Internet e Academia: the good, the bad & the ugly

Apesar de ter sugerido este tema, temo que identificar os aspectos bons (“good”), ruins (“bad”) e horríveis (“ugly”) da relação internet e academia seja uma tarefa subjetiva e muito influenciada pela experiência individual. Além destes, existem ainda os aspectos “polêmicos”, que dificultam a atribuição de adjetivos. Enfim, estou curiosa para descobrir quais questões seriam consenso nesta ciranda de setembro do Roda de Ciência e se há controvérsias, e quais os argumentos? Esclarecimentos prévios (talvez desnecessários?): ACADEMIA aqui se refere ao ambiente acadêmico ou universitário, onde predominam as atividades de ensino e pesquisa, voltado para a formação de recursos humanos, no sentido mais amplo que o termo “formação” compreende. E INTERNET se refere ao conjunto de ambientes e ferramentas virtuais em ampla expansão e diversificação que tem revolucionado a comunicação e o acesso à informação, no sentido mais amplo que o termo “revolucionar” compreende.

GOOD
De modo geral, a INTERNET promove o acesso quase irrestrito à informação (pessoas, opiniões, bancos de dados, artigos, instituições, formulários, “softwares” e aplicativos para uso “on-line” ou “downloads”), a operacionalização deste acesso através de sofisticadas ferramentas de busca (tipo Google, PubMed-Medline, Blast – para os entendidos em sequenciamento :), Wikipedia e outros), a realização de um “n” número de operações (compras/comércio, movimentações bancárias, ensino à distância, vídeo-conferência, “uploads” de documentos, envio de mensagens instantâneas ou via correio-eletrônico) e outras inúmeras atividades (“blogs” incluídos) que nem me atrevo a tentar listar, pois o risco de soar incompleta é grande, dado o grau de inovação das iniciativas em tecnologia da informação. O grande e inegável benefício da INTERNET é a DEMOCRATIZAÇÃO do acesso à informação (não necessariamente o Conhecimento, mas este também pode estar incluído aí) e à comunicação. Invocar a democratização nem sempre significa que não haja um público excluído (seja devido à censura institucional, seja por falta de infra-estrutura básica (computador+provedor)), mas esta situação ocorre a despeito da realidade tecnológica disponível.

A minha impressão atual é de que a Academia tem uma relação íntima e altamente dependente com a Internet. O uso de informação on-line e atualizada já é um vício acadêmico, a comunicação via e-mail permite o gerenciamento de listas/grupos de discussão (de um laboratório, uma classe, um curso, um departamento, da universidade, etc), o contato direto com pesquisadores/professores, a transferência de diferentes conteúdos em uma variedade enorme de formatos (arquivos), além de – supostamente – preservar o sigilo desta informação, e onde cada endereço eletrônico deveria corresponder a uma única identidade.

Páginas da “web” dedicadas a disciplinas, cursos e universidades ou institutos de pesquisa podem ser verdadeiros catálogos com informações sobre praticamente tudo relacionado ao tema. Na página da UNICAMP, por exemplo tem-se acesso desde o regimento geral, e despachos da administração até o cardápio do “bandejão”, sendo possível consultar ramais telefônicos e contatos (email) de funcionários dos mais diferentes departamentos e cursos. Eu mesma já encaminhei uma mensagem de e-mail diretamente ao reitor da UNICAMP há alguns anos para comentar a questão dos recém-doutores e o reconhecimento da sua contribuição nas atividades de pesquisa e ensino da Universidade (para a qual recebi uma resposta quase em tempo real!).

Ainda na UNICAMP, uma iniciativa recente é a digitalização das teses de mestrado e doutorado defendidas na instituição e disponibilizadas via arquivo pdf. As minhas teses de mestrado e doutorado já foram “downloadadas” 30 e 47 vezes, respectivamente, impressionante. Estou curiosa para saber quando (e se) a tese de doutorado do jornalista de ciência Marcelo Leite estará disponível para “download” :). Em uma consulta relâmpago me deparei com o seguinte título: “No “mundo dos jornalistas”: interdiscursividade, identidade, ethos e generos”, de autoria de Jauranice Rodrigues Cavalcanti (tese apesentada para obtenção do título de doutorado), com 98 “downloads” e 370 visitas (fiquei no chinelo... :)). Consulta à palavra-chave “BLOG” gerou apenas um resultado (Entre o publico e o privado : um jogo enunciativo na constituição do escrevente de blogs da internet) de um doutorado em lingüística, mas já confirma que a academia “pousou” seus olhos vigilantes e interrogativos nesta “modalidade” de divulgação on-line. Registre-se ainda 6 títulos para “internet e educação”.

O cadastro e a busca de pesquisadores e grupos de pesquisa operacionalizado pela plataforma Lattes do CNPq é outra experiência que tem tido uma enorme repercussão na comunidade científico-acadêmico, seja pela sua obrigatoriedade seja pela disponibilidade de um extenso banco de currículos com dados completos e atualizados (uma vez que estas informações são consultadas nos julgamentos de propostas de pesquisa).

O portal CAPES de acesso a periódicos científicos é outro ambiente da internet que compõe a linha “democratização” do conhecimento científico, promovendo o acesso ao conteúdo de inúmeros periódicos científicos – mais ainda pode ser melhorado – a um conjunto de instituições consorciadas. Além deste formato de acesso restrito a assinantes ou consórcios, iniciativas de promover o acesso aberto a publicações científicas de alto impacto figura entre um dos maiores benefícios da relação internet-academia (ver exemplo aqui da PLoS – Public Library of Science).

Da minha área de atuação uma das contribuições mais evidentes e significativas com relação ao desenvolvimento de projetos de pesquisa em genética e biologia molecular é o GenBank, um banco de dados que cadastra sequências nucleotídicas (mais de 100 Gb – gigabases - de informação em 2005) e uma variedade de ferramentas de busca e análise destes dados. Um verdadeiro portal para desenvolvimentos em bioinformática, sendo um banco de dados de referência para projetos de caráter mais específico (como o banco de genomas mitocondriais AMiGA).

O ensino à distância é uma realidade mais recente, e extremamente popular no caso de universidades particulares, que representa uma inovação na relação professor-aluno (polêmicas à parte, incluo esta atividade sob a guarda de “GOOD”).

Poderia facilmente me estender sobre o benefício da relação internet-academia (pois é o que predomina, na minha opinião), mas não é este o propósito do comentário, mas sim refletir que esta relação “saudável” nem sempre é regra e outros aspectos chamam a atenção...

BAD
Mas... e o que dizer de verdadeiros fenômenos de popularidade como portais de relacionamento social (Orkut) e afins? Salas de bate-papo (ou “chats”), comunicadores instantâneos como o Messenger, Skype, e similares, grupos eletrônicos, como o Yahoo Groups e inúmeros outros aplicativos ou ambientes “on-line” que promovem alucinadamente a comunicação via rede mundial de computadores (blogs, incluídos?)? Algumas destas atividades chegam a ocupar o “status” de pragas acadêmicas, devido à interferência que podem causar quando competem pela atenção do usuário (aluno ou pesquisador ou funcionário) com as “tradicionais” atividades de ensino e pesquisa, função primeira da academia. Sob a perspectiva do uso democrático e consciente dos recursos virtuais, limitar o acesso à Internet, instituindo regras de uso e censura de “sites” ou atividades específicas, parece violar o benefício maior da rede: a comunicação livre.

Mas, por mais que se queria preservar a liberdade do uso da internet (eu tenho defendido esta “causa” sempre que me confronto com situações de possível “mal-uso” do recurso), há de se reconhecer que abusos são REAIS, freqüentes, diversificados e podem sim comprometer o andamento de atividades acadêmicas. Não acredito que inovações da comunicação – mediadas pela internet - possam promover “desvios de comportamento” que transformem indivíduos satisfatoriamente integrados ao ambiente acadêmico em viciados integralmente absorvidos pela Internet (“chat maníacos”, “bloggeiros”, “orkuteiros” e outros “internáuticos” de plantão), apesar de reconhecer que existem “riscos” e até profissionais especializados em tratar de “viciados em Internet” (seja lá o que for isso...). A via do diálogo pode ser uma estratégia eficiente se houver disposição das partes envolvidas – o agente e o gerente.

Patologias à parte, é possível gerenciar o “bad” da Internet na academia, desde que respeitadas algumas regras básicas para uma convivência saudável, no laboratório de pesquisa ou na sala de aula. Assim como se desliga um celular numa sessão de cinema, o uso de recursos de Internet durante o “expediente” acadêmico deveria priorizar o aprendizado e a construção e divulgação de conhecimento científico-acadêmico. A escolha em utilizar o recurso de forma consciente pode ser estimulada, ao invés de “castigar” o mau-uso com restrições e censuras (há diversas instituições ou departamentos que bloqueiam eletronicamente o acesso a determinados “sites” como solução para minimizar abusos de uso da Internet, será que resolve?).

