Desculpem-me pelos transtornos... O via gene experimentou algumas alterações bruscas de formato hoje enquanto eu testava novos modelos de interfaces disponibilizados pelo Blogger. Infelizmente as mudanças trouxeram problemas para a visualização da maioria dos textos (pois originalmente os textos do via possuem letras em cores claras contra um fundo preto) que não foram corrigidos automaticamente e que eu não tenho a menor idéia de como resolver (considerando-se que eu não quero perder mais do que cinco minutos com isso :)). Para minha surpresa, a opção de "restaurar" as alterações retornando ao modelo original não funcionaram como eu esperava. Então, o via gene ficou com um "corte de cabelo" meio diferente... mas que ainda lembra o original. Espero que vocês não estranhem muito... ainda estou estranhando um pouco. E aind preciso treinar melhor minha aproximação com os novos modelos, que seriam bem interessantes, não fosse o fato da distorção que me frustrou um pouco.

a origem extraterrestre das bases do DNA

Figura 1: Imagem do glorioso filme E.T.

A Genética Molecular é uma disciplina que explora a natureza molecular do gene e alguns dos principais processos que operam na "rotina" de transmissão da informação genética, cujo fluxo se inicia na molécula de DNA (descrita em 1953 por James Watson e Francis Crick), que é então transcrita em uma molécula de RNA que será traduzida durante a síntese de uma proteína* (esta dinâmica ilustra o famoso "Dogma Central da Biologia Molecular"). 

* Nota: nem toda molécula de RNA transcrita a partir do DNA é traduzida em proteína (estão aí os rRNAs, os tRNAs, os snRNAs e inúmeros outros que não podem ser esquecidos!). O mRNA (mensageiro, transcrito final), este sim, segue para a síntese protéica, intermediando a relação Genótipo (DNA) - Fenótipo (proteínas e enzimas).

Dentre as primeiras imagens associadas ao estudo da Genética Molecular está o substrato fundamental da síntese de DNA, o desoxirribonucleotídeo trifosfato, que é constituído por um açúcar (uma pentose, no caso a desoxirribose, o "D" do "DNA"), 3 grupos fosfato (cuja ligação se dá com o carbono 5' da pentose) e uma base nitrogenada (são econtradas 4 bases diferentes no DNA, classificadas em purinas (A e G) e pirimidinas (T e C)) (Figura 2).



Figura 2 - Bases nitrogenadas "comuns"

 

No mês passado, foi publicado um artigo na revista científica PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences) descrevendo a abundância e a distribuição de bases nitrogenadas e estruturas análogas encontradas em meteoritos ricos em carbono (um tipo raro). A principal dificuldade dos estudos que analisam a composição dos meteoritos (oriundos do espaço sideral) é descartar a possibilidade de contaminação por compostos terrestres e validar a origem extraterrestre do material analisado. Este artigo conseguiu identificar bases nitrogenadas e análogos raros e medir suas abundâncias em diferentes meteoritos, utilizando-se da técnica de Cromatografia Líquida - Espectrometria de Massa. A origem extraterrestre das bases nitrogenadas foi validada por uma série de observações que incluiram a identificação de padrões de diversidade  molecular associados com a formação de séries de nucleobases estruturalmente homólogas e raras (ou ausentes) no ambiente terrestre, a obtenção experimental destas bases a partir de  reações em Cianeto de Amônia em laboratório (simulação do ambiente químico do meteorito, gerando as bases Adenina, Purina, Hipoxantina, 6,8-diaminopurina, 2,6-diaminopurina, Guanina e  Xantina, em ordem decrescente de abundância) e o uso de controles experimentais ou "branco" (amostras genuinamente terrestres) com precisão para identificar a presença de até uma parte por bilhão de um componente (as bases 6,8-diaminopurina e 2,6-diaminopurina, por exemplo, nunca foram detectadas nos controles, incluindo amostras de gelo Antártico e de solo de locais onde os meteoritos foram originalmente encontrados).

Considerando-se que estas unidades, as bases nitrogenadas, são fundamentais para estrutura dos ácidos nucléicos (DNA e RNA), e que estes são componentes essenciais para o desenvolvimento da vida na Terra (como a conhecemos), o artigo conclui que os meteoritos podem ter providenciado um "kit" básico de componentes moleculares essenciais para origem da vida neste planeta e possivelmente em outros (registre-se que também já foi encontrada grande diversidade de aminoácidos e análogos nestes meteoritos).

O título do artigo original:

"Carbonaceous meteorites contain a wide range of extraterrestrial nucleobases", o primeiro-autor (e vários outros) são da NASA, agência espacial americana. Um vídeo bem informativo sobre este estudo, com narração do primeiro-autor do artigo, pode ser visualizado aqui. 

Este semestre, este artigo foi apresentado para os alunos dos cursos de Ciências Biológicas da UFSCar - Sorocaba como forma de aproximar os conteúdos tratados em sala de aula - no contexto da Natureza Molecular do Gene - aos desafios atuais da pesquisa científica em áreas de fronteira de conhecimento. E, convenhamos, esta perspectiva extraterrestre associada à origem do nosso DNA é ou não é de arrepiar? Caso alguém tenha interesse, posso compartilhar maiores detalhes sobre a atividade desenvolvida em sala de aula (esta primeira versão foi satisfatória, mas pode ser aprimorada), sugestões neste sentido são bem-vindas.

anaclaudia

Encontro Hipertexto 2011

Imagem do ClustrMaps sem o "maps"

Percebi um "mini-surto" de acessos ao via gene há poucos dias atrás e fiquei pensando sobre a origem destes acessos ("antigamente" havia uma ferramenta que gerava dados muito informativos sobre quem acessava nossos blogs, não lembro se era uma versão anterior do ClustrMaps ou um aplicativo similar, chamava-se MAPSTAT).  O fato é que era muito divertido ver os resultados do MAPSTAT, como vocês podem ver (ou relembrar) nesta postagem antiga do via gene.

Na minha imaginação, correlacionei o aumento dos acessos à divulgação do Caderno de Resumos do Encontro Nacional de Hipertexto e Tecnologias Educacionais (Hipertexto 2011), que será realizado na próxima semana (dias 26 e 27 na UNISO). 

A educação e as tecnologias digitais

Arquiteturas hipertextuais e tecnologias educacionais

...é como se denomina o Grupo de Discussão criado por Luiz Antonio Garcia Diniz; Gustavo Rojas e Tárcio Minto Fabrício da UFSCAR- São Carlos que compõe a programação do evento "IV Encontro Nacional de Hipertexto e Tecnologias Educacionais: hipercomunidade, escola e tecnologias digitais: entre o não ainda e o já passou"

O  objetivo  deste  G.D.  (número 25 na programação) é  a  reflexão  e  aprofundamento  analítico  de  práticas  de  divulgação científica  e  ensino  de  ciências  que  têm  como  objetivo  a  consolidação  de  plataformas metodológicas construídas ou a serem construídas visando contribuir com uma cultura científica. Nesse vasto campo de conhecimento em constituição, há de levar em conta a recente mudança de paradigma dos meios de comunicação e práticas informacionais e, nesse sentido, estaremos abertos às experiências mais diversas, tendo em vista a matriz  interdisciplinar que permeia tais reflexões. Assim,  consideramos  importante  abrir  a discussão para os  campos das experiências artísticas  visando  a disseminação  científica, para o  jornalismo de divulgação  científica, para as redes  hipertextuais  de  cunho  educacional,  para  as  metodologias  de  educação  ambiental,  ou ainda,  àquelas  relacionadas  a  campos  específicos,  tais  como  a  astronomia,  a  física,  enfim,  ao conjunto de saberes que estruturam nossa sociedade. Nesse sentido, nosso G.D. busca ampliar e agregar um conjunto de  saberes bastante expandido que envolve pesquisadores, estudantes e professores que se sentem em relação de proximidade com os temas propostos.

