Note e Anote: CONNOTEA

Uma idéia bem interessante essa, vinda do mundo virtual, onde o sentido da palavra inovação ganha conotação quase cotidiana:

Um indexador seria uma forma rápida (correndo o risco de ser imprecisa, como já diria o conhecido provérbio) de definir o que é Connotea. Uma iniciativa do Nature publishing group para facilitar a indexação de conteúdos da internet (um serviço de "bookmarking"), principalmente visando facilitar o gerenciamento de conteúdos científicos. Esta iniciativa não é única no gênero, gênero este definido como "Social Bookmarking Tools" (algo próximo a "ferramentas para indexação socializada"), e foi inspirada em del.icio.us, um indexador/gerenciador social de páginas web de conteúdo generalizado.

Uma vez "on-line", o usuário pode acessar sua coleção de sites preferidos de qualquer computador, e ainda torná-los disponíveis para consulta por terceiros (um "bookmark" público). Além disso, a forma de indexar novos conteúdos é dinâmica e os conteúdos podem ser indexados através de palavras-chave (gerando "tags" ou etiquetas) de modo a otimizar consultas neste banco de dados.

Fiquei curiosa sobre a definição desta ferramenta enfatizar a condição "social", para vincular a idéia do compartilhamento (ou socialização) de coleções de "links" individuais. Me pareceu que o termo "public" poderia muito bem (e mais diretamente) transmitir a idéia um serviço que permite o acesso público a essas listas de "links" (eu mesma passei um tempo invocada com o tal "social"). Finalmente entendi que o apelo "social" é mais atraente, basta ver a evolução de sistemas como o (famigerado, para alguns) Orkut, consagrado como "rede social de relacionamentos". O "social bookmarking" parece querer pegar uma carona por aí.

Essa iniciativa (Connotea) foi lançada já em Dezembro de 2004, mas eu comecei a testar a ferramenta agora e achei que valia a pena comentá-la. Nota 9 (provavelmente vou passar a nota para 10 assim que aprender a usar isso direito, e achei o serviço um pouco lento para a consulta em "my library")!

e por falar (mal) do Google...

A notícia é velha (dezembro de 2004), mas como eu só vi hoje passa por novidade (!). Já que comentei sobre as teses da Unicamp indexadas no Google, achei informativo e justo também incluir uma visão menos otimista e mais realista sobre uma ferramenta relativamente recente: o "Google Scholar". O "Péter's Digital Reference Shelf de Péter Jacsó começa assim (tradução livre): " o Google Scholar possui grandes falhas na sua cobertura dos registros (arquivos) das editoras..."

O autor deixa um link para que sejam realizados testes comparativos entre um conjunto de bases de dados especializadas na indexação de referências bibliográficas, artigos e resumos de artigos científicos e o "Google Scholar".

Vale a pena dar uma olhada nesta revisão, pois foge ao senso comum (e segundo o autor ele é inflamadamente contestado por isso) e faz uma severa crítica ao sistema Google de buscador na sua versão "escolar".

Mais um trecho da revisão (sem tradução):

"Google, Inc. has the intellectual and financial resources (and the largest group of cheerleaders) to create a superb resource discovery tool of scholarly publications. It needs to:

1 - exploit the highly structured and tagged Web pages with rich metadata readily available in the digital archives of most of the scholarly publishers:
2 - create field-specific indexes for many distinct data elements
3 - offer an advanced menu with pull-down menus for limiting the search by publisher, journal, document type, publication year, etc.
4 - consolidate cited references through the ever increasing DOI registry
5 - collect information of all the relevant materials from the publishers' archive
6 - develop utilities that enable libraries to launch a known-item federated search in the full-text aggregators' databases licensed by the library in order to check if any have the document from a journal that is not licensed digitally from the publisher"

E olha que interessante (ou provocativa, diriam alguns) a frase final:

"I promise that I will write a hagiographic review about Google Scholar when it is done, and done well".

