terça-feira, janeiro 24, 2006

uma nova AMiGA na rede...

Aproveito este espaço para comentar e divulgar uma experiência recente em Bioinformática (como o próprio nome diz: biologia + informática, uma união promissora e fascinante que visa promover a análise de grande volume de informação biológica - normalmente sequências nucleotídicas - através do desenvolvimento de ferramentas computacionais específicas) do nosso laboratório: o banco de dados AMiGA. Esta simpática sigla significa Arthropodan Mitochondrial Genomes Accessible database, numa tradução livre seria algo como: banco de dados acessível para genomas mitocondriais de artrópodes (insetos, aranhas, crustáceos, etc). O artigo descrevendo este banco de dados está em vias de publicação no periódico científico Bioinformatics, uma revista onde ~80% dos manuscritos submetidos são rejeitados conforme rígidos critérios editoriais (informou o editorial de 15 de dezembro 2005). O genoma mitocondrial animal (sim, mitocondria tem um genoma próprio), é uma pequena molécula de DNA dupla-fita circular (16.000 pares de bases), conservada em conteúdo gênico (normalmente 37 genes: 13 genes codificadores de proteinas, 22 RNAs transportadores e 2 RNAs ribossomais), sem introns ou extensas regiões intergênicas (não-codificadoras) e abundantemente utilizada em análises comparativas e estudos evolutivos. O DNA mitocondrial (ou DNAmt) é um dos mais populares marcadores moleculares empregados em estudos evolutivos para uma ampla diversidade de grupos animais, especialmente informativa é a sequência do gene codificador da subunidade I da Citocromo Oxidase c (iniciativas de pesquisa recentes - e em andamento - adotaram ~600pb deste gene como "marcador universal" para inventariar a biodiversidade global, uma iniciativa ambiciosa que se baseia na técnica conhecida como "DNA barcodes"). Mesmo não tendo o apelo conquistado pela área de Genômica "tradicional" (se é que se pode cunhar de "tradicional" uma área de pesquisa ainda recente, especialmente no Brasil), a Genômica Mitocondrial e Comparativa vem obtendo cada vez maior reconhecimento e produzindo importantes contribuições ao conhecimento científico com relação à evolução deste sistema genômico (acredita-se que a mitocondria tenha se originado de uma associação simbiótica entre um organismo eucarioto ancestral e uma bactéria primitiva) e a sua utilidade como marcador filogenético para entender a evolução e as relações entre as diferentes espécies. A bioinformática tem sido extremamente generosa para a investigação biológica, otimizando a análise simultânea de grandes quantidades de dados e trazendo uma nova dimensão de possibilidades para resolver as sempre intrigantes questões das Ciências Biológicas. Desculpem-me pela possível auto-promoção (será?), mas foi uma desculpa para divulgar um pouco mais o mundo do DNA mitocondrial e começar a alimentar este blog que andava meio parado... é isso.
ana claudia

6 comentários:

Anônimo disse...

Recentemente a FAPESP deu um aumento (em ano de eleição) de 20% para os bolsistas. O problema é que há 10 anos os valores não eram reajustados. Torna assim o "reajuste" um grande acontecimento, digno de nota, não?
Abraços

via gene disse...

Obrigada pela opinião. É uma boa notícia e pode ser uma boa nota, sim. Se há um cartáter eleitoreiro (como subentendido no comentário)? Há de se considerar que bolsistas de Iniciação Científica, Mestrado e Doutorado são uma parcela mínima do eleitorado, muitos nem votam em SP e *normalmente* seriam mais resistentes a manobras políticas de última hora (pois a memória dos últimos 10 anos, como vc citou, ainda está fresca).
abraços,
ana claudia

Renato Padovani Tognolo disse...

Como engenheiro de software que sou, não posso comentar na parte da genômica. Mas sobre a implementação das ferramentas de exploração da base de dados, posso dizer que ficou um trabalho excelente.

Parabéns aos envolvidos!

via gene disse...

Olá Renato!!

Valeu pelo comentário. Um viva aos engenheiros pelos avanços na informática! E um viva para a biologia, uma ciência que valoriza a "simbiose"! :)

Vou repassar os parabéns para os demais autores, OK?

Abraços,

ana claudia

Pablo disse...

Olá, sou estudante de biologia e estou me "aventurando" pela área de bioinformática, que me parece muito interessante! Gostei muito dos assuntos abordados pelo blog. Abraços

via gene disse...

Olá Pablo,

Obrigada pelo comentário e sucesso com o curso de biologia (é o meu preferido)!

abraço,

ana claudia