O via gene foi convidado a se apresentar... estaremos lá!

As inscrições continuam abertas até 30 de agosto.

Di-google-ação Científica: Ferramentas para o cientista-divulgador

Saiu esta semana no Jornal da Ciência uma notícia sobre uma iniciativa do Google com potencial para revolucionar a divulgação científica integrando o cientista ao universo tecnológico disponível e em desenvolvimento em comunicação. Para a fonte original e detalhes, clique aqui! 

uma baixa no FRONT...

Fonte: J. Ipanema

Há quem diga que é preciso matar um dragão por dia referindo-se ao dia-a-dia do exercício profissional. No caso do soldado, o combate é a realidade do seu "exercício profissional", refletindo sua atuação em defesa da nação, de valores, de uma idéia... Neste contexto, a morte em combate é a honra maior do guerreiro, a morte digna para quem viveu em defesa de um ideal. Nesta história, quero falar de um soldado que combate a ignorância e defende a educação, aquele que chamamos de professor... que também defende uma nação, valores e idéias. E no dia de hoje registro aqui uma "morte em combate", um soldado abatido no front, na figura de um professor universitário.

A UFSCar campus Sorocaba despede-se hoje de uma figura singular da sua história: o Prof. Dr. Marcos de Afonso Marins. Como docente da instituição desde 2007, tive a oportunidade de participar de alguns encontros e assistir a palestras do Prof. Marins, sempre sorridente e distribuindo orientações sobre a atuação docente, seus deveres e responsabilidades com a universidade. Fazia isso com gosto! Como se animava e discursava com entusiasmo sobre fatos marcantes da "história evolutiva" da pesquisa e pós-graduação da UFSCar, tendo sido "sócio-fundador" do primeiro programa de pós-graduação em Ecologia e Meio Ambiente do Brasil em 1976 (o curso de Pós-Graduação em Ecologia e Recursos Naturais). Sob orientação do Prof. Marins foi defendida a primeira dissertação de Mestrado da UFSCar (de MARILENE CRUZ BARBIERI em 1978). Deve ter sido este espírito desbravador que fez com que ele se envolvesse de corpo e alma com a implantação do novo campus da UFSCar em Sorocaba (cujos cursos de graduação iniciaram em 2006, utilizando a estrutura física - salas de aulas e laboratórios - da FACENS - Faculdade de Engenharia de Sorocaba). O prof. Marins será lembrado com saudade, seus emails e seu jeito singular de pronunciar UFSCar também. Se ele matava um dragão por dia eu não sei dizer, só sei que ele parecia estar se divertindo, pela forma sempre entusiasmada que atuava junto à universidade. Deixo aqui este texto como uma homenagem a este grande professor. Que venham os dragões...

auto-promoção

Mais uma vez um "post" sobre a análise de "DNA barcodes" (já comentado aqui e aqui), mas desta vez é mais autopromoção do que reflexão ou histórias passadas. Recentemente o CNPq lançou uma chamada para financiar a análise de DNA barcodes em larga-escala no Brasil, denominada "Identificação Molecular da Biodiversidade". A proposta de rede tem a coordenação do Prof. Dr. Claudio de Oliveira, pesquisador 1A do CNPq e docente da UNESP no campus de Botucatu. Foram aprovados 10 sub-projetos vinculados à rede, incluindo um sub-projeto sob a coordenação da Profa Dra Ana Maria L. de Azeredo Espin, da UNICAMP, que irá concentrar esforços para obter a caracterização da sequência de "DNA barcodes" de mais de 2.000 espécies de invertebrados terrestres. Minha participação neste sub-projeto já rendeu um nota divulgada no "site" da UFSCar.

Nota de esclarecimento: "DNA barcodes" refere-se a uma estratégia de análise que compara as sequências de DNA de um trecho de ~ 650 pb (pb = pares de bases ou nucleotídeos) do gene da subunidade I da Citocromo Oxidase C - COI, um gene codificado pelo DNA mitocondrial, de várias espécies animais (incluindo vários indivíduos de cada espécie, podendo variar entre 3 até 10). A análise da divergência encontrada na comparação entre quaisquer 2 sequências (ou seja, a quantidade de variação entre elas) pode indicar se as sequências pertencem a uma mesma espécie ou a duas espécies distintas. Um ponto importante que pode tornar esta análise mais complexa é que existe polimorfismo genético nestas sequências, ou seja, existe variação genética mesmo entre dois indivíduos da mesma espécie. Então a análise precisa ser baseada em intervalos de variação, limites e uma boa amostragem. Na tradução para o português, o "DNA barcodes" tornou-se o "código de barras da vida", uma estratégia que requer enorme integração das áreas de taxonomia e genética, ao meu ver imprescindíveis para a condução de estudos cientificamente bem fundamentados.

Reproduzo abaixo a notícia, na íntegra, que saiu vinculada na página de internet do campus Sorocaba da UFSCar após entrevista com Márcia Dias do CCS/UFSCar-Sorocaba:

"Docente do campus Sorocaba participa de pesquisa sobre Identificação Molecular de Invertebrados Terrestres

A docente Ana Cláudia Lessinger, do campus Sorocaba da UFSCar, integra um grupo de 50 pesquisadores de todo o Brasil que desenvolverá um estudo em rede sobre a Identificação Molecular da Biodiversidade Brasileira (BR-BoL). O projeto recebeu um financiamento de R$ 5 milhões do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). O estudo terá como base a caracterização de sequências de DNA das mais variadas espécies de borboletas, mariposas, abelhas, formigas, moscas, besouros e minhocas.

A pesquisa de Lessinger integra o grupo que trabalhará na identificação molecular dos invertebrados terrestres da fauna brasileira. Este subprojeto terá a coordenação da pesquisadora Ana Maria Lima de Azeredo Espin, da Unicamp, e o financiamento específico de R$ 600 mil. A docente da UFSCar, que tem experiência na área de Genética com ênfase em genômica mitocondrial e comparativa, também está orientando uma dissertação de mestrado sobre o uso de sequências de DNA para identificação taxonômica de moscas e participa da gestão da equipe de trabalho junto à coordenação do sub-projeto.

Segundo a docente do campus Sorocaba, estima-se que a pesquisa fará inicialmente a análise de DNA para a identificação taxonômica de aproximadamente 2.250 espécies de invertebrados terrestres, a partir de análise de amostras recém-coletadas e exemplares de museus e coleções entomológicas. Lessinger considera a realização dessa pesquisa importante para o Brasil. "A proposta é estabelecer um sistema de identificação molecular para integrar inventários de biodiversidade no País", explica. Sendo o Brasil um país com alta diversidade de espécies animais, essa pesquisa é um esforço pioneiro no sentido de acessar a biodiversidade molecular brasileira. Segundo Ana, os pesquisadores acreditam que o que se conhece da diversidade de invertebrados, representa apenas 10% do que se prevê que exista. "Esta identidade molecular, depositada em banco de dados, promove o acesso ao conhecimento taxonômico além de representar uma estratégia inovadora e de caráter multidisciplinar", afirma a docente.