Segundo a Wikipedia:
hagiography é um gênero literário que compreende escritos (ou documentos) que descrevem pessoas sagradas, como líderes espirituais, eclesiásticos e seculares.

teses da UNICAMP: via google

Diretamente da página da UNICAMP:

"[18/8/2005] Encontrar as mais de cinco mil teses digitais da Unicamp ficou mais fácil. Há uma semana o Google (200 milhões de acessos por dia), principal buscador da Internet, indexa as teses da Universidade, já disponíveis para consulta pública, o que certamente vai facilitar a procura. De acordo com Luiz Atílio Vicentini, coordenador da Biblioteca Central, a Biblioteca Digital da Unicamp, maior acervo de teses digitais do país, basta realizar uma busca pelo nome do autor de alguma tese ou parte de seu nome para que o Google apresente o link para a tese. O Google responde hoje por 76% das pesquisas realizadas na Internet."

impressão 1: excelente iniciativa google-unicamp para promover a divulgação de conhecimento científico!

impressão 2: como fica a questão de direitos autorais ou da divulgação irrestrita de dados ainda não publicados em revistas científicas?

nota: muitas teses produzidas na Unicamp incluem em seu corpo, cópias de artigos publicados em periódicos científicos e protegidos por leis de "copyright" (algo como direitos autorais da editora da revista). As diferentes comissões de pós-graduação da Unicamp estão procurando estratégias para regularizar a publicação deste material protegido nos acervos digitais da Universidade. Mas essa anexação via Google parece potencializar o problema .

ciência punk

O blog do jornalista Marcelo Leite comenta uma reportagem que saiu na revista Super Interessante entrevistando o cientista punk (é isso mesmo!) e premiado (Prêmio Descartes 2004) Prof. Howard Trevor Jacobs.

Vale pelo inusitado: a imagem do cientista no contexto da rebeldia e do caos, ao invés da tradicional imagem associada ao controle e à formalidade. Por outro lado, a excentricidade sempre acompanhou o mundo científico, basta lembrar um Einstein com a língua para fora e cabelos caóticos.

Vou plagiar o Marcelo Leite no formato: incluí abaixo um trecho da entrevista da Super-Interessante e assinalei em amarelo trechos da resposta que valem a reflexão, aí vai:

"Você declarou que uma noite regada a cerveja pode ser mais produtiva que 20 anos de trabalho solitário em laboratório. Você acha que cientistas podem se beneficiar da atitude punk?
R: Em relação aos benefícios da cerveja, eu disse que "pode", mas não afirmo que faz. Trabalho árduo em laboratório também pode produzir bons resultados. A melhor ciência nasce da combinação entre experimentos rigorosamente conduzidos e a construção de hipóteses criativas, que contraponham idéias aceitas sem uma base de experiências, mas que são "suposições convenientes". Pessoalmente, acho que algumas cervejas, especialmente quando combinadas com um show de punk rock, podem ter um efeito positivo no raciocínio. Estimulação periférica freqüentemente ajuda uma idéia a se desenvolver mais do que quando você se concentra muito nela. "

Concordo com a parte da estimulação criativa provocada durante o "happy hour" com os colegas de laboratório (acho que já comentei algo semelhante em um post anterior).

Ah sim: outra coisa a favor do cientista punk: o trabalho dele é sobre genoma mitocondrial! Nota 10!

Harry Potter e o mundo de Mendel

Saiu recentemente uma nota na revista científica Nature comentando como os personagens e as histórias de Harry Potter (best-seller infanto-juvenil) poderiam estimular o aprendizado de conceitos de genética mendeliana em curos básicos. A nota "Harry Potter and the recessive allele" (NATURE vol. 436, pg. 776, 2005) pode parecer até uma brincadeira, misturando num mesmo "caldeirão" (para permanecer na analogia) fundamentos de genética e ficção, mas a intenção é aproximar as crianças do ensino de genética usando elementos do imaginário infantil.

Na história, há bruxos (que possuem poderes mágicos) e trouxas (que não possuem). Os bruxos podem tanto ser filhos de pais também bruxos WW x WW (como Rony Weaslay), quanto de pais trouxas WM x WM (como Hermione ou a mãe do próprio Harry) ou de um casal bruxo-trouxa WW x WM (um tal de Seamus). A herança mendeliana do caráter é facilmente reconhecida, onde o alelo W confere poderes mágicos (no genótipo recessivo) e o alelo M é dominante (fenótipo trouxa). A distinção genótipo x fenótipo também pode ser investigada. Há um caso de fenótipo trouxa nascido de pais bruxos... o que poderia ser explicado pelos raros casos de mutação reversa ou paternidade questonável (!) .

