Desculpem-me pelos transtornos... O via gene experimentou algumas alterações bruscas de formato hoje enquanto eu testava novos modelos de interfaces disponibilizados pelo Blogger. Infelizmente as mudanças trouxeram problemas para a visualização da maioria dos textos (pois originalmente os textos do via possuem letras em cores claras contra um fundo preto) que não foram corrigidos automaticamente e que eu não tenho a menor idéia de como resolver (considerando-se que eu não quero perder mais do que cinco minutos com isso :)). Para minha surpresa, a opção de "restaurar" as alterações retornando ao modelo original não funcionaram como eu esperava. Então, o via gene ficou com um "corte de cabelo" meio diferente... mas que ainda lembra o original. Espero que vocês não estranhem muito... ainda estou estranhando um pouco. E aind preciso treinar melhor minha aproximação com os novos modelos, que seriam bem interessantes, não fosse o fato da distorção que me frustrou um pouco.

a origem extraterrestre das bases do DNA

Figura 1: Imagem do glorioso filme E.T.

A Genética Molecular é uma disciplina que explora a natureza molecular do gene e alguns dos principais processos que operam na "rotina" de transmissão da informação genética, cujo fluxo se inicia na molécula de DNA (descrita em 1953 por James Watson e Francis Crick), que é então transcrita em uma molécula de RNA que será traduzida durante a síntese de uma proteína* (esta dinâmica ilustra o famoso "Dogma Central da Biologia Molecular"). 

* Nota: nem toda molécula de RNA transcrita a partir do DNA é traduzida em proteína (estão aí os rRNAs, os tRNAs, os snRNAs e inúmeros outros que não podem ser esquecidos!). O mRNA (mensageiro, transcrito final), este sim, segue para a síntese protéica, intermediando a relação Genótipo (DNA) - Fenótipo (proteínas e enzimas).

Dentre as primeiras imagens associadas ao estudo da Genética Molecular está o substrato fundamental da síntese de DNA, o desoxirribonucleotídeo trifosfato, que é constituído por um açúcar (uma pentose, no caso a desoxirribose, o "D" do "DNA"), 3 grupos fosfato (cuja ligação se dá com o carbono 5' da pentose) e uma base nitrogenada (são econtradas 4 bases diferentes no DNA, classificadas em purinas (A e G) e pirimidinas (T e C)) (Figura 2).



Figura 2 - Bases nitrogenadas "comuns"

 

No mês passado, foi publicado um artigo na revista científica PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences) descrevendo a abundância e a distribuição de bases nitrogenadas e estruturas análogas encontradas em meteoritos ricos em carbono (um tipo raro). A principal dificuldade dos estudos que analisam a composição dos meteoritos (oriundos do espaço sideral) é descartar a possibilidade de contaminação por compostos terrestres e validar a origem extraterrestre do material analisado. Este artigo conseguiu identificar bases nitrogenadas e análogos raros e medir suas abundâncias em diferentes meteoritos, utilizando-se da técnica de Cromatografia Líquida - Espectrometria de Massa. A origem extraterrestre das bases nitrogenadas foi validada por uma série de observações que incluiram a identificação de padrões de diversidade  molecular associados com a formação de séries de nucleobases estruturalmente homólogas e raras (ou ausentes) no ambiente terrestre, a obtenção experimental destas bases a partir de  reações em Cianeto de Amônia em laboratório (simulação do ambiente químico do meteorito, gerando as bases Adenina, Purina, Hipoxantina, 6,8-diaminopurina, 2,6-diaminopurina, Guanina e  Xantina, em ordem decrescente de abundância) e o uso de controles experimentais ou "branco" (amostras genuinamente terrestres) com precisão para identificar a presença de até uma parte por bilhão de um componente (as bases 6,8-diaminopurina e 2,6-diaminopurina, por exemplo, nunca foram detectadas nos controles, incluindo amostras de gelo Antártico e de solo de locais onde os meteoritos foram originalmente encontrados).

Considerando-se que estas unidades, as bases nitrogenadas, são fundamentais para estrutura dos ácidos nucléicos (DNA e RNA), e que estes são componentes essenciais para o desenvolvimento da vida na Terra (como a conhecemos), o artigo conclui que os meteoritos podem ter providenciado um "kit" básico de componentes moleculares essenciais para origem da vida neste planeta e possivelmente em outros (registre-se que também já foi encontrada grande diversidade de aminoácidos e análogos nestes meteoritos).