No campus Sorocaba, Ana Lessinger vai desenvolver sua pesquisa no laboratório de Genética Molecular, onde serão realizadas as extrações de DNA e o isolamento da região gênica que será estudada. O sequenciamento desse material será feito pelo Laboratório de Genética e Evolução Animal da Unicamp. As sequências nucleotídicas serão enviadas para o Núcleo de Bioinformática do BR-BoL (Fiocruz-MG) e, posteriormente, estarão disponíveis para a análise que será feita pela equipe da professora Ana Lessinger, nos laboratórios do campus Sorocaba da UFSCar."

Divagando... divergindo... dialogando?

"Se diverges de mim, me enriqueces"

Segundo o google estas palavras são de Dom Helder Camara... (que eu havia confundido com Dom Evaristo Arns... santa ignorância). É uma frase bonita, não? Veja pelo lado do "impossível": quantas pessoas vc conhece, com quem convive, no trato pessoal e profissional, que já pronunciaram estas palavras? Falo de gente mais mundana (= do mundo), para as eminências religiosas, tamanha "aceitação do outro" é exercício diário, aprendido já no jardim de infância. Tudo bem, mesmo que sejam raros os exemplos daqueles que verbalizam com naturalidade (de forma autêntica) este convite ao diálogo, quantos outros você acha que verdadeiramente se preocupam com isso nas suas interações cotidianas. Estamos (ou já passamos?)  na "Era da Informação", cujo fluxo se viabiliza pela comunicação, que permite que se compartilhe informações complexas entre diferentes continentes em poucos segundos (basta ver esses pontinhos vermelhos nos mapinhas que normalmente acompanham os blogs, que o autor confere diariamente com orgulho de transitar pelos mais longínquos recôncavos - não é o caso do via gene - ainda :)). Como a dita "Era da Informação" lida com a dificuldade de diálogo e de reconhecimento e valorização de opiniões divergentes? Este é um cenário que infelizmente é mais frequente do que gostaríamos. E pior: nem sempre posso dizer que sou imune a esse fenômeno que transforma o que poderia ser uma discussão enriquecedora em uma briga de surdos! Mas a cultura do diálogo poderá vingar, e vejo nos blogs científicos uma oportunidade de também exercitar este talento, vocês não concordam (lembrem-se: se discordarem, me enriquecem!)? Descupem-me pela provocação, mas não resisti :)

ana claudia  

Não me perguntem sobre minha tese...

Lembram-se desta frase? Quem já passou por uma tese de mestrado sabe do que estou falando... essa sensação de querer ver uma luz no fim-do-túnel, de querer acabar com o que acaba com você (por mais apaixonado que você possa ser pelo tema que te consome), de colocar um ponto final numa idéia que iniciou com um ponto de interrogação (que normalmente se desdobra em inúmeros outros pontos de interrogação...  ilusão a sua de que "pontos finais" existam em ciência). Daí vem esse chavão que acompanha os momentos finais - intermináveis nos parecem - da construção de uma dissertação (ver aqui outro "post" a respeito).

Toda esta introdução para justificar a presença de uma "peça" que tirei do fundo do baú: um simbólico desabafo que consta num das páginas iniciais da minha dissertação de mestrado e que foi resgatada hoje enquanto revisava a dinâmica colorida de alguns cromatogramas* (será que existe mais alguém no mundo capaz de se emocionar frente a uma dança de cromatogramas?):

TENTAÇÃO

TENTO HORAS, SEMPRE E TANTO

MAS SÃO TANTAS HORAS E TANTOS TENTOS

QUE ME DESCONTENTO E TANTO FAZ,

SE FEZ, SE DIZ, SE QUIS

SER SEMPRE TÃO FELIZ...

MAS TANTO QUANTO POSSA,

VOLTO O VER-TE RICA ENFIM, ME ENCANTO:

GIRA, PISCA, GRITA E BRIGA!

VEM DE NOVO E TOME TENTO

E TENTE O TEMPO TODO E SEMPRE

E TERMINE O QUANTO ANTES POSSA

A ANGÚSTIA DO APRENDIZ SEDENTO

QUE DECIFRA A BIO-HISTÓRIA ESCRITA

COM SEMPRE AS MESMAS QUATRO TENTATIVAS

QUE SÓ A VIDA, FAISCANTE CHAMA, PRODUZ.

O texto data de 15 de outubro de 1997, defendi a tese em 06 de janeiro de 1998, então dá para imaginar mais ou menos o momento do processo em que eu me encontrava :)

 

Estava naquele estado em que se quer acabar a dissertação, mas não necessariamente com o trabalho! A escolha de continuar esse trabalho é uma afirmação diária que me acompanha desde algum momento do curso de graduação em Ciências Biológicas até hoje.

 

Hoje - revisando alguns dados de sequências nucleotídicas - confirmei novamente meu fascínio por esta estrutura que é a molécula de DNA e o modo como ela se constrói e desconstrói numa dinâmica estrutural que abriga desde mutações pontuais a violentos rearranjos. Abriga também trechos conservados, que são homólogos entre amplas extensões taxonômicas (desculpem-me os taxonomistas de plantão se subverti a linguagem aqui...) e contam a história das relações evolutivas entre diferentes grupos de organismos.

 

*cromatogramas ou eletroferogramas são representações gráficas do resultado de um sequenciamento de DNA, em que os diferentes nucleotídeos de uma sequência são representados por picos de diferentes cores (mais).

 

As vezes bate uma nostalgia...
 
ana claudia

fênix?

Para inaugurar os textos de 2011..

Será preciso reinventar o viagene?

Novamente surge um ano acadêmico com inúmeras demandas (como não poderia deixar de ser), e espero incluir o via entre as metas para 2011. Quem sabe assumindo um padrão mais sistemático - perdendo seu charme (?) errático de blog científico de postagens irregulares. Invejamos (eu e o via gene) os blogs com os carimbos de hard blogging scientist,  são pesquisadores dedicados e comprometidos com a divulgação científica. Tirando algumas fraudes científicas, prêmios nobel, cientistas midiáticos ou "bad-boys" e personagens de desenho em quadrinhos, poucos cientistas chegam ao grau de celebridade (ainda bem!), mas com os blogs científicos e textos de qualidade , o "grande público" tem a oportunidade de conhecer os cientistas reais, através daqueles que se dedicam ao "ofício de blogar suas experiências e opiniões em ciências. Errático ou não, o via gene se apresenta em 2011.