Enfim, a intenção é introduzir esses conceitos de hereditariedade e genética (e os termos gene, alelo, cromossomo, DNA) no universo infantil, utilizando elementos que são caros à criança, como a fantasia! Muito interessante! Nota 10.

Nota 1: se algum fã de Harry Potter identificar alguma inconsistência com relação aos personagens, suas histórias e descendências, peço que me desculpem... não domino todos os aspectos da história...

Nota 2: a primeira vista imagina-se que a autora das histórias de Harry Potter, J. K. Rowling, saiba genética, mas em seu site oficial pode-se encontrar a seguinte afirmação: "... magic is a DOMINANT and resilient gene" - melhor mandar uma cópia do artigo para ela...

primeira no ranking publicação/docente

Produção científica da Unicamp lidera ranking per capita. A Unicamp é a universidade brasileira com melhor desempenho per capita no índice do ISI (ISI Web of Science), com 1.870 trabalhos científicos publicados em 2004 em revistas científicas indexadas.

origem desconhecida...

Qualquer fenômeno que se queira conhecer com mais detalhes passa necessariamente pela investigação de sua ORIGEM, uma análise histórica poderia revelar qual foi a contribuição de diferentes elementos (ou episódios) no desenvolvimento ou na formação de um determinado processo ou estrutura podendo, inclusive, orientar a previsão de uma possível trajetória ou uma reação futura.

A abordagem histórica promove a identificação de fatos ou momentos decisórios que, em alguns casos, dificilmente poderiam ser reconhecidos ou recuperados apenas a partir da observação de uma realidade contemporânea, estática. Desvendar o passado para conhecer um futuro possível. Esse trânsito entre as diferentes realidades (algumas mais visíveis - como a presente - e outras mais incertas - onde um ou outro registro se perde) confere uma cinética reveladora.

Desculpem-me pela introdução um pouco abstrata, mas espero que estes pensamentos se reflitam na analogia que se segue:

cena 1: da origem de Portugal (ou da formação do povo português)...

Como e quando se deu a formação da identidade nacional dos diferentes povos europeus? Cabe ressaltar que faço essa pergunta para que outros a respondam, pois nunca me aventurei nem pelos campos da antropologia nem da história com relação a esta questão. Aliás, me pergunto se é possível datar a incorporação de componentes sociais, políticos, econômicos, culturais e - por que não? – genealógicos por um grupo humano com origens diversificadas, mas que se quer uma unidade. Então o que dizer dos portugueses? Aos portugueses, a história reservou-se a unificá-los pela regra da exclusão: pelo que eles não são... não são franceses, não são espanhóis, não são turcos, não são italianos, etc. Nem havia a dúvida shakespeareana “ser ou não ser”: definitivamente não ser! Há de se interpretar Portugal e os portugueses no contexto desta nação que evoluiu a partir da não-origem, o que não os privou de conquistar o além-mar, ser uma potência na navegação e colonizar inúmeros territórios em diferentes continentes.

cena 2: da origem de Replicação (do genoma mitocondrial ou DNAmt)...

O genoma mitocondrial possui a propriedade de duplicar-se e transcrever sua informação genética em 13 sub-unidades protéicas. Estes processos dependem da interação harmoniosa de inúmeros elementos mitocondriais e nucleares (codificados pelo núcleo da célula). Há no genoma mitocondrial animal uma região responsável por sinalizar a origem da replicação (ou duplicação) e da transcrição (parte do processo de decodificação da informação genética contida no DNA). No genoma mitocondrial de invertebrados esta região é normalmente chamada de “main non-coding region” (algo como “principal região não codificadora”). Olha aí outra identificação por exclusão: “o que faz esta região? Ela NÃO codifica”. Em vertebrados, onde a estrutura e a função desta região estão melhor estudadas, a denominação é dada conforme sua estrutura (D-loop ou displacement loop) ou função (Control Region). O irônico é que com o avanço da pesquisa passou-se de uma região que não codificava nada para "A" região que controla os processos mais básicos relacionados com a manutenção e perpetuação da mitocôndria (fonte de energia) na célula.

