemic groups may differ. The effectiveness of our analysis might be related to the length and divergence among sequences in a dataset. Nevertheless, the correct grouping of sequences and accurate assignment of unknown taxa make our analysis a reliable and convenient approach in analyzing unaligned sequence datasets of various rRNAs for barcoding purposes. AVAILABILITY: The newly designed software (CVTree 1.0) is publicly available at the Composition Vector Tree (CVTree) web server http://cvtree.cbi.pku.edu.cn.