   

Post-propaganda do núcleo ETC da UFSCar Sorocaba

E-ducação

T-ecnologia

C-ultura

A UFSCar campus Sorocaba conta com um novo espaço para difusão de Educação, Cultura e Ciência que pretende oferecer uma interface entre universidade e comunidade para promover a elaboração de projetos nestas áreas. Ontem foi inaugurada a primeira etapa de revitalização deste espaço (ou Núcleo de Educação, Tecnologia e Cultura), que está passando por uma extensa reforma. Há um auditório para mais de 200 pessoas, salas de informática, sala de projetos e outros espaços a serviço da formação científica e cultural de Sorocaba e região. Dirigentes da UFSCar e figuras públicas e políticas participaram ontem do evento de inauguração e reafirmaram, em praticamente todos os discursos, que a articulação de diferentes esforços, aliando diferentes frentes políticas e acadêmicas em torno de uma proposta comum, funcionou muito bem para que este espaço fosse concretizado (quase que literalmente :)), a exemplo do histórico de implantação do próprio campus da UFSCar na cidade de Sorocaba O prédio onde está instalado o núcleo fica no Bairro Santa Rosália, próximo ao Supermercado Extra. Saiba mais aqui.

Encaminho ao ViaGene uma mensagem que recebi por e-mail e que mostra um pouco da dor e frustração de pesquisadores do Instituto Butantan sobre as declarações do ex-diretor do instituto.

Caros Colegas,



Não bastasse a tragédia em si, declarações estarrecedoras de liderança científica denigrem ainda mais a imagem da Instituição. Lamentamos.


Abaixo, encaminhamos um texto elaborado por Pedro Nunes e Felipe Curcio do IB-USP, publicado na íntegra no http://colunas.epoca.globo.com/planeta/2010/05/20/cientistas-rebatem-declaracao-de-ex-presidente-do-butantan/


Compartilhamos dessa opinião.

Laboratório de Ecologia e Evolução


Instituto Butantan


Otávio Marques
Maria José de J. Silva
Nancy Oguiura
Ricardo Sawaya
Selma Almeida-Santos
Hebert Ferrarezzi

Apelo dos bobos aos que não querem reconstruir

O incêndio que consumiu tragicamente o maior acervo de serpentes e artrópodes neotropicais sediado no Instituto Butantan atingiu em cheio quase toda a comunidade científica do Brasil e do mundo. O termo “quase”, entretanto, é obrigatório nesta frase. Se um, e apenas um cientista, acredita que a coleção perdida era uma bobagem, e que o que se perdeu nada significa diante de outras questões prioritárias como a produção de vacinas e soros, já não seria unânime considerar o ocorrido como trágico.

Infelizmente, o depoimento do Prof. Dr. Isaías Raw à Folha de São Paulo, em 20/5/2010, atesta esta triste realidade. Segundo o Dr. Raw, a coleção “é uma bobagem medieval” e a única função do Instituto Butantan é “fazer vacina para as crianças” e não “cuidar de cobras guardadas em álcool”.

É curioso como a opinião pessoal do Dr. Raw destoa da visão da imensa maioria da comunidade científica. Pode-se até respeitar que ele acredite que o Instituto Butantan devesse se dedicar unicamente à pesquisa aplicada, deixando de lado a pesquisa básica, ainda que a história diga o contrário. Fosse assim, o acervo de mais de 80 mil serpentes e 450 mil artrópodes não teria sido construído em 100 anos de trabalho, à revelia de gente que opina como o Dr. Raw e da falta de apoio pelo poder público.

Parte da história da fauna brasileira foi incinerada. Espécies raras, criticamente ameaçadas de extinção, estavam somente representadas no acervo perdido. Outras, só foram descobertas e trazidas ao conhecimento público graças à existência deste acervo. Isso sem contar as várias espécies novas, ainda não catalogadas pela ciência, cujas descrições estavam em andamento com base em espécimes que se perderam no incêndio.

E porque tanto fogo? Seria de fato bobagem armazenar espécimes em um líquido combustível como o álcool? Este procedimento de estocagem é padrão internacional. Qualificá-lo como “bobagem” é o mesmo de dizer que são “bobos” todos os museus de renome mundial, nos Estados Unidos, na Europa e em outros centros de excelência de pesquisa em zoologia. Será que o único investigador inteligente no mundo é de fato o Dr. Raw? Será que todos os inúmeros colegas que se comovem com a perda do acervo do Butantan estão de fato perdendo seu precioso tempo juntando esforços para reconstruir esta “bobagem”?

Como, até o momento, nenhum colega manifestou-se de forma semelhante ao Dr. Raw, sua afirmação parece vazia, desrespeitosa e, acima de tudo, cruel. Mesmo o “mais importante zoólogo vivo do Brasil” (conforme relato da própria Folha), apesar da crítica descabida ao trabalho dos investigadores do Butantan, reconhece a importância do acervo no mesmo artigo em que o Dr. Raw expressa sua controversa opinião.

Para dar alguns exemplos práticos e diretamente aplicáveis de como as coleções científicas do Instituto Butantan eram usadas, entre muitas outras aplicações, é através de acervos assim que a classificação de serpentes e artrópodes peçonhentos é possível. Graças a “bobagens” como esta, é possível identificar a existência de diferentes grupos de ofídios ou aracnídeos e assim desenvolver soros específicos e mais eficientes para cada um desses grupos. A impressionante produção científica do Dr. Raw é principalmente embasada em imunização.

Teria ele a consciência de que o desenvolvimento de soros e vacinas eficientes depende da identificação precisa do patógeno, bem como do estudo de suas relações de parentesco? Ficamos curiosos em saber como Dr. Raw foi capaz de produzir tanto conhecimento sem o apoio de sistematas e taxonomistas, profissionais que trabalham com o tipo de “bobagem” que o fogo destruiu.

Mais sensato seria se o ex-presidente da Fundação Butantan optasse pelo silêncio e celebrasse a tragédia no conforto de sua residência. Vir a público com declarações infundadas, reducionistas e sarcásticas é inadmissível e confunde a opinião pública que estava, até então, tendo uma rara oportunidade de vivenciar uma discussão sensata sobre a importância de se preservar e investir em coleções científicas como a que se perdeu. Entretanto, a considerar pelo seu estilo de gestão, historicamente criticado e visto como deletério por muitos dos colegas que trabalham no Instituto Butantan, a declaração do Dr. Raw não surpreende a ninguém que o conheça.

Neste momento tão inoportuno, seu sarcasmo e sua arrogância apenas tornam seu depoimento mais dolorido. É como se, durante o velório de um ente querido, a família fosse obrigada a aturar um lunático invadindo o salão, estourando uma garrafa de champagne e celebrando a ausência definitiva do morto. Por sorte, em algum momento, vozes inoportunas terminam por se calar, de um modo ou de outro. Assim desejamos.

Que falem os que tem algo de construtivo a dizer. Que falem os que sabem o quanto é difícil renuir recursos para a pesquisa de base no país. Que falem os que tem consciência que sem a investigação de base, “cientistas brilhantes” como o Dr. Raw não teriam escrito sequer uma linha aproveitável de ciência. Os demais, por favor, respeitem esta perda irreparável do patrimônio público.