O título do artigo original:

"Carbonaceous meteorites contain a wide range of extraterrestrial nucleobases", o primeiro-autor (e vários outros) são da NASA, agência espacial americana. Um vídeo bem informativo sobre este estudo, com narração do primeiro-autor do artigo, pode ser visualizado aqui. 

Este semestre, este artigo foi apresentado para os alunos dos cursos de Ciências Biológicas da UFSCar - Sorocaba como forma de aproximar os conteúdos tratados em sala de aula - no contexto da Natureza Molecular do Gene - aos desafios atuais da pesquisa científica em áreas de fronteira de conhecimento. E, convenhamos, esta perspectiva extraterrestre associada à origem do nosso DNA é ou não é de arrepiar? Caso alguém tenha interesse, posso compartilhar maiores detalhes sobre a atividade desenvolvida em sala de aula (esta primeira versão foi satisfatória, mas pode ser aprimorada), sugestões neste sentido são bem-vindas.

anaclaudia

Encontro Hipertexto 2011

Imagem do ClustrMaps sem o "maps"

Percebi um "mini-surto" de acessos ao via gene há poucos dias atrás e fiquei pensando sobre a origem destes acessos ("antigamente" havia uma ferramenta que gerava dados muito informativos sobre quem acessava nossos blogs, não lembro se era uma versão anterior do ClustrMaps ou um aplicativo similar, chamava-se MAPSTAT).  O fato é que era muito divertido ver os resultados do MAPSTAT, como vocês podem ver (ou relembrar) nesta postagem antiga do via gene.

Na minha imaginação, correlacionei o aumento dos acessos à divulgação do Caderno de Resumos do Encontro Nacional de Hipertexto e Tecnologias Educacionais (Hipertexto 2011), que será realizado na próxima semana (dias 26 e 27 na UNISO). 

A educação e as tecnologias digitais

Arquiteturas hipertextuais e tecnologias educacionais

...é como se denomina o Grupo de Discussão criado por Luiz Antonio Garcia Diniz; Gustavo Rojas e Tárcio Minto Fabrício da UFSCAR- São Carlos que compõe a programação do evento "IV Encontro Nacional de Hipertexto e Tecnologias Educacionais: hipercomunidade, escola e tecnologias digitais: entre o não ainda e o já passou"

O  objetivo  deste  G.D.  (número 25 na programação) é  a  reflexão  e  aprofundamento  analítico  de  práticas  de  divulgação científica  e  ensino  de  ciências  que  têm  como  objetivo  a  consolidação  de  plataformas metodológicas construídas ou a serem construídas visando contribuir com uma cultura científica. Nesse vasto campo de conhecimento em constituição, há de levar em conta a recente mudança de paradigma dos meios de comunicação e práticas informacionais e, nesse sentido, estaremos abertos às experiências mais diversas, tendo em vista a matriz  interdisciplinar que permeia tais reflexões. Assim,  consideramos  importante  abrir  a discussão para os  campos das experiências artísticas  visando  a disseminação  científica, para o  jornalismo de divulgação  científica, para as redes  hipertextuais  de  cunho  educacional,  para  as  metodologias  de  educação  ambiental,  ou ainda,  àquelas  relacionadas  a  campos  específicos,  tais  como  a  astronomia,  a  física,  enfim,  ao conjunto de saberes que estruturam nossa sociedade. Nesse sentido, nosso G.D. busca ampliar e agregar um conjunto de  saberes bastante expandido que envolve pesquisadores, estudantes e professores que se sentem em relação de proximidade com os temas propostos.

O via gene foi convidado a se apresentar... estaremos lá!

As inscrições continuam abertas até 30 de agosto.

Di-google-ação Científica: Ferramentas para o cientista-divulgador

Saiu esta semana no Jornal da Ciência uma notícia sobre uma iniciativa do Google com potencial para revolucionar a divulgação científica integrando o cientista ao universo tecnológico disponível e em desenvolvimento em comunicação. Para a fonte original e detalhes, clique aqui! 

uma baixa no FRONT...