UGLY
Os vilões de praxe estão representados pelos inúmeros e constantes vírus de computador e variantes que contaminam a correspondência de e-mail e outros ambientes de Internet como spams, ad-wares e afins, incluindo mensagens na forma de corrente e propagandas comerciais, ideológicas e inutilidades de natureza variada.

As atividades comentados em “BAD” também podem ser promovidas à classificação “UGLY” quando ocorre o uso indiscriminado da infra-estrutura computacional (normalmente cara) mantida pela academia numa dimensão de larga-escala e com a explícita conivência institucional. Descrevo um episódio (sem dar nome aos santos...): ao participar de um concurso público para vaga de professor universitário na universidade XXX, procurei a biblioteca da instituição para fazer um levantamento bibliográfico e preparar a prova didática (uma aula sobre um tema sorteado com 24hs de antecedência) tive 2 surpresas: 1) havia na biblioteca uma grande quantidade de computadores com acesso IRRESTRITO à Internet disponível para a comunidade acadêmica, predominantemente alunos (horário: 9h30m) e 2) TODOS os computadores estavam ocupados e acessando páginas do Orkut (horário: 12h30m).

No primeiro momento achei que estava no primeiro mundo: computadores modernos para todos, promovendo a consulta ao acervo da biblioteca e a periódicos eletrônicos, porém sem restrição de acesso (o que diferia da estrutura disponível em algumas bibliotecas da Unicamp, onde apenas podia-se navegar pelo sistema de bibliotecas da instituição). Poder consultar emails, ler uma notícia de jornal, visitar algum “blog”, trocar algumas idéias via messenger naquele computador poderia transformar a própria biblioteca num ambiente ainda mais interativo, atraente à comunidade acadêmica por prover o acesso à www, propício para a troca de informações, enfim, ampliar o benefício da internet para atender tanto aos interesses acadêmicos – primordialmente - quanto à diversificada gama de interesses daquele integrante da academia, o que promove o bem-estar e a qualidade das relações entre instituição e membros.

No segundo momento constatei a triste (na minha opinião) realidade: não havia diversidade, o interesse em acessar a internet convergia integralmente, sem exceção, para as páginas do “site” de relacionamentos Orkut. A cena: todos os computadores ocupados, a funcionária da biblioteca me informa que se alguém (eu, no caso) precisar usar o computador para uma consulta aos acervos ela pede que o orkuteiro “libere espaço”. Um tanto constrangedor, não?!

Enfim, a internet na academia deve seguir um padrão liberal ou mais controlado? Será que estamos preparados para gerenciar nossa “liberdade” (ter liberdade para usar o recurso é diferente de fazer “mau-uso” do mesmo)? Será que estamos amadurecidos para fazer escolhas e ampliar os benefícios da relação academia-internet?

Favor postar comentários aqui

Charge do Jornal da Ciência - SBPC

Este "post" é pela charge mesmo, muito espirituosa! Está divulgada na página do Jornal da Ciência da SBPC (Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência).

notas da EMBO Reports

Sempre encontro comentários interessantes nos conteúdos da EMBO Reports, e algumas notas são de acesso livre, como a que comento neste "post". A opinião (ou "viewpoint") intitulada: "Writing readable prose: When planning a scientific manuscript, following a few simple rules has a large impact" vale a pena ser divulgada e lida. Mais curioso é que cobra da redação científica (logo, do cientista), não apenas o rigor no conteúdo desenvolvido, mas também na apresentação do texto, que deve produzir um resultado palatável e conquistar o leitor também pela forma. Retirei alguns trechos que achei interessante destacar, até porque me "atingem" diretamente (como incluir informação via "parênteses") :). Eis alguns trechos (quem tiver dicas à acrescentar ou discordar delas, pode contribuir para ampliar esta discussão):

1) "More than a decade ago, Martin Gregory observed in Nature that "There are two kinds of scientific writing: that which is intended to be read, and that which is intended merely to be cited. The latter tends to be infected by an overblown and pompous style. The disease is ubiquitous, but often undiagnosed, with the result that infection spreads to writing of the first type" (Gregory, 1992). It seems that little has changed."

ana: bem direto, não?

2)"Those who want to read about science for pleasure are advised to pick up the science pages of a newspaper or a popular-science magazine instead."

ana: é impressão minha ou isso tem "tudo a ver" com a discussão de Agosto do Roda de Ciência sobre Divulgação Científica (ver contribuição do via gene)? Enfim, segundo especialistas, conquistar o público vale também para a divulgação científica acadêmica, aquela que prima por figurar nas melhores revistas indexadas e de circulação internacional, então o pesquisador vai realmente ter que arregaçar as mangas e investir e valorizar a forma, assim como faz com o conteúdo.

3) "Long-winded sentences with multiple clauses, disclaimers and parentheses are hard to read and are guaranteed to discourage even the most interested readers."

ana: esta sou eu, me identifiquei, e agora? Ainda tem alguém aí, lendo...?

4) "Of course, research is rarely a linear process from observation to hypothesis to experimental proof: any scientist knows how often his or her research backtracked or branched off in unexpected directions. But this is not relevant for the reader; in fact, there is nothing more disconcerting than trying to assemble a story from a jigsaw puzzle of results."

ana: comentei sobre essa não-linearidade em algum lugar, quando falava da importância de comemorar o "aceite" da publicação científica como forma de valorizar o trabalho e o empenho do aluno ou pesquisador que tem que enfrentar, justamente, essa não-linearidade (não é fácil convencer alguns alunos de Iniciação Científica que a ciência não funciona de forma linear... a idéia que se tem é de uma certa "mágica" - olha os parênteses aí de novo :( ).

5) "The purpose of writing a research paper is not only to present results, but also to explain, interpret, predict, suggest, hypothesize and even speculate."

ana: aliás, chegar a esse momento é que devia ser a motivação do esforço científico, sua verdadeira contribuição.

6) "If a paper ignores readers' interests, they in turn might ignore the paper."

ana: "its sad but its true", como já dizia o Metallica. Nada mais justo!

mídia em luto

Era uma vez o caçador de crocodilos... leio hoje na Folha de SP matéria que deixo o "link" aqui sobre a morte do apresentador, um dos primeiros no gênero, depois veio uma série de imitadores... puxa, profissão arriscada MESMO! Estou pasma...

notas mínimas

apenas fazendo as vezes de "roteador"...

1 - repasso uma nota da Agência FAPESP comentando um estudo publicado hoje pela Science (Science express*, Fruit Fly Tracks Global Warming) sobre alterações genéticas em Drosophila subobscura e a caracterização de mudanças climáticas globais baseado em estudos populacionais da relação entre frequências de inversões cromossômicas (nas drosófilas) e o aumento da temperatura ambiental (ver resumo ou, para quem tiver acesso à revista, leia na integra aqui). Material complementar ao artigo - "Material & Métodos" e tabelas - está disponível aqui)

*Science express = portal que disponibiliza a versão eletrônica de artigos selecionados, previamente à publicação impressa (ou segundo jargão da área: "in advance").

2 - circulando pela Science Magazine, achei algo interessante numa relação de "highlights" sobre ciência na web (NetWatch): o Textbook Revolution, "site" que disponibiliza livremente material didático e livros-texto (principalmente Biologia e Biologia Molecular). Vale a pena conferir! Uma curiosidade: a partir do "link" Textbook Disclaimer Stickers acessa-se uma cômica relação de adesivos criados a partir de um original (absurdo!) elaborado pelo estado da Georgia (EUA) que alerta sobre conteúdos de evolução em livros didáticos de biologia:

"This textbook contains material on evolution. Evolution is a theory, not a fact, regarding the origin of living things. This material should be approached with an open mind, studied carefully, and critically considered"

Parece que a ultima decisão judicial foi favorável à remoção dos tais adesivos criacionistas dos livros de biologia, segundo nota que reproduzo do "site" citado:

"The infamous Cobb County sticker is now officially unconstitutional (read the decision), although the district is appealing the judgment."

ciência e divulgação científica: uma comunicação possível?

Contribuição de Agosto do Via Gene ao Roda de Ciência (ver nota aqui):

Ainda estamos em Agosto... então aqui estão algumas impressões sobre o tema do mês.

Desde a iniciação científica, no início da década de 90, tenho formulado uma idéia – mais ou menos flexível – do que é a Ciência (fica a inicial maiúscula como reconhecimento do fascínio que esta palavra evoca em mim): um campo de intensa experimentação teórica e prática, calcado no raciocínio lógico, na argumentação sobre fatos, observações de causa e efeito, elaboração e teste de hipóteses explicativas, embebido na criatividade e na liberdade à formulação de idéias, cuja orientação mais ampla (ou seria presunção?) é a compreensão da Natureza, de como ela opera e de como pode ser explorada (ainda mais presunçoso, não?). Além da formação de novas idéias, há neste fenômeno humano de “fazer ciência” a formação de pessoas, recursos humanos capacitados para pensar e agir cientificamente, o que é algo ainda mais fantástico! Concordo com a Lúcia Malla que esta é uma questão CENTRAL.