Felipe Franco Curcio

Pós-Doutorando

Depto. Zoologia do Inst. de Biociências da USP

Pedro M. Sales Nunes

Doutorando

Depto. Zoologia do Inst. de Biociências da USP

A CIÊNCIA PERDE UM ACERVO INESTIMÁVEL: INCÊNDIO DESTRÓI COLEÇÕES DE SAPOS, COBRAS E LAGARTOS DO INSTITUTO BUTANTAN

O incêndio que ocorreu neste final de semana no Instituto Butantan atingiu em cheio a Ciência Brasileira. O que tem sido divulgado na mídia não reflete a real dimensão da tragédia, a perda - de forma tão devastadora e definitiva - deste acervo biológico. Este impacto não se mede apenas em números de espécies e amostras de répteis, anfíbios e aracnídeos. Obviamente os números são importantes para saber que se perdeu uma das maiores coleções de cobras do mundo. Mas apenas esta informação não traduz o que isso realmente significa em termos de pesquisa científica, os diversos projetos em andamento que foram interrompidos e sabe-se lá como alunos e pesquisadores irão superar este trauma e reconduzir seus esforços e sonhos para a reconstrução de uma nova perspectiva científica. Uma coleção não é apenas um punhado de bichos mortos guardados em frascos cheios de formol... são estudos sobre estratégias de vidas, ocupação de habitats, padrões de distribuição geográfica, registros históricos de ocorrência de espécies em áreas de florestas que talvez nem existam mais, registros de espécies endêmicas (ocorrem apenas em uma região determinada) e raras, estudos de identificação de novas espécies ainda desconhecidas da ciência (que correm o risco de continuarem assim... apagadas do registro biológico, fumaça biológica). Com certeza há uma infinidade de outros estudos que podem ser elencadas aqui com muito mais propriedade por zoólogos, taxonomistas e  sistematas (como geneticista - mas também bióloga - deixo uma contribuição mais tímida e generalizada sobre o impacto desta perda, convido os especialistas da área para incluírem relatos mais específicos). Alguns breves depoimentos podem ser vistos aqui. Com relação ao que circulou na mídia, o texto que eu achei mais interessante e informativo foi o do "site" do Estadão (http://www.estadao.com.br/), inclusive com direito à Glossário (leia aqui). Uma frase muito perturbadora atribuída ao zoólogo Francisco Luis Franco, curador da coleção que virou cinzas, revela: "Todas as outras coleções estão vulneráveis do mesmo jeito." Recorro ao via gene para tentar expressar, de alguma maneira, minha solidariedade com aqueles mais diretamente envolvidos neste triste fato que se registra na história da ciência Brasileira neste ano de 2010. Lembro ainda que no ano passado, durante o encontro de 10 anos do programa Biota-FAPESP, muito se falou da necessidade de investimento para manutenção de coleções e museus de biologia para salvaguardar estes patrimônios biológicos e científicos. Eis aí um exemplo do que pode acontecer se ignorarmos esse apelo.

O sentimento realmente é de luto.

"molecular tools" ou as famosas "ferramentas" moleculares

"Ferramentas moleculares" é um termo amplamente empregado em textos e artigos científicos quando se referem às tecnologias e processos (ou metodologias) que empregam equipamentos e protocolos da área de biologia molecular. Em meus textos acadêmicos e científicos e em aula, eu também recorro ao termo em inúmeras oportunidades, mas não sem uma certa resistência com relação ao conceito que eu formei sobre as famosas "ferramenteas moleculares" e à interpretação mais óbvia e - talvez - mas difundida que se encontra na divulgação deste termo. Como este espaço tem uma pequena pretensão de divulgar idéias e conceitos em ciência e tenho a liberdade de expressar minha experiência no assunto da forma mais particular e pessoal que quiser (por ser um blog, mesmo que científico), gostaria de estender um pouco mais o conceito de "tools" agregando a minha visão. 

Um texto que eu considero muito esclarecedor e elevo à qualidade de "clássico" da literatura da área de biologia molecular e evolução trata da técnica de PCR (ou Polymerase Chain Reaction - em inglês), detalhando a participação de cada reagente (soluções e enzima) no processo, integrando o papel de gradientes de temperatura que variam dentro de ciclos programados em um equipamento chamado de 'máquina de PCR" ou termociclador. O texto em questão é de autoria do pesquisador Stephen R. Palumbi, e se refere ao capítulo 7 do livro Molecular Systematics, editado por David M. Hillis, Craig Moritz e Barbara K. Mable, versão 1996 (Sinauer Associates).


Naquela época, o livro foi um marco por apresentar a fundamentação teórica de inúmeras estratégias moleculares, esclarecendo vários aspectos relacionados à rotina de laboratórios e grupos de pesquisa no uso de técnicas modernas em estudos em biologia evolutiva e evolução molecular, incluindo protocolos experimentais e resolução de problemas comumente associados às "ferramentas moleculares" (incluindo não só PCR e estratégias derivadas - RAPD, AFLP, Microssatélites (ainda em sua infância) - como também análises de Isozimas, RFLP, Hibridação DNA-DNA, etc.). Acredito que este tipo de publicação promoveu a popularização de estudos evolutivos integrando áreas como zoologia, botânica, genética e biologia molecular (entre outras).

Há algumas passagens muito interessantes e reveladoras neste texto, onde o autor afirma que uma das coisas mais surpreendentes sobre a reação de PCR é que ela funcione tão bem para tanta gente, considerando-se a complexidade de interações químicas e termodinâmicas inerente ao sistema ("The fact that it works so well for so many people is one of the most astonishing things about it"). Outros dois trechos que me causam grande simpatia e identidade ocorrem quando o autor afirma que: 1) a máquina de PCR é uma ferramenta EXPERIMENTAL (maiúsculas por minha conta!) ("... an important aspect of PCR that is frequently overlooked: a PCR machine is an experimental tool, not just a troublesome gadget designed to produce a DNA product") e 2) que cada reação de PCR é uma oportunidade experimental ("...it is important to treat the PCR process as an experimental opportunity").

São contextualizações como estas que revelam claramente o conflito presente na interpretação do que vem a ser uma "ferramenta molecular". Uma chave-de-fenda, um martelo ou uma solda elétrica poderiam ser considerados "oportunidades experimentais"? O uso de uma ferramenta, ou de uma receita, seguindo instruções recebidas após treinamento ou mesmo sem ele, sempre geram o resultado previsto (excluindo-se a possibilidade de erro do "operador"). Ao menos essa é a idéia básica normalmente associda ao benefício de usar uma ferramenta: a chave-de-fenda sempre é operada da mesma forma para apertar um determinado tipo de parafuso à determinada superfície; a criatividade não seria um requisito importante neste cenário.

Conduzir um experimento que involva uma reação de PCR, ou qualquer outra metodologia molecular, requer que seja seguido um protocolo experimental, MAS NEM SEMPRE o resultado obtido (ou a ausência deste) concorda com o resultado esperado (qualquer um que já tenha feito algumas reações de PCR poderá depor a meu favor neste aspecto :)). Segundo Palumbi, mesmo um biólogo molecular experiente tem dificuldade de prever com precisão como uma alteração em algum dos componentes da reação irá interferir na qualidade do resultado final. Outra dificuldade é o orientador definir para o aluno (ou vice-versa) porque determinada reação de PCR resultou na ausência de amplificação ou na amplificação de múltiplos produtos ou produtos inespecíficos. Isto se deve à natureza EXPERIMENTAL dessa "ferramenta". É exatamente essa "natureza" que difere entre a máquina de PCR e máquina de solda... há uma forte demanda pelo exercício intelectual, constante e investigativo, no uso de ferramentas moleculares para garantir a obtenção dos resultados esperados conforme expectativa e cronogramas apresentados nos projetos conduzidos pelo grupo de pesquisa.