Fonte: J. Ipanema

Há quem diga que é preciso matar um dragão por dia referindo-se ao dia-a-dia do exercício profissional. No caso do soldado, o combate é a realidade do seu "exercício profissional", refletindo sua atuação em defesa da nação, de valores, de uma idéia... Neste contexto, a morte em combate é a honra maior do guerreiro, a morte digna para quem viveu em defesa de um ideal. Nesta história, quero falar de um soldado que combate a ignorância e defende a educação, aquele que chamamos de professor... que também defende uma nação, valores e idéias. E no dia de hoje registro aqui uma "morte em combate", um soldado abatido no front, na figura de um professor universitário.

A UFSCar campus Sorocaba despede-se hoje de uma figura singular da sua história: o Prof. Dr. Marcos de Afonso Marins. Como docente da instituição desde 2007, tive a oportunidade de participar de alguns encontros e assistir a palestras do Prof. Marins, sempre sorridente e distribuindo orientações sobre a atuação docente, seus deveres e responsabilidades com a universidade. Fazia isso com gosto! Como se animava e discursava com entusiasmo sobre fatos marcantes da "história evolutiva" da pesquisa e pós-graduação da UFSCar, tendo sido "sócio-fundador" do primeiro programa de pós-graduação em Ecologia e Meio Ambiente do Brasil em 1976 (o curso de Pós-Graduação em Ecologia e Recursos Naturais). Sob orientação do Prof. Marins foi defendida a primeira dissertação de Mestrado da UFSCar (de MARILENE CRUZ BARBIERI em 1978). Deve ter sido este espírito desbravador que fez com que ele se envolvesse de corpo e alma com a implantação do novo campus da UFSCar em Sorocaba (cujos cursos de graduação iniciaram em 2006, utilizando a estrutura física - salas de aulas e laboratórios - da FACENS - Faculdade de Engenharia de Sorocaba). O prof. Marins será lembrado com saudade, seus emails e seu jeito singular de pronunciar UFSCar também. Se ele matava um dragão por dia eu não sei dizer, só sei que ele parecia estar se divertindo, pela forma sempre entusiasmada que atuava junto à universidade. Deixo aqui este texto como uma homenagem a este grande professor. Que venham os dragões...

auto-promoção

Mais uma vez um "post" sobre a análise de "DNA barcodes" (já comentado aqui e aqui), mas desta vez é mais autopromoção do que reflexão ou histórias passadas. Recentemente o CNPq lançou uma chamada para financiar a análise de DNA barcodes em larga-escala no Brasil, denominada "Identificação Molecular da Biodiversidade". A proposta de rede tem a coordenação do Prof. Dr. Claudio de Oliveira, pesquisador 1A do CNPq e docente da UNESP no campus de Botucatu. Foram aprovados 10 sub-projetos vinculados à rede, incluindo um sub-projeto sob a coordenação da Profa Dra Ana Maria L. de Azeredo Espin, da UNICAMP, que irá concentrar esforços para obter a caracterização da sequência de "DNA barcodes" de mais de 2.000 espécies de invertebrados terrestres. Minha participação neste sub-projeto já rendeu um nota divulgada no "site" da UFSCar.

Nota de esclarecimento: "DNA barcodes" refere-se a uma estratégia de análise que compara as sequências de DNA de um trecho de ~ 650 pb (pb = pares de bases ou nucleotídeos) do gene da subunidade I da Citocromo Oxidase C - COI, um gene codificado pelo DNA mitocondrial, de várias espécies animais (incluindo vários indivíduos de cada espécie, podendo variar entre 3 até 10). A análise da divergência encontrada na comparação entre quaisquer 2 sequências (ou seja, a quantidade de variação entre elas) pode indicar se as sequências pertencem a uma mesma espécie ou a duas espécies distintas. Um ponto importante que pode tornar esta análise mais complexa é que existe polimorfismo genético nestas sequências, ou seja, existe variação genética mesmo entre dois indivíduos da mesma espécie. Então a análise precisa ser baseada em intervalos de variação, limites e uma boa amostragem. Na tradução para o português, o "DNA barcodes" tornou-se o "código de barras da vida", uma estratégia que requer enorme integração das áreas de taxonomia e genética, ao meu ver imprescindíveis para a condução de estudos cientificamente bem fundamentados.