Irônico ou não, o estudo desta região é certamente fascinante!

ciência forense: um novo paradigma

A questão da ciência forense tem experimentado cada vez mais visibilidade e reconhecimento, tanto na mídia (seja no noticiário ou graças às inúmeras séries tipo CSI e afins) quanto nos tribunais (pela crescente inovação tecnológica - como a análise de DNA individual).

Uma revisão publicada recentemente na revista Science comenta sobre o uso da ciência forense na identificação individual, e mostra que a taxa de erro proveniente de testes forenses (63%) - que só perde para a taxa de erro associada ao testemunho ocular (71%) - e de testemunhos científicos (27%) são bastante elevadas. Estes números foram calculados pela análise dos fatores associados a condenações errôneas em casos que foram exonerados por testes de DNA. As porcentagens excedem 100% porque mais de um fator foi identificado em mais de um caso.

A análise de DNA (genotipagem) confere um novo - e melhor - modelo para identificação forense, principalmente porque as evidências podem ser tratadas com rigor estatístico e há precisão no cálculo da probabilidade de erro associado a um determinado "diagnóstico". A abordagem estatística baseada em teorias de genética de populações e testes empíricos é o maior diferencial da estratégia de identificação via DNA com relação à ciência forense tradicional. Até a análise de impressões digitais (normalmente venerada!) está sujeita a resultados errôneos: recentemente o FBI reconheceu que errou ao prender um cidadão em Oregon (EUA) como suspeito dos ataques terroristas em Madri com base na identificação de impressões digitais.

A ciência forense é uma força investigativa de primeira grandeza, mas sua dimensão será ainda maior quanto mais recurso for investido em pesquisa e qualificação de recursos humanos (incorporando aos quadros da polícia peritos titulados com sólida formação científica).

Relação empresa-universidade: uma pergunta

Eu não tinha muita opinião sobre este assunto, uma vez que minha área de pesquisa não é (ou não era, até a chegada da bioinformática) exatamente associada ao desenvolvimento de novos produtos, softwares, tecnologias e afins. Mas em vista de um comentário recebido por email de um Engenheiro de Computação (que calha de ser meu cunhado e, dado este "parentesco" via "trajetória aleatória", achei por bem tentar expressar uma opinião - correndo o risco de ser um tanto quanto "primária" neste assunto), estou introduzindo a discussão no Blog.

Pergunta:
O que é mais estratégico: utilizar financiamento público (obtido via projetos de pesquisa) para treinar recursos humanos e desenvolver projetos de pesquisa em bioinformática ou contratar empresas de tecnologia e engenharia de software para o desenvolvimento de programas e/ou bancos de dados?

Dinâmica:
Quem tiver uma opinião a respeito está convidado a "postá-la" como comentário, assim cria-se uma espécie de "fórum", aberto à inclusão de outras questões (menos específicas do que esta) sobre essa relação universidade-empresa.

Alguém percebeu que eu não inclui a minha opinião? Estou tendendo a responder à pergunta com um sonoro: "depende", mas ainda estou compilando elementos e experiências (inclusive de terceiros, por que não?) para amadurecer minha opinião.

Mais sobre o "Editor's Report" da MBE

Sabia que o número de download/mês da MBE é de 100.000 artigos? A possibilidade de acesso on-line a artigos de revistas científicas - intermediado via sistema de consórcios institucionais - realmente promoveu a "inclusão digital" do terceiro mundo. Em 2004, 914 instituições em 57 países em desenvolvimento tiveram acesso gratuito à versão on-line da revista (via acordo entre as instituições e a Oxford University Press - OUP).

Após 12 meses da publicação, a versão eletrônica de artigos da MBE é disponibilizada gratuitamente, uma inovação adotada pela SMBE (Society for Molecular Biology and Evolution - responsável pela revista) no intuito de adaptar-se ao formato de publicação Open Access.

Molecular Biology & Evolution: state of art

Saiu hoje um artigo do periódico científico "Molecular Biology & Evolution" que trata da... Molecular Biology & Evolution!