Estando isso esclarecido, não tenho maiores restrições ao uso do termo "ferramenta" para designar certas estratégias ou técnicas moleculares. Imagino que esta opinião não seja uma unanimidade na comunidade científica, pelos exemplos que tenho visto associados ao uso do termo de forma superficial e simplória, mas compartilho com vocês minhas impressões sobre este assunto. Comentários e críticas são bem-vindos!


ana claudia


PS - a inspiração desta postagem veio - principalmente - pela discussão do texto de S. Palumbi realizada recentemente na disciplina "Métodos Moleculares para Caracterização da Biodiversidade" inserida no Programa de Pós-Graduação em Diversidade Biológica e Conservação da UFSCar - Sorocaba. Outra fonte de inspiração mais "crônica" refere-se à resistência da minha orientadora (de IC e pós) com relação ao uso deste termo nas diversas oportunidades de revisão dos meus textos acadêmicos (agradeço pela oportunidade de refletir sobre isso durante minha formação :)).

há cinco anos nascia o via gene...

"Parabéns prá você... nesta data querida..."

Aos trancos e barrancos da vida acadêmica, vai sobrevivendo com muita alegria e satisfação o blog via gene.

Comemoro nesta postagem seus 5 anos de vida! Apesar de estar longe dos "top 10" melhores blogs de ciência brasileiros, talvez o via gene possa se orgulhar de estar entre os 10 primeiros... em idade... :)

Enfim, o via precisa melhorar seus assuntos, sua regularidade, sua frequência de postagem (faltou alguma coisa?), mas não tem problemas com sua persistência (3 x 1)!

um abraço a todos que ainda prestigiam, visitam e comentam no via gene (foi um privilégio contar com vocês ao longo destes 5 anos),

ana claudia

ciência, academia e violência

Tiroteios em escolas e universidades são frequentemente noticiados na midia internacional, quase sempre ocorrendo nos Estados Unidos. Aí está o filme-documentário "Tiros em Columbine"do polêmico diretor e ativista político Michael Moore que não me deixa mentir. Claro que a realidade brasiliera também noticia - e com certa frequência - a ocorrência de tiroteios e mortes em escolas (uma amostra, outra amostra), normalmente motivadas por questões envolvendo tráfico de substâncias ilícitas e questões "territorias" envolvendo gangues formadas nas escolas ou mesmo fora delas.

Mesmo assim, considerando este "traço" da cultura americana (conforme a visão de Moore), sempre me surpreende uma notícia de violência explícita como ocorreu semana passada na Universidade do Alabama, EUA. Mais surpreendente porque os holofotes não focaram em adolescentes introspectivos, nem estrangeiros de comportamento anti-social, mas em uma docente e pesquisadora de ~40 anos de idade, com reconhecida capacidade científica, incluindo experiência acadêmica na famosa universidade de Harvard, prêmios científicos e sócia (junto com o marido) de uma empresa de biologia molecular e celular, uma neurocientista. Esta cientista, professora assistente de biologia, foi - armada (!) - a uma reunião com uma comissão formada por outros docentes da instituição para discutir sua permanência na universidade. Nos Estados Unidos, a sistemática de contratação de docentes pelas universidades inclui um longo período probatório (que pode chegar a até 10 anos, se não me engano) como professor assistente, ao término deste período o docente é avaliado com relação à sua produtividade em pesquisa, qualidade e esforço como docente e atuação em serviços (algo como aqui conhecemos por atividades de extensão). Caso esta avaliação indique que o docente atingiu (ou superou) as metas previstas, ele fará parte do quadro de docentes permanentes (passando de Professor Assistente para Professor Associado ou "Tenured Professor") da instituição, sendo garantida a - tão desejada - estabilidade no emprego*. Note-se que nas Universidades Federais brasileiras estes mesmos termos, Professor Assistente e Prof. Associado, não possuem a mesma definição adotada nos Estados Unidos (Assistente = com mestrado; Associado = livre-docente; entre os dois figura a posição do Adjunto = com doutorado); e o período de estágio probatório é de apenas 3 anos.

Voltando ao caso americano: durante a tal reunião, a professora que estava sendo avaliada realizou uma série de disparos matando 3 pessoas e ferindo outras 3 (uma em estado grave). Pela divulgação na mídia, a motivação do crime foi a resposta negativa da comissão avaliadora quanto à promoção da titulação acadêmica da solicitante, Dra. Amy Bishop. 

Muita informação está sendo apresentada sobre a personalidade de Amy Bishop, que era tida como extremamente arrogante (mas especula-se que era uma cientista brilhante e uma docente dedicada), sobre um episódio violento do seu passado (aos 20 anos ela foi considerada inocente pela morte do irmão, de 18, por ter disparado uma arma "acidentalmente"...) e sobre a possibilidade dela ser doente mental ou estar sob o efeito de anti-depressivos. O que inspirou este texto foi a postagem do blog Terra Sigillata, de Abel Pharmboy, UA Huntsville Dr. Amy Bishop holds active NIH R15 AREA award. Outro texto relacionado é o "post" mais recente Amy Bishop UAH case: What role should personality or collegiality play in tenure decisions? Ambos os textos estão repletos de comentários com opiniões e curiosidades sobre o sistema acadêmico norte-americano. Talvez um pouco distante da nossa realidade, mas vale a pena dar uma olhada, especialmente quando a violência traz como protagonistas professores de biologia.  

Um trecho extraído do blog de Abel Pharmboy em que ele cita uma entrevista com um professor de psicologia da Universidade do Alabama que foi publicada no jornal Decatur Daily:

"In today's Decatur Daily, staff writer Eric Fleischauer has an extended interview with UAH psychology professor Eric Seemann. You really should read the whole thing because it provides an inside view of Bishop's personality and relationships. But here is a critical passage:

Despite her excellent research ability, Seemann was not surprised she struggled to obtain tenure.

"Amy was kind of hard to get along with," he said. "I've talked to people who said, 'Wow, she can be really arrogant,' or be really headstrong. I knew that to be true. But at the same time she was brilliant. She was really one of UAH's rising research stars. People I know in biological sciences would say, 'She's a great researcher, but she's lousy to work with.' "

She was brilliant and she knew it.

"At one meeting I was with Amy, she was complaining to a group of us. She said she was denied tenure not because she was a lousy researcher -- she's not, quite the opposite -- and not because she didn't have good classes, she believed she did -- I think some might say otherwise -- but because she was accused of being arrogant, aloof and superior. And she said, 'I am.' "

É ou não é de deixar qualquer um perplexo?

abraços aos eventuais leitores de todas as horas,

ana claudia

* Richard Dawkins na obra "A grande história da evolução" comenta que haveria uma "degeneração" das estruturas cerebrais de alguns acadêmicos durante o desenvolvimento que se segue ao contrato permanente (ou efetivação). pg. 432 da edição em português da Cia das Letras :)  

Vôo improvável...

Nota curiosa do cotidiano de um laboratório de genética molecular:

Hoje estávamos (eu e meus alunos) dedicados a fazer uma extração de DNA para testar um novo protocolo experimental. Eu falando da importância de realizar esse procedimento em um ambiente limpo e livre de "n" possíveis comtaminações para que a extração do DNA das nossas amostras fosse bem-sucedida e assim todos os outros procedimentos de genética molecular que se seguem a uma extração.