Neste ponto surge a educação científica e o ensino de ciências neste breve divagar...

Imagino que o ensino de ciências possa servir como uma “ponte” para me ajudar a desenvolver alguma idéia com relação ao que entendo como Divulgação Científica (já adianto que não entendo nada... mas não deixo de me entusiasmar com a idéia de que ainda posso aprender uma ou duas coisas) .

Ciência, ensino e divulgação são diferentes em conceito e forma, mas como irmãs/irmãos, pertencem a uma mesma família, compartilham valores e co-evoluem, aprendendo umas com as outras. Será que a Ciência serve aos cientistas, o ensino aos estudantes e a divulgação aos leigos? Então: cientista pesquisa, professor ensina e jornalista informa? Seria então algo como: a “produção” de conhecimento – a “transmissão” de conhecimento – a “generalização/popularização” do conhecimento? E, às vezes, tem-se a impressão que esses conceitos são estáticos, dinâmica = zero... Mas, e se o cientista se desafiasse a divulgar?! E se o professor se aventurasse na pesquisa científica e o jornalista experimentasse a veia do ensino de ciências?! Subversivo, não? Ou seria inovador? Um sopro de liberdade em prol do todo científico?

Tudo bem que nem todo cientista tem “talento” para atuar como divulgador ou educador, e ainda há uma “tendência” – dentro do ambiente acadêmico – a uma super-valorização do cientista estritamente (ou deveria dizer “estreitamente”?) pesquisador, que gerencia seu tempo e esforço para total dedicação à produção de dados experimentais e redação de artigos científicos (que são os atuais “eleitos” como credencial para qualificar o cientista – se isso é bom ou ruim é outra discussão, mas é fato). Desviar-se para uma atividade de ensino ou divulgação enfrenta alguma resistência (para dizer o mínimo), como toda atividade/atitude romântica.

É nesse sentido que vejo a necessidade de estabelecer mais linhas de COMUNICAÇÃO entre ciência e divulgação científica: seja o pesquisador dedicar-se, também, para a “popularização” da ciência (algo mais “home-made”, “do-it-yourself” – como esse “blog”, por exemplo) ou ampliar sua interação com a mídia especializada, como consultor, crítico, comentador “free-lance”, etc. Alguém falou da questão do exibicionismo, o tipo “James Watson” de publicidade científica... acho complexo isso, pois é preciso uma certa dose de “exibicionismo” – ou vaidade, que seja - para tolerar a exposição pública e irrestrita. Então exibicionismo não é necessariamente ruim – acho que alguém também comentou sobre isso nessa discussão temática de Agosto, não? Seja como for, a imagem do cientista como criatura distante da realidade mundana, incomunicável (alguém mencionou a visão do conhecimento científico como hermético) e acima do bem-e-do-mal (cujas “verdade” não são questionadas – também comentado anteriormente) precisa de uma reformulação urgente! A comunicação mais dinâmica, promovendo uma interatividade democrática (poderia ser anárquica?) com diversidade de opiniões e idéias é uma realidade possível (como exemplifica o Roda de Ciência), que me entusiasma.

A inovação na comunicação é necessária, uma vez que congressos científicos e eventos formais (onde há extensa e intensa apresentação de trabalhos e divulgação de conhecimentos científicos) ainda são fóruns de participação “privilegiada”, um clube de cientistas. Mas, mesmo estes eventos, vez por outra experimentam (afinal é da natureza primária do cientista experimentar) ou se aventuram no espaço da divulgação e do ensino: vide exemplo da minha área específica que integra a programação do Congresso Brasileiro de Genética da SBG – o Genética na Praça**, onde a “academia” abre espaço para a participação de professores, estudantes e comunidade em geral. Pode ser tímida ainda a manifestação de iniciativas desta natureza, mas há espaço e tempo para que evoluam.

Enfim o comentário que se pretendia breve, foi extenso e, nem por isso, amostrou propriamente as diversas reflexões e questões pontuais que vão se formando na minha – por vezes confusa – cabeça. Nada aqui se pretende absoluto ou final, são apenas idéias – me desculpo desde já se desconexas ou mal-apresentadas – que me ocorrem sobre o tema. Depois de um período “incubada” com pendências e compromissos urgentes da vida – estritamente – científica e acadêmica, me restabeleço com o ideal do pesquisador/educador/divulgador de ciência que vislumbro com admiração, e ofereço esta contribuição ao Roda.

ana claudia

**posso estar enganada, mas não encontrei nenhum "link" para o "Genética na Praça" na programação deste ano do Congresso Brasileiro de Genética, é possível que tenha saído da "estrutura" do evento... o que seria uma pena e invalida parte do meu comentário (ao menos a "propaganda" sobre o que a SBG estaria fazendo em prol do ensino e educação em Genética...). Mas para compensar: achei uma iniciativa curiosa chamada Genética na Escola, vale a pena conferir e reabilita a SBG.

obs: por favor incluir eventuais comentários aqui.

Vi aqui a matéria que reproduzo na íntegra abaixo (ponto para as varejeiras!):

Larvas terapêuticas

15/08/2006 Por Eduardo Geraque

Agência FAPESP - "Primeiro, é necessário uma série de cuidados. A partir disso, larvas de moscas varejeiras (Lucilia sericata) podem ser muito úteis para o tratamento de feridas na pele, causadas por diabetes ou outros tipos de doença, como o câncer.

Essa prática, adotada por certas tribos de aborígines australianos – e que segundo relatos, teria sido usada pelos maias –, tem mostrado excelentes resultados. É o que mostra o livro Terapia larval de lesões de pele causadas por diabetes e outras doenças, que acaba de ser lançado pela Editora da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC).

“Muitas vezes os tratamentos convencionais disponíveis não conseguem curar determinados ferimentos ou, então, apresentam efeito demorado. Por meio da aplicação nas feridas de larvas de moscas criadas em laboratório e esterilizadas obtém-se a limpeza e a cicatrização rápida das lesões”, explica Carlos Brisola Marcondes, autor do livro e professor do Departamento de Ciências Biológicas da UFSC, à Agência FAPESP.

O livro, além de mostrar a importância da técnica, que teria sido adotada com sucesso em soldados durante a Segunda Guerra Mundial, também mostra suas limitações. Ela não deve ser usada, por exemplo, em cavidades do corpo ou em fístulas.

“Essa técnica é usada hoje em aproximadamente 20 países. Em lugares como Grã-Bretanha, Alemanha e Israel ela tem se mostrado muito útil, servindo para evitar amputações e até salvar vidas”, explica Marcondes.

Segundo o autor, a publicação do livro tem dois objetivos básicos. “Ele pretende informar a classe médica e a população em geral da utilidade da terapia e também incentivar a implantação dessa técnica no Brasil”, disse."

pesquisa sobre blogosfera no BR

Nota rápida via Agência FAPESP de hoje:

"Atualmente, na internet, existem mais de 38 milhões de blogs. A estimativa é que em seis meses esse número deverá simplesmente dobrar. A incrível e dinâmica "blogosfera" será discutida este fim de semana pelo programa de rádio Pesquisa Brasil.

Os ouvintes terão oportunidade de conhecer o trabalho da pesquisadora Alessandra Aldé, do Instituto Universitário de Pesquisas do Rio de Janeiro (Iuperj) e da Universidade Estadual do Rio de Janeiro (Uerj). A cientista social é uma das poucas brasileiras a se debruçar sobre o assunto a partir de uma visão científica. Essas publicações eletrônicos, por exemplo, já estão influenciando a vida política do país, como ocorreu durante o auge do chamado escândalo do mensalão."

mini-me?

mais uma nota sobre códigos-de-barras de DNA ou "DNA barcodes: agora pequenos trechos do gene mitocondrial COI (que abriga os ~ 600pb que têm sido rotineiramente utilizados em projetos de identificação taxonômica molecular para uma série de organismos animais) estão sendo propostos como sequências com potencial identificador de espécie que podem ser recuperadas de material com DNA degradado ou de amostras de museus. Veja comentário sobre o artigo dos minibarcodes neste "post" do Barcode of Life Blog.