Brincadeiras à parte, este artigo é um breve relatório técnico sobre o desempenho da revista nos últimos dois anos, principalmente. Fala da evolução do seu índice de impacto (6.4), do volume de artigos submetidos/ano (atualmente ~70% são rejeitados), do status da MBE frente a outras revistas da área (MPE, Genetics, Evolution, JME, JEB) e tem 2 tabelas MUITO interessantes sobre os artigos mais "downloadados" e os mais citados (destaque para os artigos que descrevem Neighbor-joining (de 1987) e uma revisão sobre Microsats do ano passado).

Vale a pena conferir! Nota 10!

nota: se houver dificuldade de acesso nos links indicados, por favor consultem a referência: Martin W. Mol. Biol. Evol. 22 (9): 1940-1942. 2005 (doi:10.1093/molbev/msi213)

bioinfo canadense

Para interessados em bioinformática:
O Canadá dispõe de um interessante "helpdesk" em bioinformática. A dica foi do Dr. Felix Sperling (quem alguma vez trabalhou com o gene COI do DNAmt de insetos pode já ter ouvido falar dele). A parte mais interessante desta página são os "links" para Newsletter (Latest e Archives). Vale a pena conferir.

10 minutos na SBG

Genômica mitocondrial e comparativa em Diptera: uma contribuição da mosca-dos-chifres, Haematobia irritans (Diptera: Muscidae) - este é o título de uma apresentação de 10 minutos que está programada para o dia 8 de setembro às 9:00 na sala 04 do Hotel Monte Real Resort em Águas de Lindóia durante o 51° Congresso Brasileiro de Genética (ver resumo do trabalho). Estão todos convidados! Alguns outros resumos selecionados para apresentação oral na área de genética, evolução e melhoramento animal podem ser encontrados aqui.

tempo & mode no blog

Algum atento visitante poderia se perguntar: "não seria um Blog um ambiente para a publicação (ou post, como importado do inglês) de opiniões e comentários pessoais de forma rotineira ou regular ou periódica? O que há com este blog via-gene, cuja regularidade deixa a desejar?"

Respondo: é verdade. Muito do interesse neste tipo de publicação oriunda justamente da sua atualização e seus conteúdos dinâmicos. Blogs irregulares estão fadados à extinção ou seriamente comprometidos. Neste caso, o quadro ainda é um pouco mais dramático, devido à natureza desta iniciativa ser a manutenção e a divulgação de um espaço voltado para assuntos científicos e acadêmicos - segundo a revista The Scientist, existe uma enorme escassez de iniciativas por parte da comunidade científica e acadêmica em incorporar o formato Blog para divulgação de idéias e estímulo à comunicação.

Por quê? O tempo, ou melhor, a falta dele pode ser um fator importante nesta questão. E, talvez, a falta de apoio que iniciativas como estas experimentam no meio científico-acadêmico possa ser responsável por alguma outra parcela de culpa. Apesar de correr o risco de soar reducionista e pouco original, me arrisco a dizer que as urgências e prioridades da vida científica de muitos pesquisadores têm sido a publicação de artigos científicos - principalmente, o trabalho de "bancada" (atividades experimentais, propriamente ditas), a preparação de realtórios técnicos e projetos de pesquisa e a orientação de alunos, nesta ordem.

Lá no final da lista surge o momento de descontração, o choppinho (mas não necessariamente, pode ser suco-de-laranja) e o bate-papo com o pessoal do lab., num ambiente fértil para "pensar" genética e evolução sem o compromisso de estar sendo avaliado por uma banca de prêmios-Nobels, sem a pressão da crítica dos pares (ou pelo menos com "pares" momentaneamente inseridos no contexto "bar-da-coxinhas"). Aí está um momento Blog!

Espero manter este Blog mais atualizado, nesta "re-engenharia" os "posts" devem sofrer uma redução, em favor de conteúdos mais constantes e mais dinâmicos.

vamos ver como fica...

o que você pode fazer pela Sociedade... Brasileira de Genética?

Esse é outro tema interessante para discussão. Eu não queria me prolongar desta vez, mas queria atentar para uma oportunidade de reflexão sobre nosso papel como pesquisadores em genética no Brasil.