Reproduzo abaixo a notícia, na íntegra, que saiu vinculada na página de internet do campus Sorocaba da UFSCar após entrevista com Márcia Dias do CCS/UFSCar-Sorocaba:

"Docente do campus Sorocaba participa de pesquisa sobre Identificação Molecular de Invertebrados Terrestres

A docente Ana Cláudia Lessinger, do campus Sorocaba da UFSCar, integra um grupo de 50 pesquisadores de todo o Brasil que desenvolverá um estudo em rede sobre a Identificação Molecular da Biodiversidade Brasileira (BR-BoL). O projeto recebeu um financiamento de R$ 5 milhões do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). O estudo terá como base a caracterização de sequências de DNA das mais variadas espécies de borboletas, mariposas, abelhas, formigas, moscas, besouros e minhocas.

A pesquisa de Lessinger integra o grupo que trabalhará na identificação molecular dos invertebrados terrestres da fauna brasileira. Este subprojeto terá a coordenação da pesquisadora Ana Maria Lima de Azeredo Espin, da Unicamp, e o financiamento específico de R$ 600 mil. A docente da UFSCar, que tem experiência na área de Genética com ênfase em genômica mitocondrial e comparativa, também está orientando uma dissertação de mestrado sobre o uso de sequências de DNA para identificação taxonômica de moscas e participa da gestão da equipe de trabalho junto à coordenação do sub-projeto.

Segundo a docente do campus Sorocaba, estima-se que a pesquisa fará inicialmente a análise de DNA para a identificação taxonômica de aproximadamente 2.250 espécies de invertebrados terrestres, a partir de análise de amostras recém-coletadas e exemplares de museus e coleções entomológicas. Lessinger considera a realização dessa pesquisa importante para o Brasil. "A proposta é estabelecer um sistema de identificação molecular para integrar inventários de biodiversidade no País", explica. Sendo o Brasil um país com alta diversidade de espécies animais, essa pesquisa é um esforço pioneiro no sentido de acessar a biodiversidade molecular brasileira. Segundo Ana, os pesquisadores acreditam que o que se conhece da diversidade de invertebrados, representa apenas 10% do que se prevê que exista. "Esta identidade molecular, depositada em banco de dados, promove o acesso ao conhecimento taxonômico além de representar uma estratégia inovadora e de caráter multidisciplinar", afirma a docente.

No campus Sorocaba, Ana Lessinger vai desenvolver sua pesquisa no laboratório de Genética Molecular, onde serão realizadas as extrações de DNA e o isolamento da região gênica que será estudada. O sequenciamento desse material será feito pelo Laboratório de Genética e Evolução Animal da Unicamp. As sequências nucleotídicas serão enviadas para o Núcleo de Bioinformática do BR-BoL (Fiocruz-MG) e, posteriormente, estarão disponíveis para a análise que será feita pela equipe da professora Ana Lessinger, nos laboratórios do campus Sorocaba da UFSCar."

Divagando... divergindo... dialogando?

"Se diverges de mim, me enriqueces"

Segundo o google estas palavras são de Dom Helder Camara... (que eu havia confundido com Dom Evaristo Arns... santa ignorância). É uma frase bonita, não? Veja pelo lado do "impossível": quantas pessoas vc conhece, com quem convive, no trato pessoal e profissional, que já pronunciaram estas palavras? Falo de gente mais mundana (= do mundo), para as eminências religiosas, tamanha "aceitação do outro" é exercício diário, aprendido já no jardim de infância. Tudo bem, mesmo que sejam raros os exemplos daqueles que verbalizam com naturalidade (de forma autêntica) este convite ao diálogo, quantos outros você acha que verdadeiramente se preocupam com isso nas suas interações cotidianas. Estamos (ou já passamos?)  na "Era da Informação", cujo fluxo se viabiliza pela comunicação, que permite que se compartilhe informações complexas entre diferentes continentes em poucos segundos (basta ver esses pontinhos vermelhos nos mapinhas que normalmente acompanham os blogs, que o autor confere diariamente com orgulho de transitar pelos mais longínquos recôncavos - não é o caso do via gene - ainda :)). Como a dita "Era da Informação" lida com a dificuldade de diálogo e de reconhecimento e valorização de opiniões divergentes? Este é um cenário que infelizmente é mais frequente do que gostaríamos. E pior: nem sempre posso dizer que sou imune a esse fenômeno que transforma o que poderia ser uma discussão enriquecedora em uma briga de surdos! Mas a cultura do diálogo poderá vingar, e vejo nos blogs científicos uma oportunidade de também exercitar este talento, vocês não concordam (lembrem-se: se discordarem, me enriquecem!)? Descupem-me pela provocação, mas não resisti :)

ana claudia  

Não me perguntem sobre minha tese...