Roda de Ciência

Muito breve... sem dar a devida dimensão que a iniciativa merece, mas sem deixar passar em brancas nuvens: está no ar o "blog" Roda de Ciência que pretende ser um espaço da blogosfera científica - em português - para a divulgação de temas que serão apresentados mensalmente e comentados pelos "bloggueiros" de plantão e outros entusiastas das ciências. Neste espaço estão sendo cadastrados "blogs" de ciência e apresentados temas de interesse científico para um fórum de discussão amplo para os próximos meses. O Tema de Agosto é "Ciência vs Divulgação Científica: a importância da comunicação". Estão todos convidados a participar! Parabéns à iniciativa do time do "blog" Ciência & Idéias!

direto da toca...

só para registrar que esta foi uma boa semana para o via gene, o gráfico mostra que os primeiros dias de Agosto receberam médias de visitas parecidas com a semana pós "efeito Marcelo Leite" no início de Julho, com destaque para a quinta- feira e seu piquinho animador. É só... de volta à toca!

o sábado que vale uma quinta!

Não estranhe o título... sem tempo para deixar uma opinião sobre alguma coisa mais curiosa ou provocativa em ciências, fica aqui mais um comentário sobre as visitas ao via gene (que continuam tímidas, mas "densas" - devido ao privilégio de receber "visitas comentadas"). Depois de registrar o "efeito Marcelo Leite", as visitas retornaram ao seu nível basal, mas achei curioso constatar que neste último sábado (29/07) o via gene recebeu 25 visitas (!) se aproximando do "score" da última quinta-feira (27/07) de 27 "hits" (é sabido que quartas e quintas são privilegiadas em termos de acessos, reflexo de uma atividade "on-line" mais intensa, um fenômeno que parece ser generalizado na www - alguém comentou algo a respeito anteriormente, depois incluo o "link", OK?). Neste sentido, foi um sábado de Aleluia (!) precedido por uma "sexta-feira 13"... bem, esta foi só uma micro-observação diretamente do micro-universo em que me encontro hoje (este final de mês está exigindo atenção demais e dispersão de menos...).

cadê o Osame?

Me desculpem aqueles que não sabem quem é o Osame (dica: frequentador assíduo de blogs científicos, autor prolífico do blog SEMCIêNCIA e docente da USP, só para listar algumas características mais óbvias).

Mas acho importante incluir esta pergunta (desculpem se inconveniente e muito particular - meio coisa de bloggeiro sem assunto... :( ), uma vez que parte do interesse do via gene é promover e preservar a divulgação científica em todos os seus veículos, inclusive - claro - o "blog" científico. Como o Osame "bloga" uma média de 5 "posts" por dia, isso faz com que sua "ausência" deixe um "gap" (uma lacuna) na pequena - mas expressiva - blogosfera científica brasileira.

Dadas as explicações: Osame, onde você está?

Quem tiver alguma idéia, favor incluir via comentários...

abraços e votos de uma breve "recuperação" ao nosso colega de blog!

"oops effect": orfãos do GenBank

Mais uma nota interessante para aqueles que se dedicam a estudos com sequenciamento de DNA (e outros curiosos científicos) que acabou de sair na última versão da revista PLoS Biology. O artigo investiga casos de publicações científicas que omitem (propositalmente ou não) informações sobre o número de acesso no GenBank de sequências analisadas no trabalho, ou que nem submetem as sequências ao cadastro do GenBank (apesar da política da revista ser explícita quanto à necessidade de depositar todas as sequências utilizadas no estudo no GenBank e incluir o número de registro no manuscrito submetido para publicação). Foi uma surpresa encarar esses índices e a possibilidade de alguns erros serem intencionais por parte dos autores do artigo. Vale a pena conferir esta "denúncia"!

Refrência: Noor MAF, Zimmerman KJ, Teeter KC (2006) Data sharing: How much doesn’t get submitted to GenBank? PLoS Biol 4(7): e228. DOI: 10.1371/journal. pbio.0040228

alguns trechos retirados do artigo-denúncia:

"We know from personal experience that authors of published papers reporting DNA sequences sometimes intentionally fail to deposit their sequences to GenBank and refuse to release them upon request. Is this a rare exception, or do many papers make it past coauthors, associate editors, editors, reviewers, and journal staff without providing the purportedly required data accession numbers?"

mais um pouco:

"Between 3% and 20% of papers in these journals did not include GenBank accession numbers, and between 3% and 15% of studies never submitted their DNA sequences at all."

e a seguir, a finalização:

"The databases of GenBank, EMBL, and the DNA Databank of Japan [2,3,4] serve as a model for data sharing from which the entire scientifi c community can learn. Although they sometimes get bad publicity for errors in DNA sequence submissions (e.g., see [5]), the positive impact they have had on all areas of biology is enormous."

O artigo pode ser acessado (livremente) na íntegra aqui.

nota importante sobre acesso ao patrimônio genético

Vi hoje uma nota publicada no Jornal da Ciência reproduzindo notícia do Estadão (jornal "O Estado de SP"):

DECISÃO DO CONSELHO TIRA CIENTISTAS DA ILEGALIDADE

um avanço na comunicação entre IBAMA e comunidade científica no sentido de desburocratizar atividades científicas envolvidas com coletas de material biológico e inventários de biodiversidade, que esbarravam na medida provisória 2.186, que visa combater a biopirataria e a preservação do patrimômio genético.

trecho da notícia:
"A partir de agora, pesquisas taxonômicas que incluam seqüenciamento de DNA, mas que não tenham finalidade econômica ou comercial, não precisarão mais passar pelo CGEN (Conselho de Gestão do Patrimônio Genético)."

Boa notícia!

um pouco mais sobre a proposta aqui.

cientista robô?

Acaba de sair um artigo na revista Bioinformatics com o seguinte título:

"An ontology for a Robot Scientist"

(referência: Soldatova, L.N.; Clare, A.; Sparkes, A. & King, R.D (2006) Bioinformatics, 22(14):e464-e471; doi:10.1093/bioinformatics/btl207)

Repasso a seguir um trecho do resumo do artigo (publicado no formato de acesso-aberto ou acesso-livre):

Motivation: A Robot Scientist is a physically implemented robotic system that can automatically carry out cycles of scientific experimentation. We are commissioning a new Robot Scientist designed to investigate gene function in S. cerevisiae. This Robot Scientist will be capable of initiating >1,000 experiments, and making >200,000 observations a day. Robot Scientists provide a unique test bed for the development of methodologies for the curation and annotation of scientific experiments: because the experiments are conceived and executed automatically by computer, it is possible to completely capture and digitally curate all aspects of the scientific process. This new ability brings with it significant technical challenges. To meet these we apply an ontology driven approach to the representation of all the Robot Scientist’s data and metadata.

Pergunta: será que a atividade do cientista pode ser reduzida ao formato robótico? Não deveria ser algo mais na linha "robô científico" (= que executa tarefas científicas/conotação técnica) do que cientista-robô? Ou será que preparar uma bateria de reações de PCR, sequenciamento ou qualquer outra peripécia das bancadas de laboratórios de biologia molecular é suficiente para qualificar o sujeito (ou máquina) como cientista? Parece que cada vez mais, termos como reflexão e criatividade perdem espaço no mundo tecnológico (e eu sou favorável ao "tecnológico", mas sem perder a dimensão do talento humano). Um robô dificilmente será um cientista, assim como não será um artista (por mais que possa ser uma "fotocopiadora de luxo", com habilidade para trabalhar na bancada, não terá nunca "o brilho nos olhos" que vem com a descoberta científica). Faça uma observação rápida com qualquer aluno de iniciação científica e a evidência será monumental a favor do entusiasmo humano como parte integrante da definição de cientista!

ciência do BR em alta?

relâmpago: ver aqui, via agência FAPESP, nota da CAPES sobre o produção de artigos científicos brasilieros que registra crescimento de 20%... posição do Brasil no "ranking" = 17° (não mudou apesar dos 20% extra). A notícia no portal da CAPES está aqui.

umas coisas interessantes da Nature desta semana:

1- Propaganda da Invitrogen:
Não, o propósito não é fazer propaganda desta empresa (até porque estou mais para a anti-propaganda desde que perdi 4 meses de trabalho com kits-problemas – algo que já comentei em algum lugar deste blog). Mas queria comentar algo sobre a “natureza perversa” das reações de PCRs (até porque eles andam muuuuito na minha cabeça ultimamente, bem mais do que eu gostaria...), e que achei que a tal propaganda se aproveitou disso, veja o que ela diz:

“Get successful PCR the first time with AccuPrime(TM) enzymes and primers from Invitrogen. Put an end to waste: reduce rework, optimization, and repeat reactions. Start getting used to PCR you can count on.”