Nestas análises, o controle do que está acontecendo no ambiente "macro" (luvas, tubos, reagentes, gelo, centrífugas, pinças, ponteiras, micropipetas, etc.) é fundamental para tentarmos saber o que pode estar acontecendo no ambiente "micro" (as interações moleculares dentro de um tubinho com capacidade máxima para 1ml e meio - esse é o nosso MAIOR tubo!).

Então, lá estava eu nessa conversa toda, cheia de controles (todas as janelas e portas fechadas - nesse calor ABSURDO que anda fazendo - para evitar as tais possibilidades de contaminação do nosso ambiente de trabalho por sujeiras microscópicas quaisquer) quando adentra um gaviãozinho (!!!) no laboratório por um pequeno vitrô... passarinho (tipo pardal) e morcego eu já vi entrar em laboratório, além dos inúmeros insetos, camundongos e tradicionais lagartixas de parede, mas gavião? E ainda por cima o bicho parecia manso... ou no mínimo desorientado. Ele encontrou uma janela aberta, planou até ela e... voltou para se aninhar em uma bandeja com meia dúzia de tampões feitos de gaze e algodão que são utilizadas para tampar (tampão = tampar) frascos ESTÉREIS (descontaminados!). Que bicho estranho, parece que preferiu ficar no laboratório a sair para a natureza selvagem. O dito cujo acabou sendo convidado a se retirar quando a bandeja onde estava foi levada para fora (ele nem se incomodou de ir de carona). Que eu saiba, não voltou ao laboratório, mas voltou para uma varanda próxima e parece querer ficar por aqui mesmo!

O gaviãozinho parece com este da foto, mas não sou especialista então não arrisco nenhuma tentativa de identificação taxonômica... vou consultar os ornitólogos de plantão para tentar descobrir qual é a espécie de gavião-de-laboratório. Este simpático penado da imagem acima chama-se Falco sparverius, popularmente conhecido como quiri-quiri. Soube que são especializados em caçar insetos (entre outras coisas), ainda bem que ao entrar no laboratório não atacou nossas preciosas amostras (umas moscas varejeiras que morreram pelo bem da ciência - alguém se importa que varejeiras morram?).

Enfim, fico na torcida para que o gaviãozinho encontre seu lugar ao sol (longe do laboratório) e para que as nossas extrações de DNA tenham funcionado e participem ainda de muitas dissertações, teses e artigos científicos!

pão na chapa

Em 2010 faz 20 anos que ingressei na universidade, no curso de Ciências Biológicas da UNICAMP, turma 90!

Graças à internet, podemos manter contato, planejar encontros e trocar emails sobre concursos públicos (!) - por incrível que pareça este tema é recorrente nas nossas comunicações.

Mas eu queria mesmo era falar do pão na chapa. Na época em que estava na graduação esse era o pedido tradicional no "café da manhã" na cantina do Bello (cuja estrutura física não existe mais ao lado do prédio do IB, resta apenas na memória de quem por lá passou algumas - ou inúmeras - tardes agradáveis embaixo dos flamboyants - estudando, fazendo trabalhos em grupo ou tomando cerveja (!!!!!) é... isso mesmo, naquela época a cerveja e a universidade coexistiam - pasmem). Ah é, havia o truco (que eu nunca consegui aprender a jogar - uma falha na minha formação).

Voltando ao pão na chapa: hoje vivi um momento de nostalgia quando fui procurar uma papelaria em um local da cidade de Sorocaba chamado de "Largo do Divino". Apesar de estar em Sorocaba há ~2 anos, devo ter passado 95% do meu tempo no trecho casa-trabalho-casa, portanto ainda existe uma Sorocaba completamente inexplorada e desconhecida por mim. Há uma capela antiga muito simpática (que parece ter uns 140 anos) que é a alma do bairro, e a casa do "Divino", claro. E nas ruas do bairro tudo faz referência (ou reverência) ao Divino: Drogaria do Divino, Papelaria do Divino (era a que eu estava procurando), Lanches Divino (esses prometem...), e outros vários nomes com o mesmo "sufixo". É engraçado como isso gera uma "identidade visual" marcante, dá uma impressão que você entrou em outra dimensão... nessa dimensão tem uma padaria chamada... panicenter (não sei o que poderia ter acontecido com a padaria do Divino... ), onde comi um saudoso (veja bem, eu não disse saudável...) pão na chapa acompanhado de um pingado (ou café com leite).

Acabei fazendo este "link" acidental entre Sorocaba e meus idos anos da graduação, tudo por causa de um pão na chapa (será que existe alguém que nunca comeu um pão na chapa?). Mas assim aproveito para falar um pouco da cidade que abriga o novo campus da UFSCar que trouxe na carona professores e estudantes de várias regiões do Brasil. Sorocaba nunca mais será  a mesma, nem nós!

Em boa hora: parabéns aos formandos das primeiras turmas dos cursos de Ciências Biológicas (Licenciatura e Bacharelado) e Turismo! Que vocês ainda possam se encontrar nos próximos 10, 15 ou 20 anos para lembrar dos dias em que comiam pão na chapa num trailer improvisado (espero que estejam todos empregados nas datas acima mencionadas!).  

A postagem hoje só não mencionou que o pão com ovo também era outro sucesso da culinária da cantina do Bello! Mas esse assunto fica para outra oportunidade. Afinal este seria um blog científico, não gastronômico (muito menos de gastronomia universitária: pão com ovo, pão na chapa, miojo, bandeijão, cachorro-quente da tia Maria, etc.).

Bom início de ano

Mendel na era do AVATAR

Dá para acreditar?

40% dos estudantes brasileiros não têm acesso à internet, mostra pesquisa

Vejam só:

Dados do IBGE divulgados sexta-feira na Folha-OnLine mostram que mais de 40% dos estudantes brasileiros não tinham acesso à internet em 2008.

Entre os estudantes, a principal razão para estarem desconectados é o fato de não terem acesso a um computador (46,9%). Para pessoas com a faixa etária acima dos 40 anos, as principais razões eram desinteresse e dificuldades com o uso.

A reportagem completa está aqui.

REFLEXÃO:
Sempre penso nisso (mas não sabia dos dados oficiais) quando me deparo com declarações de que os blogs científicos podem auxiliar na educação de ciências... mas com qual abrangência? Acho que talvez seja mais "educativo" um grupo de alunos tentar montar um blog científico... como era atraente (ou motivador) fazer um jornalzinho na escola (quem já teve essa experiência?).

Identificação baseada em DNA ("DNA-based id")

Algumas impressões sobre o encontro sobre DNA barcoding que ocorreu na FAPESP na semana passada e outras histórias do passado:

Além do meu interesse em falar um pouco mais deste assunto, fui provocada pela Maria Guimarães (via comentário na postagem anterior), a compartilhar minhas impressões sobre a técnica de análise de DNA barcodes (no original "...o que você acha dos barcodes? o simpósio mudou alguma coisa na tua percepção?"). Aliás, recomendo uma visita ao blog da Maria (ciência & idéias) para ver o relato - muito bom - que ela faz sobre o encontro.

Maria, o simpósio não mudou muito a minha percepção sobre as análises de DNA barcodes... na verdade, eu venho acompanhando discussões nessa área há algum tempo e fico atenta a algumas mudanças no discurso original (face às inúmeras discussões e polêmicas que os artigos originais de 2003 promoveram) e, claro, aos avanços obtidos nas áreas de caracterização de biodiversidade e outras aplicações menos audaciosas - mas muito interessantes do ponto de vista científico (como você bem comentou o exemplo apresentado pelo Dr. Eduardo Eizirik sobre a identificação de itens de dieta alimentar de felinos através desta técnica).