Lembram-se desta frase? Quem já passou por uma tese de mestrado sabe do que estou falando... essa sensação de querer ver uma luz no fim-do-túnel, de querer acabar com o que acaba com você (por mais apaixonado que você possa ser pelo tema que te consome), de colocar um ponto final numa idéia que iniciou com um ponto de interrogação (que normalmente se desdobra em inúmeros outros pontos de interrogação...  ilusão a sua de que "pontos finais" existam em ciência). Daí vem esse chavão que acompanha os momentos finais - intermináveis nos parecem - da construção de uma dissertação (ver aqui outro "post" a respeito).

Toda esta introdução para justificar a presença de uma "peça" que tirei do fundo do baú: um simbólico desabafo que consta num das páginas iniciais da minha dissertação de mestrado e que foi resgatada hoje enquanto revisava a dinâmica colorida de alguns cromatogramas* (será que existe mais alguém no mundo capaz de se emocionar frente a uma dança de cromatogramas?):

TENTAÇÃO

TENTO HORAS, SEMPRE E TANTO

MAS SÃO TANTAS HORAS E TANTOS TENTOS

QUE ME DESCONTENTO E TANTO FAZ,

SE FEZ, SE DIZ, SE QUIS

SER SEMPRE TÃO FELIZ...

MAS TANTO QUANTO POSSA,

VOLTO O VER-TE RICA ENFIM, ME ENCANTO:

GIRA, PISCA, GRITA E BRIGA!

VEM DE NOVO E TOME TENTO

E TENTE O TEMPO TODO E SEMPRE

E TERMINE O QUANTO ANTES POSSA

A ANGÚSTIA DO APRENDIZ SEDENTO

QUE DECIFRA A BIO-HISTÓRIA ESCRITA

COM SEMPRE AS MESMAS QUATRO TENTATIVAS

QUE SÓ A VIDA, FAISCANTE CHAMA, PRODUZ.

O texto data de 15 de outubro de 1997, defendi a tese em 06 de janeiro de 1998, então dá para imaginar mais ou menos o momento do processo em que eu me encontrava :)

 

Estava naquele estado em que se quer acabar a dissertação, mas não necessariamente com o trabalho! A escolha de continuar esse trabalho é uma afirmação diária que me acompanha desde algum momento do curso de graduação em Ciências Biológicas até hoje.

 

Hoje - revisando alguns dados de sequências nucleotídicas - confirmei novamente meu fascínio por esta estrutura que é a molécula de DNA e o modo como ela se constrói e desconstrói numa dinâmica estrutural que abriga desde mutações pontuais a violentos rearranjos. Abriga também trechos conservados, que são homólogos entre amplas extensões taxonômicas (desculpem-me os taxonomistas de plantão se subverti a linguagem aqui...) e contam a história das relações evolutivas entre diferentes grupos de organismos.

 

*cromatogramas ou eletroferogramas são representações gráficas do resultado de um sequenciamento de DNA, em que os diferentes nucleotídeos de uma sequência são representados por picos de diferentes cores (mais).

 

As vezes bate uma nostalgia...
 
ana claudia

fênix?

Para inaugurar os textos de 2011..

Será preciso reinventar o viagene?

Novamente surge um ano acadêmico com inúmeras demandas (como não poderia deixar de ser), e espero incluir o via entre as metas para 2011. Quem sabe assumindo um padrão mais sistemático - perdendo seu charme (?) errático de blog científico de postagens irregulares. Invejamos (eu e o via gene) os blogs com os carimbos de hard blogging scientist,  são pesquisadores dedicados e comprometidos com a divulgação científica. Tirando algumas fraudes científicas, prêmios nobel, cientistas midiáticos ou "bad-boys" e personagens de desenho em quadrinhos, poucos cientistas chegam ao grau de celebridade (ainda bem!), mas com os blogs científicos e textos de qualidade , o "grande público" tem a oportunidade de conhecer os cientistas reais, através daqueles que se dedicam ao "ofício de blogar suas experiências e opiniões em ciências. Errático ou não, o via gene se apresenta em 2011.