As palavras riscadas (era para ser riscado, mas não achei o recurso no blogger, então optei por re-traduzir como fonte: Webdings) são apenas para confirmar que a intenção não é – mesmo – propagandística (aliás, vez por outra me deparo com palavras e textos riscados em blogs e sites, mas nem sempre entendo o recado... já vi o The Loom utilizar esse recurso para corrigir algo no texto por sugestão “postada” via comments ou alguém falar mal do President Bush e riscar para...? o governo paranóico dos EUA não filtrar?!). Seja como for reparem: 1) “successful (...) first time”, pois, via de regra, PCRs nunca funcionam de primeira e sempre há uma longa e desgastante etapa de padronização experimental para fazê-los funcionar (como se ganhou um Nobel com isso? :)); 2) “reduce (...) repeat reactions”, sempre a tal otimização e finalmente 3) “you can count on”, sim pois esta “ferramenta”-mestre da biologia molecular deveria te ajudar – em teoria - e não te fazer entrar em parafuso! Mas parece que aqui funciona uma citação que vi na tese de uma aluna do lab. que era – mais ou menos assim: ops! Não vou poder re-escrever aqui antes da defesa da tese (27 de julho) para não me adiantar na idéia dela (salvo se eu for autorizada...), mas volte aqui depois desta data que eu incluo a tal citação que revela tudo sobre o estado de espírito das reações de Biologia Molecular.

Mas, vamos ao que interessa:

2 – questão de gênero
Neste comentário “Does gender matter?” (Nature 442, 133-136, 2006), Ban Barres argumenta contra a noção de que as mulheres não progridem nas áreas das ciências devido a inabilidade inata, que tem sido levada à sério por algumas “autoridades” acadêmicas. A introdução é uma historinha curiosa:

“When I was 14 years old, I had an unusually talented maths teacher. One day after school, I excitedly pointed him out to my mother. To my amazement, she looked at him with shock and said with disgust: "You never told me that he wasblack". I looked over at my teacher and, for the first time, realized that he was an African-American. I had somehow never noticed his skin colour before, only his spectacular teaching ability. I would like to think that my parents' sincere efforts to teach me prejudice were unsuccessful. I don't know why this lesson takes for some and not for others. But now that I am 51, as a female-to-male transgendered person, I still wonder about it, particularly when I hear male gym teachers telling young boys "not to be like girls" in that same deroga-tory tone.”

É um texto que vale a pena ler, só para nos lembrarmos que tais questões são polêmicas vigentes e não devem passar em brancas nuvens...

3 – questão de direitos autorais

“But would giving authors such rights (no caso, o direito de publicar/reproduzir livremente seus artigos) really damage journals? After all, many authors already post the final version of their paper on the web regardless of what their rights agreement says. A study by Jonathan Wren, a bio-informatician at the University of Oklahoma in Norman (J. D. Wren Br. Med. J. 330, 1128–1131; 2005), revealed that the final versions of more than one-third of articles in high-impact journals are freely available online” - veja o gráfico que ilustra o post (se eu conseguir incluir a imagem... ela não quer entrar...).

A nota “PS I want all the rights” (Nature 442, 118-119, 2006, de Emma Marris) é uma opinião interessante sobre os direitos autorais de publicações/revistas que não adotam o sistema open-access em conflito com a cobrança de instituições de pesquisa e financiamento para que os autores exijam diretos sobre estas publicações.

natureza: a "mãe" nua e crua

O livro infanil "Tem um cabelo na minha terra: uma história de minhoca" de Gary Larson é recomendado para crianças de 4 a 8 anos no site do submarino, mas na realidade é uma leitura sensacional para qualquer idade (eu mesma fui comprar de presente para a filha de um amigo e acabei comprando 2: um para mim! Bem... talvez eu não seja uma boa referência de "adulto"...). O autor Gary Larson (The Far Side) é famoso por seus quadrinhos cômicos retratando temas de biologia e história natural com uma ironia incomum e impregnado de conteúdo científco. Neste livro, a visão romântica da natureza é descaracterizada em prol da realidade desconcertante do mundo biológico, apresentada ao leitor pela perspectiva de uma família de minhocas (!). O livro foi publicado em 1998 (título original: There's a Hair in My Dirt!: A Worm's Story), após a fase Far Side Story, mas a crítica ao naturebismo romântico é atual e bem-humorada. O que inspirou este breve comentário no Via Gene foi um "post" recente do jornalista científico Marcelo Leite (Ciência em Dia) sobre o livro Challenging Nature - The Clash of Science and Spirituality at the New Frontiers of Life de Lee M. Silver que critica essas "...visões embasbacadas sobre uma Mãe Natureza benevolente, Gaia e quejandos." (palavras de M. Leite).

Mais um pouco sobre Gary Larson retirado da Wikipedia:

"One of Larson's more famous cartoons shows two chimpanzees grooming. One finds a human hair on the other and inquires about "doing a little more 'research' with that Jane Goodall tramp?" The Jane Goodall Institute thought this was in bad taste, and had their lawyers draft a letter to Larson and his distribution syndicate, in which they described the cartoon as an "atrocity". They were stymied, however, by Goodall herself, who revealed that she found the cartoon amusing. Since then, all profits from sales of a shirt featuring this cartoon go to the Goodall Institute."

PS - a menção ao site da empresa Submarino não tem nenhuma intenção propagandística, apenas informativa, além disso descobri que o mesmo livro está mais barato no site das Lojas Americanas...

PS2 - acabei de ver (via Google) que já fizeram até adaptações para o teatro desta história de G. Larson, conforme informa o artigo "O papel do teatro na divulgação científica: a experiência da SEARA da Ciência" publicado na edição de dezembro da revista Ciência e Cultura (SBPC) do ano passado (2005).

o melhor da copa 2006

http://www.stoo.cc/images/SAimages/6561zidane.gif

Veja no "link" acima a última cena da Copa do Mundo de 2006 que provavelmente ficará na memória de muitos (desculpem-me, mas não sei como incluir a animação diretamente na página... espero que o "link" sirva...). Bem, que dizem que o homem é um excelente cabeceador... No contexto evolutivo, Zidane parece estar meio distante dos primatas... quem sabe houve alguma hibridação, numa linhagem ancestral, com Ruminantia: Caprinae? Será que ele ficou "de bode" com a expulsão e por isso não foi receber a medalha? O que será que o italiano disse que despertou tal ira? E a tradução labial, cadê?! Provavelmente deve ser algo impublicável, mesmo para um "blog"...

efeito Marcelo Leite

Sem tempo para um "postar" um comentário apropriado ao acontecimento do mês (ou do ano?) no Via Gene: 160 acessos num dia ... mas também não poderia deixar de destacar o "efeito Marcelo Leite" no número de acessos ao Via Gene... se continuar assim, vou ter que mudar o nome para "Via Láctea" (desculpem o trocadilho infame), ou seja, se você está lendo isso, há uma grande chance de que tenha sido redirecionado a este site via o blog Ciência em Dia (ou seja... via Marcelo LEITE) que fez um comentário, nesta matéria, sobre um post do Via. Valeu a nota Dr. Leite!

outros top-blogs científicos

Só para completar: os TOP5 blogs citados no último post se referem a blogs mantidos por pesquisadores/cientistas propriamente ditos ("working scientists", conforme a metodologia de busca dos blogs científicos mais populares). Então, ampliando um pouco a lista de blogs de ciência, a Nature apresenta também outros TOP5 blogs "alimentados" por escritores/jornalistas/entusiastas:

TOP1 - sciencebase
TOP2 - Science Blog
TOP3 - THE LOOM
TOP4 - Bad Astronomy
TOP5 - Archaeology

breves notas da Nature

Mais uma vez pequenas notas sobre algumas notícias do último volume da revista científica Nature:

1 - Blog também é ciência - mais uma vez a blogosphera científica conquista espaço em uma das mais conceituadas revistas científicas da atualidade. Aqueles que desdenham do potencial informativo e de divulgação deste "sistema de comunicação" on-line, open-access, altamente atualizado e de autoria não-anônima (o cientista exposto - taí outro bom nome para um "blog" científico) representado pelos blogs científicos vão, aos poucos, perdendo o bonde para uma comunidade científica mais comunicativa e aberta a inovações que democratizam o conhecimento e a participação irrestrita através de fóruns e painéis de comentários não-moderados (preservando-se a pauta científica, claro). A Nature lista os "TOP 5 blogs" científicos e explica sua metodologia via-technorati de "rankeamento". Uma versão mais extensa, incluindo os 50 blogs científicos mais "populares" também aparece como link na página da Nature.

Eis os TOP 5:
TOP1 - Pharyngula
TOP2 - Panda's Thumb
TOP3 - RealClimate
TOP4 - Cosmic Variance
TOP5 - The Scientific Activist

Alguns pontos de vista com os quais eu concordo:
1- Segundo Paul Myers, do blog Pharyngula: "A blog's more like the conversation you'd have at the bar after a scientific meeting";
2- Segundo Stefan Rahmstorf, do blog RealClimate: "the blog fills "a hunger for raw but accessible information" that goes deeper than newspaper articles, but is more easily understood than the scientific literature"; e
3- Segundo Sean Carroll, do blog Cosmic Variance: "Citing other blogs is a sure-fire way to get their notice and maybe a citation in return". But he cautions that citation counts and rankings can be a distraction. "It would be a shame if people worried about traffic and not about having a good blog".