A primeira vez que vi o Paul Hebert (idealizador da "proposta" de utilizar um trecho que gene COI como "identificador" taxonômico) foi no congresso da Sociedade Americana de Entomologia (ESA) de 2004, em Salt Lake City, onde ele proferiu uma palestra com o título: "Probing life diversity with DNA barcodes" (dá para acessar um arquivo gravado desta palestra se você for membro da sociedade). A reação da platéia (sistematas, taxonomistas, geneticistas e outras criaturas do mundo da entomologia) foi bem crítica, com vários questionamentos sobre a validade da metodologia proposta e sua pretensa "universalidade" para resolver todos os problemas de identificação do mundo biológico. Na platéia estava um pesquisador que eu admiro muito, Dr. Felix Sperling (atualmente na Universidade de Alberta, no Canadá), que possui um amplo conhecimento científico sobre taxonomia e sistemática de borboletas, marcadores moleculares e evolução. O Dr. Sperling apresentou uma série de recomendações (ele era famoso por tecer seus comentários na forma de recomendações, e foi um dos primeiros críticos da idéia de P. Hebert no seu formato original) que poderiam trazer maior "robustez" à análise de DNA barcodes: obter a caracterização de uma região maior do DNA mitocondrial (não apenas de 650 pares de bases do gene COI); usar outros métodos além do Neighbor-joining para obter árvores filogenéticas e etc. (minha memória não vai muito além...). Enfim, a impressão que tive na época foi de que P. Hebert foi divulgar sua idéia em uma comunidade não muito receptiva, onde pesquisadores com uma longa história na análise de marcadores moleculares, incluíndo sequências de COI e outros genes mitocondriais, divergiam da idéia de que seria possível identificar um marcador UNIVERSAL para discriminar todas as espécies animais.

P. Hebert continua até hoje este esforço de divulgação da sua proposta (frente a platéias menos resistentes, talvez) com a intenção de criar novas oportunidades de incorporar uma etiqueta de identificação molecular às diferentes espécies que compõm a  biodiversidade existente no planeta (com um foco sobre os ditos países megadiversos, claro).  Mas o discurso já mudou bastante (inclusive já havia mudado em 2004, como bem havia observado o Dr. Sperling, com relação aos artigos originais): a taxonomia - baseda na análise de caracteres morfológicos - permanece como uma força importante que não será substituída pela análise do DNA; outros genes (além de COI) têm sido incorporados à análise dita de DNA barcodes (16S e outros genes mitocondriais, regiões nucleares como ITS, etc.); outros métodos de análise dos dados foram incorporados (a análise de redes de haplótipos apareceu em uma das palestras), enfim, o DNA barcoding "stricto senso" parece que está se modificando em prol de uma abordagem mais ampla e - possivelmente - mais informativa. Esta é uma das minhas impressões sobre o que foi apresentado no evento.

Uma coisa que me incomoda um pouco é a idéia de novidade contida na análise de "DNA barcodes"... há certamente uma caráter inovador nesta proposta: a questão da larga-escala é novidade. Obter etiquetas moleculares para 10.000 espécies de aves é uma proposta que pode ser operacionalizada a partir de uma plataforma similar às utilizadas em genômica. Associar estudos de caracterização de biodiversidade com  plataformas de sequenciamento de DNA foi uma "sacada" de mestre pois otimiza de forma significativa a obtenção de informações genéticas específicas (= da espécie).

Por outro lado, muito que que tem sido identificado como contribuição da análise de DNA barcodes é, no meu entender, um legado das análises de marcadores moleculares de forma geral. Me incomoda um pouco o fato de se confundir uma análise tipicamente de Sistemática ou Filogenia Molecular (que seria a tataravó do DNA barcode) com a idéia do barcode. Da mesma forma, identificações taxonômicas baseadas em DNA (em inglês, DNA-based id) são abordagens que já vêem sendo conduzidas há mais de 15 anos (isso com relação a insetos, se formos falar de microorganismos, esta prática deve ter mais de 30 anos). Então neste ponto, não há novidade. Volto a falar do Dr. Sperling para citar um artigo que ele publicou em 1994 (quase 10 anos antes de P. Hebert cunhar o termo DNA barcodes) onde ele identifica uma série de espécies de importância forense (Sperling, FAH , GS Anderson and DA Hickey (1994). A DNA-based approach to identification of insect species used for postmortem interval estimation. Journal of Forensic Sciences 39: 418-427). Outro estudo interessante que conta com a participação do Dr. Sperling trata da caracterização estrutural e evolutiva de um trecho do DNA mitocondrial (envolvendo os genes COI e COII) de insetos (Caterino, MS, S Cho and FAH Sperling (2000). The current state of insect molecular systematics: a thriving Tower of Babel. Annual Review of Entomology 45: 1-54).

Ainda algumas outras publicações com o título que remete à identificação baseada em DNA:

2001. Wells, J.D., and F.A.H. Sperling. DNA-based identification of forensically important Chrysomyinae (Diptera: Calliphoridae). Forensic Science International 3065: 110-115;

2001. Wells, J.D., T. Pape, and F.A.H. Sperling. DNA-based identification and molecular systematics of forensically important Sarcophagidae (Diptera). Journal of Forensic Sciences 46: 1098-1102;

2001. Wells, J.D., F. Introna, Jr., G. Di Vella, C.P. Campobasso, J. Hayes, F.A.H. Sperling. Human and insect mitochondrial DNA analysis from maggots. Journal of Forensic Sciences 46: 685-687

Enfim, acredito que a análise de DNA barcodes possui em enorme potencial, mas seu impacto será maior ou menor de acordo com os diferentes desafios que diferentes grupos taxonômicos apresentam e é necessário termos consciência disso. Além disso, há desafios e mistérios (mais ou menos conhecidos) que assombram o mundo do DNA e dos marcadores moleculares, como os pseudogenes. Como eles podem ser importantes nesta discussão sobre DNA barcoding? Uma revisão importante surgiu recentemente num artigo intitulado: "Many species in one: DNA barcoding overestimates the number of species when nuclear mitochondrial pseudogenes are coamplified" (PNAS, 2008 vol. 105 no. 36 13486-13491). Quem me alertou sobre este artigo foi o Professor Dalton de Souza Amorim, durante participação em outro encontro promovido pela FAPESP na ocasião dos 10 anos do programa Biota (Biota +10).

Vai uma foto que obtive num dos site do Professor Felix Sperling, deve ser de uns 10 anos atrás, pois ele está bem do jeito que o conheci em 2000 no Congresso Internacional de Entomologia que foi em Foz de Iguassú. Foi nesse congresso que ele me mostrou o artigo do Caterino et al. 2000 (e eu estava toda feliz com a publicação do meu segundo artigo), e em anos posteriores tive a oportunidade de re-encontrá-lo em outros eventos científicos. Pena que esse ano não vou conseguir participar do Encontro da Sociedade Americana de Entomologia (que ocorre na próxima semana em Indianápolis). Enfim, Cinderela já virou abóbora a essas horas e amanhã cedo ainda tenho que dar aula... Maria, obrigada pela provocação. um abraço aos eventuais leitores deste espaço.