Todo ano, na época da inscrição e submissão de resumos para o Congresso Nacional de Genética, surge para o aluno e/ou estagiário de um laboratório de genética a oportunidade de decidir participar ou não deste evento científico nacional (um grande evento, diga-se de passagem, em números de participantes e diversidade de temas abordados).

O valor da taxa de inscrição deixa clara a escolha: X para sócios, X+Y para não-sócios (sendo que Y pode realmente ser uma adição desanimadora). É aí onde mais concretamente se comprova o benefício de ser sócio da SBG. Mas ser sócio não requer apenas vontade e um cadastro, concretiza-se também no pagamento regular de anuidades. E logo vem a pergunta de alguns: que interesse tenho eu em ser sócia da SBG? O que eu ganho com isso?

Ao que parece, o desconto na taxa de inscrição e a possibilidade de receber os volumes da revista "Genetics and Molecular Biology" (benefícios diretos) parecem não ser suficientes a ponto de promover a congregação de novos sócios. O que resta então?

Fugindo do formato "o que a SBG pode fazer por mim" e optando pelo formato "o que eu posso fazer pela SBG" (desculpem-me pela alusão a um chavão Norte-Americano de conotação bélica, mas veio a calhar), tavlez encontremos algumas respostas para essas dúvidas.

Voltando ao aspecto "viva intensamente suas escolhas", acredito que o compromisso com a produção de conhecimento (financiado por agências nacionais e executado em universidades públicas - principalmente - num país onde gastar $$ com ciência é quase considerado luxo... infelizmente) envolve apoiar e participar das nossas sociedades científicas pela simples razão - ideológica - de acreditar que elas servem para alguma coisa além da organização dos congressos anuais (que também devem ser prestigiados por princípio, pelas mesmas razões comentadas em um "post" anterior sobre participação em seminários).

Sem querer promover um discurso militante, mas sem fugir também de valores que considero importantes, a organização em sociedades é a esperança de ter voz, num país em que o cientista tem que gritar para ter espaço. Acho quase uma questão de responsabilidade cívica prestigiar a SBG e contribuir para que ela corresponda cada vez mais às nossas expectativas de uma organização atuante e integrada com sua "base". Este tipo de reflexão também diz respeito ao cadastro no CRB (Conselho Regional de Biologia), mas isso fica para a próxima.

desculpem-me, acabei me prolongando...

o privilégio do "ciclo de seminários"

De modo geral, todos os bons laboratórios e centros de pesquisa cultivam o hábito saudável de promover e manter ciclos de seminários. Uma vez criado este espaço, um grupo de pesquisa conquista um ambiente privilegiado de interação.

A apresentação e discussão argumentativa (fundamentada) de resultados de projetos em andamento num fórum de público restrito - que compartilha interesses científicos comuns, mas experiências cotidianas e de formação diversificadas - promove um "caldo nutritivo" que alimenta a geração de novas idéias, promove um sinergismo entre as diferentes formas de observar um fenômeno e fomenta novos esforços de investigação científica.

Além disso, o seminário é a formalização do compromisso do pesquisador com a divulgação científica na sua forma mais ampla. Quem apresenta um seminário, compartilha, além de conteúdos específicos, alguns momentos preciosos, oportunidades de reflexão sobre a dimensão dos dados que se revelam timidamente diante da tela do computador ou da bancada do laboratório. O palestrante compartilha conosco também o seu sentimento de conquista sobre aspectos até então desconhecidos da natureza. Esta comunhão de inspiração criativa, reflexão, desafios e conquistas, tem reflexo no amadurecimento de idéias, de estratégias metodológicas e de pessoas também (daquelas que apresentam e das que assistem participativamente).

Enfim, manter a regularidade de um ciclo de seminários no laboratório/centro de pesquisa (semanalmente, por exemplo) exige de todos um esforço maior, para preparação do seminário (pelo escolhido da semana) e para participação comprometida (pelos demais), mas é um esforço pequeno comparado ao privilégio de ter esta oportunidade de crescimento intelectual e interação, e isso deve ser reconhecido e bem aproveitado. Quem porventura não estiver atento a esta "porta aberta", arrisca-se a passar pela aventura de fazer ciência sem vivê-la intensamente. Recomendação: seja intenso nas suas escolhas!