2 - a caixa preta dos artigos científicos - do Editorial:
"That might seem obvious. But despite the efforts of our editors and referees, papers in the biological sciences are still being submitted — and occasionally published — that do not adequately describe the reagents used. Unless efforts are redoubled to eliminate this practice, we could see an era of 'black box' biology, in which outside researchers cannot work out what was done in an experiment."

Um editorial muito interessante comentando a publicação de artigos com metodologias incompletas ou ausentes em áreas de fronteira de conhecimento (como RNAi = RNA de interferência) e a política da revista em coibir tal prática e desestimular a submissão de artigos onde a metodologia não esteja explícita ou que informações complementares não sejam fornecidas pelos autores a quem quer que as solicite. Questões de patentes e desenvolvimentos na indústria e em empresas de biotecnologia são citadas como os agentes responsáveis pela prática de omitir informações estratégicas para a reprodução de determinado experimento - que as vezes passa desapercebida por revisores e editores - prática que será combatida com maior rigor.

3- a questão do peer-review - mais 4 breves comentários (acesso livre) sobre peer-review e autoria de artigos científicos. Destaco um que achei interessante - "Second Thoughts on who goes where in author lists" - que mostra a crescente importância do "corresponding author" (autor para o qual são encaminhadas eventuais questões, dúvidas ou solicitações de "reprints", normalmente o coordenador - mas não necessariamente o executor ou responsável direto - da pesquisa, o chefe-de-laboratório ou o idealizador do experimento). Dependendo do critério de avaliação, este autor (o "corresponding" ou "communicating author") é pontuado tal qual o primeiro autor do artigo ou recebe até uma pontuação maior (se não me engano, no último concurso para pesquisador da EMBRAPA, o candidato recebia maior pontuação quando citado como "corresponding author" do que se fosse um co-autor em outra "posição" da lista de autores - excetuando-se a posição de primeiro autor, cuja pontuação era a maior). Enfim, é uma discussão interessante. Como disse o autor da nota (William F. Laurance), antes de assiná-la: "Please note that I am the first, last and communicating author on this Correspondence", bem-humorado, não?

4- Um texto interessante do blog A Blog Around the Clock - que não é dos TOP5 da Nature (mas está entre os TOP50) - que também comenta sobre a blogosphera científica e seu impacto no futuro da ciência. Abaixo um trecho da introdução à matéria "postada":

"With a new blog being started every 7.5 minutes, and about 2 million blogs in existence right about....now...I want to start thinking about them a little bit more, particularly in the context of my own interest - science. What follows is likely to be an incoherent rant, but I need to write this in order to organize my own thoughts, so bear with me and please post comments. First, a bit of thought about blogs in general, then some thoughts about science, then later I will be putting the two together to try to see the role of blogs in science and how they may affect the way science is done in the future."

e... mais um pequeno trecho para despertar seu interesse nesta leitura:

"So, what is the role of blogs going to be in the future of science? I believe the blogs are going to speed up the internationalization of science, with positive effects for both American and foreign scientists. What expert science bloggers are doing right now and will do even more in the future is take expensive information and make it free. People with access to expensive journal subscriptions will link, excerpt, and comment on technical papers as soon as they are published, thus making them available to scientists in small schools, in foreign countries, and, importantly to, gasp - blasphemy! - amateur scientists. That is exactly what I intend to do with Circadiana. My scientific colleagues in Algeria, Argentina and Poland can contact me (or each other) and start fruitfull collaborations, not just read an occasional paper two months after its publication.."

That's all folks!

incrível... HULK?!

"You are Spider-Man

Spider-Man 70%
Robin 65%
Hulk 65%
Green Lantern 65%
Superman 55%
Wonder Woman 45%
Batman 40%
Supergirl 40%
The Flash 40%
Iron Man40%
Catwoman 20%

You are intelligent, witty, a bit geeky and have greatpower and responsibility."

Claro que isso é só uma entrada lúdica para animar um pouco este espaço (espero não comprometê-lo demais com essas gracinhas...)

Entrei num link (via blog do Daniel*) que te leva a descobrir com qual personagem das HQs você mais se identifica (se bem que, na minha opinião, falou incluir alguns "anti-heróis" para dar mais credibilidade à consulta - já pensou vc se identificando com o Coringa ou o editor-chefe do jornal do Peter Parker? Ou quem sabe, com a "mocinha" que está sempre à perigo, ops, EM perigo... :)).

Resultado: 70% de identidade com o "sempre-em-crise" Homem-Aranha, depois 65% de i.d. com o melancólico e sempre-alerta Robin, empatado com o politicamente incorreto e autêntico, porém facilmente irritável, Hulk... humm... fica para reflexão... tão confiável quanto se orientar pelo horóscopo todo dia... :)

Fica só essa notinha lúdica para atualizar um pouco as postagens do viagene...

*aliás Daniel, não estou conseguindo entrar no seu blog normalmente... será que alguma re-configuração recente "bloqueou" minha entrada via explorer (vou tentar com outro browser)? Só quando opto por "abrir arquivo com o programa... explorer" é que consigo visualizar sua página, mas depois não consigo incluir comentários... e o "Planeta Daniel" também está inacessível... ele já existe?

biologia animada

Neste site o prof. Luis Fernando Marques-Santos, do Depto de Biologia Celular da Universidade Federal da Paraíba disponibiliza ilustrações animadas de processos moleculares e celulares. Há uma quantidade enorme de visualizações possíveis (replicação e transcrição de DNA, tradução de RNA, Ciclo de Krebs, transporte de elétron na mitocôndria - beeeem legalzinho - e inúmeros outros). Vale a pena conferir (se bem que a página ficou um pouco "pesada" no meu computador...).

especial células-tronco na Nature

São vários pequenos artigos sobre o estado-da-arte dos estudos com células-tronco, esses artigos estão no formato acesso-livre (!) e tratam de diversos temas conforme consta no editorial: um glossário sobre biologia de células-tronco, reprogramação e totipotência, orientação da divisão celular durante o desenvolvimento e o câncer, o estabelecimento de "nichos" pelas células-tronco, a questão da imortalidade celular, a variabilidade e complexidade dos neurônios (todos artigos de revisão), além de artigos de estudos em andamento: o uso de células-tronco no tratamento de distúrbios neurológicos, em terapias de doenças cardíacas e doenças do sangue. Enfim, uma compilação muito informativa para quem busca uma atualização e uma maior compreensão do mundo das células-tronco. Este "encarte" especial foi patrocinado pela Invitrogen.
Nota 10!

softwares e patentes em Bioinformática - parte 2

Agora foi a vez de Jonathan D. Wren, da Universidade de Oklahoma, publicar um editorial sobre a questão das patentes de softwares com o artigo "Theory and reality for software patents: good in concept, not so good in practice" (Bioinformatics (2006) 22 (13): 1543-1545). O que ele faz é tentar responder à pergunta: "Are software patents bad for developers and researchers? " apresentando a patente como instrumento de proteção de propriedade intelectual que garante a valorização, o reconhecimento e a compensação (financeira) do autor/inventor de determinada inovação, sem a qual corre-se o risco de comprometer a motivação de desenvolvedores e pesquisadores.

Para quem tiver acesso à revista, a íntegra do artigo da Bioinformatics pode ser consultada no seguinte registro: doi:10.1093/bioinformatics/btl168

(no momento estou com a conexão caseira - a UNICAMP suspendeu o expediente de hoje devido ao jogo do Brasil vs Gana - sem acesso ao arquivo.pdf do editorial). Mas vale a pequena nota e o estímulo para que possa haver mais discussão sobre este debate, sempre atual.

PS - votos de um bom jogo para todos!

recorde

Daniel Ferrante (blog) diria que estas "estatísticas não são significativas (e eu concordaria com ele...) pois os "log files" estão muito mascarados nesta forma mais simplificada de contabilizar "hits" (ou visitas) disponibilizada pelo MAPSTATS. Mas não resisti a "publicar" (vou começar a chamar esses "posts" do via gene de "publicações", quem sabe assim aumento meu "impact factor" ou meu "índice Hosame"?) o recorde de visitas (+ de 50) de ontem (notar apenas a linha vermelha, a azul é meio "artificial", pois pode indicar vários acessos de um mesmo computador/pessoa). As quartas-feiras - e dias "vizinhos" - normalmente têm os índices mais animadores. E o Google continua sendo a ferramenta que mais re-direciona internautas curiosos para o site do via gene, assim como o blog do jornalista científico Marcelo Leite - que aliás anda meio "parado" ultimamente... será que ele está de férias?

open-access em crise

Recentemente comentei sobre o impacto de artigos publicados no formato de 'open-access' (algo como acesso livre), inspirada em uma análise publicada na revista PLoS Biology. A edição de hoje da Nature (441:914) publicou uma notícia sobre o balanço financeiro da PLoS, que enfrenta uma crise. Abaixo está um trecho que comenta a figura ao lado:

"The figure show that PLoS lost almost $1 million last year. Moreover, its total income from fees and advertising currently covers just 35% of its total costs. And although this income is increasing — from $0.75 million in 2003–04 to $0.9 million in 2004–05 — it lags far behind spending, which has soared from $1.5 million to around $5.5 million over the past three years."

Em periódicos científicos onde o acesso às publicações é restrito aos assinantes (pessoas físicas ou instituições), como a Nature, os custos de publicação, edição e revisão são parcialmente cobertos pela assinatura (= leitores). Publicações de acesso aberto aderiram ao sistema conhecido como 'author pays' open-access model: os custos são cobrados dos autores do artigo e o usuário final (= leitor) é isento de cobrança. Mas segundo o comentário da Nature, este modelo está seriamente comprometido, uma vez que cobre menos do que 35% dos custos e fica-se com a expectativa (ou dependência) do apoio financeiro por parte de fundações filantrópicas para reverter este quadro. Outra consequência é o aumento do valor cobrado dos autores para ter seu artigo publicado numa revista científica com índice de impacto de ~14.7 (PLoS Biology), passando de US$1.500/artigo para US$2.500/artigo (uau!). E o autor favorável à divulgação irrestrita de conhecimento científico trava um conflito com o bolso (= recursos para pesquisa) e corre o risco de continuar publicando em revistas de acesso restrito (onde normalmente não há custo adicional para os autores). Fica-se na torcida para que publicações de acesso aberto encontrem sua sutentabilidade financeira e sejam mais um recurso em prol da divulgação de ciência!

rapidinho: outro artigo da Nature de hoje comenta no potencial de diferenciação de células pós-natal e sua possível aplicação em tratamentos de células capilares (!), cuidar da careca dá publicação na Nature (e imagino a fortuna que deve ganhar quem desenvolver a "cura" deste fenômeno). Mas esta foi só uma notinha de natureza lúdica (apesar do estudo ser sério: "Mammalian cochlear supporting cells can divide and trans-differentiate into hair cells" Nature 441: 984-987).

rapidinho 2: o tal Graduate Journal da Nature às vezes traz alguma nota interessante, desta vez foi sobre a redação de manuscritos científicos e os conflitos que o autor enfreta ao apresentar e interpretar seu estudo (Write and wrong, por Katja Bargum). Aqui vai um pequeno trecho desta nota:

"Then there is the eternal temptation to promise more than your results deliver. My paper is on kin selection and insects. Do I suggest that it will change the way we study ants, the way we see social insects, or the roots of social interaction? The insanely inflated claims of some papers make me side with a friend of mine, who once suggested that articles should include only methods and results, leaving interpretation to the reader."

ao primeiro orientado...

20 de junho de 2006: nesta data foi a defesa da dissertação de mestrado de Marcos Túlio de Oliveira, trabalho desenvolvido sob minha co-orientação em conjunto com a Profa. Ana Maria Lima de Azeredo-Espin, que apresentou parte dos resultados obtidos pelo projeto PROFIX/CNPq (iniciativa do CNPq que estimulou a fixação de recém-doutores no Brasil, 2002-2006, ver adendo). O Túlio iniciou suas atividades de pesquisa como aluno de iniciação científica do laboratório de genética animal do CBMEG/UNICAMP e recebeu ontem o título de MESTRE, defendendo a dissertação " Estrutura e evolução do genoma mitocondrial na família Muscidae (Diptera: Calyptratae)", trabalho que inclui 4 artigos científicos (dois artigos publicados (1 e 2) , um em revisão e outro que será submetido para publicação este mês). Em breve, seu esforço, criatividade e energia entusiasmada farão parte do programa de doutorado da Universidade de Michigan, sob orientação da Dra. Laurie Kaguni. Boa sorte nesta nova etapa da sua carreira e muito sucesso na sua busca por realização profissional e pessoal! Fica aqui esta pequena nota de estímulo e reconhecimento.

referências e adendo:

1 - Marcos Túlio de Oliveira; Azeredo-Espin, AML; Lessinger, AC (2005). "Evolutionary and structural analysis of the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene from Haematobia irritans, Stomoxys calcitrans and Musca domestica (Diptera: Muscidae) mitochondrial DNA." DNA Sequence, 16 (2): 156-169.

2 - Marcos Túlio de Oliveira; Da Rosa, AC; Azeredo-Espin, AML; Lessinger, AC (2006). "Improving Access to the Control Region and tRNA Gene Clusters of Dipteran Mitochondrial DNA". Journal of Medical Entomology, 43 (3): 636 - 639. FREE PDF

adendo: a) um texto muito interessante publicado no Jornal da Ciência por Sérvio Pontes Ribeiro sobre a questão dos recém-doutores no Brasil e uma correspondência de mesmo teor publicada na Nature em 2001 (Sérvio P. Ribeiro; Mendonça-Júnior, MS; Barbosa, EM; de Souza Neto, JA (2001). "Brazil has the talent: just let us get on with the job". Nature 413: 16-16); b) uma iniciativa coordenada pelo Dr. Marcelo Einicker Lamas para divulgação de resultados do programa Profix/CNPq no encontro da FeSBE - 2004. c) extraído de um site do CNPq:
Objetivo: Incentivar a permanência no País ou o retorno ao Brasil de pesquisadores doutores, sem vínculo empregatício com entidades nacionais, mediante mecanismos que viabilizem sua inserção temporária em instituições de ensino e pesquisa, institutos de pesquisa científica e tecnológica federais e estaduais, [...]. Publicado em: 07/02/02 (Edital PROFIX/CNPq nº 02/2001)

algumas notas da Nature

tentarei ser breve... mas encontrei pequenas notas no último volume da revista Nature (volume 441) que vale a pena comentar ou deixar, ao menos, um "link" para divulgá-las via viagene (desculpem-me pelo via via) .

Nota 1: o mercado da publicação científica

"Many researchers will turn up their noses at this practice. Scientists, after all, are supposed to be motivated by curiosity, by a devotion to finding the truth, by a desire to solve various philosophical or social problems — not by money."

Este pequeno trecho foi extraído do editorial do volume 441 da Nature e comenta sobre esta prática ou estratégia que tem sido empregada por países asiáticos visando promover a produção de conhecimento científico através de "prêmios" para autores que publicarem artigos em revistas com alto índice de impacto. O editorial se refere à nota "Cash for papers: putting a premium on publication" que comenta sobre os resultados indesejáveis associados a este "incentivo". Enfim, será que isso dá certo?

Nota 2: Nature em ritmo de Copa do Mundo

ver no arXiv o artigo comentando na notícia "Goal fever at the World Cup" onde demonstra-se por A+B o "efeito psicológico" do primeiro gol, tido como um clássico clichê futebolístico, onde o primeiro gol desencadeia um estado de confiança que normalmente leva o time à vitória. O Osame vai gostar das análises estatísticas, além do tema ser futebol e um pouco de comportamento humano. O resultado Austrália (3) x Japão (1), de virada, desmente um pouco esta constatação, mas os autores alegam que o efeito é menos significativo em jogos da Copa do Mundo, e mais evidente em campeonatos de ligas nacionais. Não deixa de ser curioso. E até a Nature se rende a "comentar" sobre futebol neste clima de COPA 2006, quem diria...

Nota 3: "Referee factor": reconhecimento ao revisor anônimo

esta é outra sugestão interessante (que aliás, está há tempos comentada em algum lugar do meu currículo Lattes, se soubesse que podia ter submetido a sugestão à Nature....) . A proposta é incluir o reconhecimento desta atividade quando da avaliação do pesquisador/revisor, onde o mérito também está vinculado à qualidade da revista (fator de impacto) que solicita o parecer. Uma vez que revisar - seriamente - manuscritos submetidos para publicação pode ser uma tarefa dispendiosa e, implica no reconhecimento do mérito do revisor escolhido, fica aí mais esta sugestão para compor os currículos dos cientistas.

Nota 4: híbrido ou nova espécie? Uma síntese é possível?

Sob o título: "Speciation by hybridization in Heliconius butterflies" (doi:10.1038/nature04738) este estudo apresenta como uma espécie nova de borboleta surge a partir da hibridação de duas espécies distintas. Além do tema fascinante, as ilustrações são um convite à parte.

É hoje!! Viva o Brasil e boa sorte para a seleção! Vou colocar a camiseta da seleção que ganhei da Invitrogen (e esquecer - temporariamente - os 4 "kits" de clonagem que comprometeram quase 3 meses de trabalho... até eu decidir usar o "kit" da Amersham - obrigada André Vettore (do Instituto Ludwig) pela dica). Enfim, esta é uma mensagem pró-Brasil na COPA 2006! Bom jogo a todos!

softwares e patentes em Bioinformática

Na Bioinformatics de hoje (Bioinformatics = revista científica top 1 da área Bioinformatics 2006 22(12):1415; doi:10.1093/bioinformatics/btl166) , saiu um pré-editorial comentado a questão de patentes vs softwares livre. Segundo os editores serão apresentados 2 editoriais (o primeiro neste volume e o segundo no próximo) com diferentes opiniões sobre esta questão, abrangendo tópicos como acesso a softwares, patentes e propriedade intelectual. O editorial deste volume é assinado por Steven L. Salzberd e John Quackenbush ("It is time to end the patenting of software"; Bioinformatics 2006 22: 1416-1417; doi:10.1093/bioinformatics/btl167 ). O próximo será de Jonathan D. Wren, apresentando uma perspectiva diferente. A revista está aberta a contribuições dos leitores nesta discussão, cujos resultados serão incorporados para orientar futuros desenvolvimentos no escopo de publicações da Bioinformatics.

Vale a pena conferir, esta discussão promete!

debate sobre "peer-review" na Nature

Rapidíssima: mais um fórum para discutir a questão da revisão de manuscritos submetidos para publicação (manuscrito = versão preliminar do artigo científico que é avaliada no processo de "peer-review"). É um debate interessante e uma questão que precisa evoluir com urgência e incorporar as invovações em formato que a cada dia apresentam idéias mais criativas e democráticas para promover a divulgação do (bom) conhecimento científico. Claro que a questão passa pela forma como os pesquisadores/cientistas são avaliados, uma vez que a publicação "válida" para a promoção (e reconhecimento institucional) da carreira do cientista é aquela vínculada a revistas com alto índice de impacto, de pesquisador com histórico de artigos com alto número de citações, onde o pesquisador aparece como primeiro autor, com poucos (?!) co-autores... e assim por diante. Não acho que estes aspectos sejam irrelevantes, muito pelo contrário, mas que o sistema precisa evoluir e incorporar críticas, isso precisa... enquanto o pesquisador depender da avaliação dada por este sistema hermético, dificilmente vai "ousar" orientar a publicação dos seus estudos para novos formatos. "It's sad, but it's true... "(como diria a letra do Metallica).

Abaixo a Nota da Nature:

Nature Peer review trial and debate. Peer review is commonly accepted as an essential part of scientific publication, but the practice varies across journals and disciplines. What is the best method of peer review, and how can new technology be used to improve traditional models? Each week the Nature Peer review trial and debate will publish analyses and perspectives from leading scientists, publishers and other stakeholders to address these questions. Visit the peer review commenting forum to read and post comments on peer review.

Nature Peer review trial and debate:

http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Wq0Ej

Peer review commenting forum:

http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Wr0Ek

Connotea resources:

http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Ws0El

Mais sobre iniciativas (2) da Nature no sentido de inovar o sistema de "peer-review" aqui.

a pré-história do DNA mitocondrial do Neandertal

A análise do DNA mitocondrial tem se mostrado, cada vez mais, um recurso valioso para recuperar informação genética (reduzida a pequenos trechos de sequência nucleotídica) de material de museu, fósseis e amostras degradadas. A possibilidade de vislumbrar (ou mais propriamente, inferir) lances da história evolutiva humana a partir da informação contida no DNAmt de uma amostra do Homem de Neandertal beira a ficção científica, mas é uma realidade incontestável, já há alguns anos. Desta vez o estudo em questão saiu publicado no periódico científico Current Biology, sobre a diversidade genética do DNAmt Neandertal de 100 mil anos de idade ("Revisiting Neandertal diversity with a 100,000 year old mtDNA sequence" doi:10.1016/j.cub.2006.05.019 ). Estudos anteriores haviam utilizado amostras com "idades" entre 20 e 40 mil anos, época em que se supõe que Neandertais e Homo sapiens possam ter co-existido e, eventualmente (mais suposição ainda) produzido híbridos. Este estudo se propôs a voltar mais no tempo, de modo estudar a diversidade genética do DNAmt de amostras Neandertais não-contemporâneas do homem moderno - nota: acredita-se que eventos de substituição de populações humanas, hibridação e outros episódios evolutivos possam ser revelados através da comparação de polimorfismos (diversidade) encontrados no DNAmt de humanos modernos e Neandertais (considerando as diferentes idades) - e assim contribuir para avaliar o impacto que o contato Moderno X Neandertal produziu e sua relação com o desaparecimento desta última linhagem. Este estudo apresenta a amostra Neandertal mais antiga já analisada em termos de DNA.

É importante notar que o estudo é baseado na análise de - apenas - 123 nucleotídeos (ou pares de base - pb) de uma região hipervariável do genoma mitocondrial (HVR-I) de 1 amostra de 100.000 anos, comparados com a mesma região de outros 9 espécimes de Neandertal (bem mais novinhos) e de um banco de dados com 171 HVR-I humanas. Apesar do feito fantástico de recuperar informação genética deste tipo de amostra (onde, devido ao grau de degradação da molécula de DNA, foi impossível recuperar sequências íntegras com mais de 170pb), obviamente não se espera uma revolução em termos de desvendar a história evolutiva humana com tão pouca informação. Então não é se se estranhar que o artigo termine com a seguinte frase:

"Thus, more Neandertal sequences
than the six presently available
and longer than 100 bp are
needed to fully understand the
extent of the past diversity of
Neandertals."

Contudo, associados a outros estudos, estes resultados podem - sim - auxiliar na compreensão deste cenário evolutivo fascinante.

Material suplementar utilizado neste estudo pode ser encontrado aqui.

cursos on-line de bioinfo

rapidinho:

para aqueles que se interessam por Bioinformática, repasso um e-mail que acabei de receber da Bioinformatics Organization, sobre cursos on-line. Me pareceu interessante e digno de uma pequena nota, afinal todo esforço é válido na formação e capacitação de recursos humanos nesta interface fascinante (a gente que viveu a era sem-internet - sim, ela existiu - e com escassos recursos de bioinformática tem uma tendência a valorizar iniciativas como esta).

aqui está o texto da mensagem de e-mail:

The non-profit Bioinformatics Organization (Bioinformatics.Org) is pleased to announce the expansion of its educational services with the introduction of on-site and on-line training courses in bioinformatics. Since 1998, Bioinformatics.Org has been providing free hosting services for bioinformaticists. They've been focused largely on software development projects, but we're now expanding both research and educational services. Training courses and static tutorials will employ the open-source Moodle course management system to manage student registration and course materials. It's located here: http://edu.bioinformatics.org (Note: Account registration will be separate for this system until it can be integrated with the rest of the Bioinformatics.Org website. If you are member of Bioinformatics.Org, you'll need to re-register for this site in order to useit.) While the on-line course materials will remain gratis, courses lead by an instructor will often require a fee -- tiered for academics and economies -- to compensate the instructor and to help the Organization. Our very first course is on-site and targeted toward laboratory researchers who wish to learn how two open-source scripting languages can become powerful tools for data analysis.

Peer Review: ups-n-downs

Vejam a ótima matéria (acesso livre) que saiu na última edição do periódico EMBO Reports sobre o processo de revisão por pares ("Peer review: today and tomorrow"), processo que analisa e emite parecer justificando o aceite ou a rejeição de manuscritos submetidos para publicação. Este é um tópico que merece maior discussão, devido a sua importância na evolução da forma como se faz ciência e suas possíveis consequências. Mesmo nós "tupiniquins" que contribuímos com menos de 1% da produção científica mundial (deixo apenas um valor simbólico, pois ainda tenho que verificar este índice... e como ele foi obtido) devemos estar a par desta discussão, até para questionarmos como promover nossa participação e identificarmos viés no sistema que podem minar nosso esforço. Copiando o estilo recém lançado pelo João Alexandrino no "blog" Ciência e Idéias: "depois volto a comentar este assunto" (ou algo assim, não é João?)

um pequeno trecho da matéria:

"In entering this cycle, researchers display paradoxical behaviour. When acting as authors, they seek recognition from a wide readership; as readers, they are looking for some degree of validity conferred by journal branding. As critical readers, however, they acknowledge that publications in top journals might reflect the 'trendiness' of a particular area and the political skills of the authors, but that they are often oversimplified or compressed to an extent that severely limits their scientific value (Lawrence, 2003). Researchers might also accept that the number of citations received by a paper is essentially uncorrelated with the impact factor of the journal in which it is published (Seglen, 1997). Moreover, for many, if not all, high-impact journals, the distribution of paper citation rates is so highly skewed that they derive most of their citations from a handful of articles."

ana claudia